劉小樂:如何實現(xiàn)癌癥的精準化、個性化治療?
講者 | 劉小樂
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非常感謝潘院士的介紹,還有墨子沙龍給我這樣一個機會,跟大家一起交流我們現(xiàn)在做的科研工作。先做一下具體的科普,2015年的時候,當時世界上的統(tǒng)計是每有六個人去世,其中就有一個死于癌癥。而現(xiàn)在在發(fā)達國家,這本書寫的是每三個人就有一個人得癌癥,所以癌癥會是一個很大的問題。
在七十年代的時候,美國曾經(jīng)有一個計劃叫“向癌癥挑戰(zhàn)”(The Waron Cancer),這個當時是尼克松總統(tǒng)發(fā)動起來的,這也是我們Dana-Farber的創(chuàng)始人,Sidney Farber聯(lián)合Mary Lasker鼓動Richard Nixon有這個想法。
Sidney Farber是我們研究院的創(chuàng)始人,他最開始是用化療來治療癌癥的,是給小孩治白血病的。但那個時候大家覺得我們只要花足夠多的錢和精力,就會馬上治愈癌癥。只是那個時候大家對癌癥的機制并不了解,有點像還在學牛頓力學,就想做一個原子彈一樣,其實結(jié)果并不是非常成功。
那么在過去這些年,傳統(tǒng)的治療癌癥的辦法主要是做手術(shù)來切,用化療毒死癌癥細胞或者用放療燒死癌細胞。但是這個都不是非常好用。在九十年代之后,開始有靶向藥物。
現(xiàn)在這些年做精準醫(yī)療,主要是如果一個病人到了一個手術(shù)的地方,或者是癌癥醫(yī)院,他已經(jīng)被確診得了癌癥,我們就從他的腫瘤里面提出來一些組織,把里面的DNA拿去測序,現(xiàn)在國內(nèi)也有很多這樣的公司。
在我們Dana-Farber癌癥研究所,每個癌癥病人到這里只要確診了,他的第一個DNA測序都是免費的,我們有慈善機構(gòu)給他們捐錢,讓我們來做。目的就是說如果我們能夠找到某一些基因,發(fā)現(xiàn)它有一些特異的變異,也許那個變異的基因正好可以用一個藥,把這個基因的功能抑制住,這樣可以給病人找到一個靶向藥物,它只殺死癌癥細胞,而不殺傷正常細胞。
病人在做這種測序的時候,他的期望值非常高的,希望馬上得到一個藥就治愈了。但是實際上大部分測序的這些變異的數(shù)據(jù),現(xiàn)在沒有辦法找到一個特用的給這個變異的藥。即使能夠找到藥,現(xiàn)有很多的靶向藥病人可以吃上幾個月或者一兩年,可能就產(chǎn)生抗藥性。對于一些變異非常多的腫瘤,比如說黑色素皮膚瘤,是因為紫外線照射,還有比如說肺癌是因為吸煙、環(huán)境污染造成的,它的變異就比較多。如果我們用一個靶向藥物,針對某一個變異的話,其他的變異就很容易產(chǎn)生抗藥性。所以對于這種多變異的腫瘤,其實原先的治療辦法并不是很好。
每年《科學》雜志到年底的時候,它就排一下過去這一年,科學里面的十大發(fā)現(xiàn)。2013年的時候排出來的十大發(fā)現(xiàn),第一個就是癌癥免疫治療。
我們給大家看看癌癥免疫治療大概是怎么回事。我們正常的血液里面,不只是紅血球給大家輸送養(yǎng)料和氧氣,還有很多的免疫細胞,包括T細胞、B細胞,這些細胞表面都有一個受體。大家可以想像一下免疫細胞,免疫細胞相當于我們體內(nèi)的哨兵,它通過表面的受體能夠看出哪些東西是我自己和不是我自己的。
其實我們體內(nèi)所有在血液里面循環(huán)的T細胞和B細胞,都是不識別自己的,因為識別自己就叫自身免疫了。它們應該識別的都是外源來的東西,比如細菌感染、病毒感染,它就覺得這個不是我,就知道這是壞人把它打死。
舉個例子,正常的細胞像良民一樣,表面上都有一種特別的受體,會把自己一些降解的正常蛋白放到細胞表面上來,讓我們的免疫哨兵檢查,你看我這些都是正常的,我們的哨兵看這都是沒事,挺好。
如果外界來了一個細菌或者病毒,它感染了這個細胞之后,這個細胞里面就會放出來一些長的非常不一樣的東西,我們的T細胞和B細胞很快就識別出來這是一個壞人,想辦法殺死。
腫瘤的細胞因為DNA是有變異的,也會產(chǎn)生一些蛋白,跟原來正常的人類細胞的蛋白不一樣,這時候也會給哨兵識別出來。那么這個時候,T細胞和B細胞,就要想辦法把它給殺死了。只是腫瘤細胞非常狡猾,它們學會了一個特別的辦法,大家看它在這個地方,就專門有一個辦法能放出一些東西來,我們大家可以想像這是什么呢?就是它掏出來一個茅臺,把哨兵給灌醉了。
所以很多時候我們把腫瘤拿來切片的話,就會發(fā)現(xiàn)其實免疫細胞就在腫瘤的旁邊,但是它卻不去殺死腫瘤細胞?,F(xiàn)在最常見的這些抗體抑制劑的藥,是一個抗體藥,它主要是把T細胞和腫瘤細胞中間的可能傳遞的信號堵住了,相當于是拿一盆冷水,把哨兵給澆醒了。它就會趕快看看我身邊的細胞怎么回事,就發(fā)現(xiàn)這是一個癌癥細胞,跟正常的細胞非常不一樣,于是就會把它殺死。
這個藥非常好的一點,就是我們以前最難治的癌癥,也就是變異越多的癌癥,其實長的越跟正常細胞差得遠,最容易被我們的T細胞識別出來,把它給殺死,所以最難治的癌癥其實現(xiàn)在是最好治的,比如說黑色素皮膚瘤還有肺癌。美國原來的總統(tǒng)吉米·卡特就是得了黑色素皮膚瘤,本來以為是沒有希望了,是已經(jīng)擴散了的癌癥,但是用了現(xiàn)在這個免疫檢查點抑制劑徹底治好了,再一看一點都沒有了。
癌癥免疫是可以把病人徹底治好的,而且一個非常可喜的消息是,這是美國施貴寶公司當時做的一個PD-1的抗體,昨天我們剛剛得到信息,中國的CFDA已經(jīng)把它正式批了臨床藥檢,現(xiàn)在可以在中國病人身上用了。以前病人都是要到香港或者美國買這個藥,現(xiàn)在在中國(內(nèi)地)就可以批示了。
只是這個還不能解決所有的問題,只有少部分病人從這個藥獲益。比如在惡黑(色素瘤)里面,現(xiàn)在大概是50%到60%病人做的很好,在肺癌里面可能只有20%,其他很多癌癥還沒有試過,可能會更低。所以非常重要的一個問題,在病人沒有用這個藥以前,我們能不能預測出來他到底會不會對這個抗體藥有反應,能不能獲益?,F(xiàn)在大家也知道可能的一些生物標志物,有這么幾個。
第一個想知道腫瘤里面T細胞到底多不多?腫瘤里面哨兵多,這個可能會起到殺傷作用,如果哨兵都沒有來上班,它根本無法識別這個癌細胞和別的長的不一樣。
第二個是哨兵的多樣性多不多,因為每一個T細胞,它有一個單獨的受體,它識別的東西都是不一樣的。比如有一個是專門識別病毒的,那個是識別細菌的,每一個識別的東西不一樣,所以身體血液里面的T細胞,多樣性要高才好。我們年輕的時候尤其青春期的時候,體內(nèi)的T細胞多樣性是非常高的,但是人隨著越來越老,T細胞多樣性越來越少了。所以你到老的時候,身體里應該識別腫瘤變異的T細胞都死了,就算來了腫瘤也不能識別,這樣免疫藥物就不會讓病人真正獲益,所以T細胞的多樣性也是非常重要的。
第三個是腫瘤里面變異到底多不多,我們剛才說起過,T細胞要能識別出腫瘤細胞跟正常細胞是不一樣的,就是說越有變異越能識別出來,所以腫瘤的變異越多越好,更容易識別出來,病人就更容易從這個藥獲益。
還有一個就是PD-L1的水平,可以想象它就是癌癥細胞掏出來的茅臺。如果能看到茅臺的瓶子,就是說如果腫瘤里面還能看到茅臺的跡象,就說明這個哨兵還曾經(jīng)試過去殺癌癥細胞。如果連瓶子也沒看到,估計它根本什么都沒看見,那么現(xiàn)在的癌癥免疫藥物可能對病人不會有獲益。那么還有沒有其他更好的,或者是相關(guān)的一些生物標記物呢?
我今年在美國,這是一年一度的美國癌癥研究大會,大概每年有兩萬多人參加的會議上,我們就講了相關(guān)工作?,F(xiàn)在腫瘤的RNA的測序和基因表達的測序可以做的非常便宜,在美國大概300美金可以做一個,在中國我覺得兩三千美金也可以做一個。
大家想象癌癥切出來的那一塊里面,大個的圓的這個就是癌癥的細胞,腫瘤里面不都只是癌癥的細胞,還有一些正常的組織、間歇性的細胞、毛細血管啊,還有很多帶著芽芽的這些,這些都是免疫細胞。我們發(fā)現(xiàn)在腫瘤里面,如果我做了一個整塊腫瘤的RNA基因表達的測序,我們就可以通過計算的算法,算出來這個里面T細胞有多少、B細胞有多少、巨噬細胞有多少,可以用算法算出來。這個有什么用?
這是我們另外的算法,我們發(fā)現(xiàn)病人可能在兩種情況,現(xiàn)在的免疫抗體藥對它不是特別管用。一種情況是T細胞已經(jīng)浸潤到腫瘤里面來了,就是說T細胞已經(jīng)在腫瘤里頭今天來上班了,哨兵就在腫瘤里面了,但是可能它喝太醉了。你想一個人喝的醉醺醺的時候,稍微有點頭暈,你一潑冰水就醒了重新干活了。但是如果醉的都躺在地上了,踢都踢不起來的話,你澆冷水仍然起不來。所以實際上T細胞到底多么麻痹多么醉,這個實際上在腫瘤里面是很重要的。我們也可以通過RNA基因的表達把它算出來,我們就發(fā)現(xiàn)那些非常麻痹的T細胞,恐怕現(xiàn)在免疫治療不會效果非常好。
還有另外一種可能,叫做免疫冷的腫瘤,就是說T細胞壓根進不了腫瘤里面去。這是什么情況呢?大家可以想像如果哨兵特別不喜歡臭鼬的味道,它就不想去了。那么我們在腫瘤里面發(fā)現(xiàn)另外一些細胞,它們?nèi)绻谀堑脑?,T細胞就不愿意往里頭進,這時候腫瘤可能就會變成冷腫瘤。免疫細胞如果進不去的話,里面又有變異,它就識別不出來了。那其他的這種類似臭鼬的細胞,我們也可以通過基因表達測序的數(shù)據(jù)算出來的。
我們這個算法最近剛剛被Nature Medicine給接收了,就是說如果病人能夠在用藥以前做一個RNA的測序,我們是不是可以算出來它的T細胞有多少累死了,或者是不是有其他的細胞影響T細胞進不去,能夠在病人治療以前有一個預測作用。
除了剛才我們說的免疫檢查點抑制劑以外,最近還有一些新的免疫治療的辦法。一個叫CAR—T,它是從病人的血液里面提出來T細胞,然后在T細胞里面用基因工程的辦法植入新的基因,這個新的基因表達出蛋白以后,它就表達在細胞表面上一個新的蛋白,這個蛋白是專門識別癌癥細胞。
這個時候就像在體外養(yǎng)上一個特種部隊,很多很多這樣的T細胞,重新把這個T細胞打到病人血液里,特種部隊就到身體各個部分去找哪個是癌癥細胞,識別以后把它殺死。這個實際上在美國也是有臨床實驗已經(jīng)通過了的,大家可以想像這個里面最技術(shù)性的難點是什么?最難的是什么基因放到細胞里面,它就對腫瘤有特異性的識別,這個實際上是可以算的。能夠做的比較好的現(xiàn)在是做淋巴癌,實體瘤實際上做得并不是特別好。怎么找到腫瘤特異性的一個受體放到細胞里,這是一個很大的問題。
最近有一個新的療法,叫做新抗原的癌癥疫苗,一般的疫苗是用來預防的,但是現(xiàn)在在臨床里面用的癌癥疫苗,都是治療性的,病人已經(jīng)知道得了癌癥了,這個怎么做呢?
把一個腫瘤從身體里取出來以后,經(jīng)過DNA的測序,看看它到底有哪些變異的基因,然后通過計算算出來有哪些變異的東西,會讓細胞放到細胞表面上來,被我們的T細胞所識別。這樣的話,我們就可以做一個管,里面都是這些腫瘤里特異的變異的序列,然后把整個混合在一起的病人自己腫瘤里面出現(xiàn)的這些變異,可以是RNA也可以是蛋白,把它打到病人體內(nèi),可以活化病人血里面專門識別這些變異的T細胞或者B細胞。就是說比如人身體里這個地方有腫瘤,但T細胞可能不夠用。如果你在其他的地方,打進了這個抗原,那身體里其他的T細胞就識別出這是壞人。T細胞一旦被激活以后,它還會在體內(nèi)有擴增,在身體里面循環(huán),就專門找到那些腫瘤細胞,把它殺死。
大家知道這個部分里面,技術(shù)性最難的是什么嗎?主要是算出來所有這些變異的東西,哪些會讓我們身體里面的T細胞激活,這個部分也是計算機算法的問題。剛才這兩個問題,我們現(xiàn)在都在科研里面積極進行,我們怎么能夠根據(jù)病人腫瘤的變異,專門找到一些會產(chǎn)生免疫反應的受體,或者是變異的序列,能夠激活T細胞。這是現(xiàn)在免疫主要的治療辦法。
還有什么辦法可以提高現(xiàn)在免疫反應用藥的機制呢?我們其實相信針對每個病人都是不一樣的,我們剛才說病人腫瘤里面有免疫細胞,有熱腫瘤、冷腫瘤,T細胞能不能進得去?有沒有喝醉?這需要腫瘤測序。同時我們也發(fā)現(xiàn)可能針對不同的病人,應該根據(jù)它(的情況)用一個特異復方的治療,比如兩個藥或者三個藥一起下,現(xiàn)在免疫的這種治療上,大家也開始兩三個藥一起用。想要解決這個問題,我們需要看看細菌里面的免疫系統(tǒng)。
我們?nèi)耸且粋€多細胞的系統(tǒng),我們的免疫系統(tǒng)里面有B細胞、T細胞、巨噬細胞等等,可以想像是一個超級大國的防御系統(tǒng),海陸空什么都有,還有特種兵。但是一個細菌,細菌是一個單細胞的生物,它就很土了,它還能有免疫系統(tǒng)嗎?實際上細菌還真就有免疫系統(tǒng)。這個系統(tǒng)最先發(fā)現(xiàn)的是Jennifer Doudna(詹妮弗·杜德納)實驗室。
我們這里面就是一個細菌,外面有一個病毒,大家知道病毒一般要感染一個細菌,就會把它自己的DNA注入到細菌里面,它就把細菌里面整個系統(tǒng)劫持掉了,為了做更多的病毒感染其他的細菌。但是假如這個細菌被感染以后沒死活下來了,它就說我得記著,這個是壞人,下次再來我就記住了。
它就在病毒里找一個特異性的序列,細菌的DNA的序列里有一塊區(qū)間,可以想像是細菌自己的警察局,警察局里有很多壞人的照片,這是它小的時候壞人來記的一份,大一點的時候又來了一個壞人又記住了,就是最新的壞人照片總是存檔放在最上面,老的壞人放在底下。
警察局里每天還做蛋白,叫做CAS。這個CAS蛋白每天都過來上班,它就說我來報道。然后警察局跟它說你去警察局檔案里面拿相片去,這就拿了一個相片。這個警察都會在細菌里走來走去,什么時候這個病毒再過來侵染的時候,有了這個序列的DNA,因為跟相片長的像,這個哨兵就知道我得把這個切了,這是壞人。所以這個就是細菌里面的免疫系統(tǒng)。
大家再看,CAS是一個蛋白,CRISPR是一個RNA,就是相片。我們同事張鋒就說這個好,細菌里有這么好的系統(tǒng),如果我們把它引入到人體的話,那咱也可以到人里面去切。
舉個例子,如果我給一個序列,就是希特勒的序列。如果到人里面,我只要把這個CAS蛋白引入,然后把CRISPR這個相片RNA也引入,只要人的序列(跟希特勒的序列)長的一樣,它就能夠把DNA給切了。那你不是指哪打哪嗎,你給它什么相片它就切哪。那全基因組里你就哪都可以切了,這個一下非?;穑蠹乙庾R到這有很多的作用。
第一,如果我們把一個地方切了,正好這個地方是一個基因,把這個基因切斷了,這個細胞想把斷的這個頭對起來,但是經(jīng)常對不準,最后基因的功能就失活了,我們就把這個基因的功能給敲死了。
第二個,我們把這個切斷之后,還給它另外一個序列,左邊跟左邊長得像,右邊跟右邊長得像,中間給它來一個別的,這個細胞就以為這是我原來有的序列,它就會用我們給它的序列來補,這樣的話我做出來一個新的序列。
我上個周參加了一個基因編輯這方面的會,那里面就有咱們國內(nèi)的科學家,現(xiàn)在在做抗生病的水稻或者不怕冷的豬,甚至可以拿蜥蜴做模板,再一點點改,改成恐龍,這些都可以做,這個就非常好,這個技術(shù)很有用。
我們現(xiàn)在用的辦法不是一個基因一個基因敲除,我們?nèi)蚪M來試著敲除。這叫CRISPR篩選技術(shù),我們把幾千萬個細胞都養(yǎng)在盤子里混在一起,每個里面都引入CRISPR和CAS。CRISPR就是RNA的相片,CAS就是蛋白了。大家想幾千萬的細胞養(yǎng)在里面,我這里面只show了兩個基因,實際上我們可以兩萬個基因同時做。
比如說我這里面一開始有一些細胞,咱們舉個例子,就是放了斯大林的相片,它進去就切斯大林的基因去了,另外一些細胞里放的是華盛頓的基因相片,它進里面就把華盛頓的基因敲死了。一開始我們這里面有好幾萬個基因,好多好多的照片混合在一起。這些細胞養(yǎng)了兩三個星期之后,我們不是來直接看這個細胞,而是說每個細胞把你手里的相片拿出來給我看,這個就是用高通量測序的辦法測出來。
我們讀相片,發(fā)現(xiàn)帶著華盛頓相片的細胞在剛開始的時候有很多份,可是如果我們把華盛頓的基因敲了以后,養(yǎng)了兩三個星期以后,怎么一測都沒了?這說明華盛頓的基因非常重要,細胞里沒有這個基因,細胞就死了,那么養(yǎng)了兩三個星期之后測出來的細胞就沒有它的相片了。但是還有一種可能,敲了斯大林基因的細胞,細胞都活得好開心,使勁生長。到最后的時候,有華盛頓(此處應為斯大林)相片細胞就會非常多,這就說明斯大林的基因?qū)毎⒉辉趺春?,甚至抑制細胞的增長。
所以我們通過高通量測序去數(shù),在剛開始做這個實驗的時候,每個細胞里面總體上這些相片到底是誰是誰(有多少),兩三個星期之后,再用高通量測序,再讀這些相片的多少,我就能算出來它們所敲的基因,到底對細胞的生長是起到抑制的作用還是促進的作用。這個好處是我們所有的細胞都可以養(yǎng)在一個大盤里,最后靠高通量和計算的辦法算出來,我們不需要一個基因一個基因去敲,就可以看它到底功能怎么樣,一下子增加了我們發(fā)現(xiàn)新東西的有效性。
我們怎么拿來真正去用?第一個就是有一些腫瘤,是可以養(yǎng)在盤子里的,如果能在盤里養(yǎng)得起來的話,我們就可以通過CRISPR篩選的辦法,找到哪一個基因到底對腫瘤有特異性的作用,真正可以找到一個好的癌癥的靶點。這個我們在Dana-Farber有一個同事做出來過,就是一個小孩得了一個肉瘤,通過腫瘤測序沒有找到好的藥,但是他那個腫瘤切下來,就能在盤里養(yǎng)的起來,就做了CRISPR篩選,就可以找到一個新的靶點,正好有一個新藥可以給他用。但是隨便切一個腫瘤就可以在盤里養(yǎng)下來的還是很少的。
我們得癌癥有兩種可能,一種是因為基因變異導致癌癥,就是致癌的基因突變了,就導致癌癥了。但是還有一些是抑癌基因缺失了,抑癌基因本來是讓癌癥細胞別長那么快,就是抑制癌癥生長的,但是這些基因如果缺失了,也會得癌癥?,F(xiàn)在癌癥方面的靶向藥,都是把激活的基因抑制住,沒有辦法把缺的基因補回來。
最常見的例子,比如P53基因缺失了,這個人就得了癌癥,現(xiàn)在其實沒有辦法來治療。最近因為有CRISPR篩選的技術(shù),大家也在試著來找合成致死或協(xié)同致死這樣一對一對的基因。
什么叫協(xié)同致死?就是說有兩個基因,A和B,缺了A沒有關(guān)系,缺了B也沒有關(guān)系,但是AB都沒有的話,這個細胞就死了。比如說正常細胞的時候,基因A和B都有,這個細胞活得很好。在癌癥細胞里,可能抑癌的基因缺失了,這個時候就變成癌癥了,細胞長的更快了。
如果它有一個協(xié)同致死的這樣一個同伴,這個A基因如果是有藥可以用的話,我們對這個A基因用了藥之后,正常的細胞是沒有關(guān)系的。因為我們剛才說了這兩個之所以是一對,是因為A和B任何一個沒有都沒關(guān)系。所以如果我們用藥的話,正常細胞還是很高興的。但是癌癥細胞因為抑癌基因已經(jīng)缺失了,你再用藥抑制了(它的協(xié)同基因),癌癥細胞就有可能死掉?,F(xiàn)在可以通過CRISPR篩選的辦法,找到這樣一對一對的基因,我們就可以專門治療一些因為缺失抑癌基因?qū)е掳┌Y的患者,原來是沒有藥可用的,現(xiàn)在可能找到新的靶點給他們用。
我們還可以通過這個(CRISPR篩選)找到新的藥物復方治療的辦法,我們最近做的另外一個相關(guān)科研,是在表觀遺傳學方面。表觀遺傳是什么呢?我想問問在座有多少人滑過雪?可能要坐纜車坐到最山頂上,山頂上可以有好多條路下來,最最山頂上,就像一個多能性的干細胞,就像胚胎干細胞這樣,它有能力分化成下游的各個不同的組織和其他細胞。
但是如果你決定走一條山路下來,走到這你已經(jīng)是腦子的細胞了,就不可能變成肌肉或者別的細胞。這個已經(jīng)走到這了,就是血液細胞,可能最后分化成紅血球、白血球,但是你肯定不是一個肝或者是一個肺。其實我們(每個細胞)的DNA都是一樣的,可是多能干細胞在分化的過程中,它要知道我大概在哪,它每個下面的細胞,應該知道我繼續(xù)往下分化,不能再往上走。那么(每個細胞的)DNA都是一樣,可是細胞的表型很不一樣,而且每個細胞記住我大概在哪,我是肌肉還是骨骼還是一個血(細胞),這個勢能就是一個表觀遺傳。
我們現(xiàn)在在癌癥測序的數(shù)據(jù)里面發(fā)現(xiàn)特別有趣的現(xiàn)象,凡是調(diào)控勢能的表觀遺傳的基因,在癌癥里面經(jīng)常有一些變異。表觀遺傳的基因如果變異了,可以想像在雪山滑雪掉溝里了,出不來了,就亂了套了。所以現(xiàn)在很多制藥廠也做關(guān)于表觀遺傳基因變異的一些抑制劑,很多大藥廠都做了這樣的藥。但是這個藥真正到臨床領(lǐng)域用,好像效果不是特別好,因為一用好像很快就產(chǎn)生抗藥性。大家可以想像調(diào)節(jié)勢能的東西很難說,你說病人掉溝里了,我給它改邪歸正,很容易沒引對道沒走正,所以不太好用。
我們最近也在做這種(研究),如果一個藥產(chǎn)生抗藥性比較快,怎么辦呢?也可以用這種辦法(CRISPR篩選),我把很多的細胞養(yǎng)在一起,把CRISPR(RNA照片)放進去,里面敲了不一樣的基因。敲完之后,我就把癌癥的藥用上。我就看我敲了哪個基因(有什么影響),測序的時候是測開始沒加藥的和后來加過藥的細胞生長,看看它有什么區(qū)別。
我們就會發(fā)現(xiàn)有一些基因敲除了以后,它(癌細胞)會對這個藥物的敏感性增加。還有一些基因把它敲掉了之后,它(癌細胞)會對這個藥物的敏感性下降。我們?nèi)蚪M的所有基因一個一個都可以看一遍,這樣的話我就可以看出來哪個基因可能是抗藥的機制,哪個基因如果跟第一個藥一起用,可能讓病人對藥的敏感性更強,這個相當于找到了一個聯(lián)合用藥的辦法,兩個藥一塊兒下,沒有讓它有一個喘息之機可以產(chǎn)生抗藥性。這樣我們就可以在全基因組里一個一個基因去看,哪個基因可以跟原來的藥有更好的聯(lián)合用藥的辦法。
我們通過這個還可以看出來,全基因組里每個基因?qū)ΜF(xiàn)在的藥到底敏感不敏感,它給我們很好的生物標志物,告訴我們哪些病人會從這個藥獲益。所以我們通過這個,可以看出這個藥物有沒有脫靶,它到底作用在哪個功能性的通路上,哪些其他的基因?qū)ΜF(xiàn)在的藥起到促進或者抑制的作用。
最近我們也發(fā)現(xiàn)用CRISPR篩選的辦法,也可以對免疫治療有所預示。咱們說一下這種實驗現(xiàn)在做的主要有三種。
第一個是在癌癥細胞里面,我們直接給它加一些細胞毒素,這些毒素是T細胞一旦識別了腫瘤細胞以后(釋放出來的),T細胞是怎么殺傷癌癥的?實際上就是識別以后,在微環(huán)境里放出一些毒素。大家可以想象整個人體免疫系統(tǒng)像一個海陸空,最有效的應該是空軍,最厲害。如果在癌癥細胞里加一點細胞毒素,相當于我們的空軍扔點炸彈轟炸一下,看看癌癥細胞轟炸以后,會不會哪些基因由于缺失了,會對空軍的轟炸更敏感或者更不敏感,這個我們可以全基因組試一下,哪個基因會對現(xiàn)在的空軍轟炸更敏感或者更不敏感。
第二種實驗把T細胞和癌癥細胞養(yǎng)在同一個盤里頭,空軍除了能轟炸,還可以打槍,我直接把壞人和空軍養(yǎng)在一起,看看到底哪個基因敲除了以后,它對T細胞的殺傷影響會比較大。
第三個辦法,我們在癌癥的細胞里邊,放了現(xiàn)在的CRISPR,敲了一些不同的基因之后,就把這個細胞種在老鼠里面,這個老鼠里面不只是空軍,不只是T細胞,還有陸??杖椎摹N覀兙徒o老鼠打現(xiàn)在的抗體藥,PD-1這些藥,就想看看現(xiàn)在的癌癥細胞里面,敲了哪些基因,就能讓它對現(xiàn)在的抗體藥反應更強或者更弱,我們就可以把整個基因組的基因一個個看,到底怎么能對現(xiàn)有的這些免疫抑制劑,能夠起到促進或者抑制作用。通過這個不但能找到新的基因用藥,我們也可以找到生物標志,就是說對原來這個病人,哪些基因?qū)λ庖呦到y(tǒng)到底有哪些影響,我們可以通過這個,預測哪些腫瘤可以對現(xiàn)在的抗體藥有效或者無效,這也是非常有用。
我們做一下總結(jié),CRISPR篩選的技術(shù)是非常有用的。我們可以在癌癥里面找到非常好的新的藥物靶點,而且我們知道以前如果有一些抑癌基因,我們是沒有辦法用藥的,現(xiàn)在就可以用合成致死的辦法找到一些新的靶標來專門治這種癌癥。第三個我們可以拿它來找一個生物標志物,知道哪些病人會對這個藥獲益。
一旦有一個藥的時候,在制藥的過程中,我們還能看出來它是不是有脫靶效應,到底是打擊了癌癥細胞的哪些細胞通路。還有就是說可能哪些基因可以調(diào)控細胞對現(xiàn)有的藥的抗藥機制。最后是希望能夠找到一個聯(lián)合用藥——兩個藥一起用的辦法,能夠讓腫瘤沒有辦法有喘息之機,發(fā)展出對藥物的抗藥性。所有這些過程,都是需要統(tǒng)計和計算的算法,通過高通量的數(shù)據(jù)和測序的數(shù)據(jù)算出來的,能夠設(shè)計分析解釋CRISPR篩選的結(jié)果。
我們真正想要治愈癌癥有哪些東西可以做,大家可能都知道安吉麗娜·朱莉做了一個自己的(基因測序),她沒有得癌癥,就是血里面測了序了。她知道自己有一個mutation(突變),于是她決定把自己的乳房跟子宮都切掉了,希望能夠降低她得乳腺癌跟子宮癌的可能性。
大家可能就問,我應不應該做一下基因測序來預測一下。那么可能有三個因素來指導大家是不是做這個。
第一個,朱莉之所以做這個檢測,是因為她們家里有很多女的,比如說姐妹或者是姑姑、姨、媽媽、姥姥,這樣的人如果她有家族歷史又容易得癌癥,她就應該做一下基因測試。但是如果你家里沒有一些特別(的患癌案例),或者至少不比其他家有更多的得癌癥的機率的話,不一定能夠做,所以這個是說到底是不是有家族遺傳史。
第二個,現(xiàn)在做的基因測序,它到底對預測癌癥起到多大的預測作用。安吉麗娜·朱莉(突變)的這個基因(BRCA1),其實增加癌癥的發(fā)生率是很大的,50%的可能性。大部分的這些現(xiàn)在能夠預測的基因,可能是增加了你得癌癥的1%或者2%。大家知道如果我們不抽煙、少喝酒、生活規(guī)律,可能很容易就減少你得癌癥20%,可能比基因測序會更準確。
第三個,即使我知道(某個基因突變)了,比如說她生過孩子了不想再生了,把乳房和子宮都切掉了,但如果測完了說你可能得肺癌,那你就把肺切了嗎?不一定能做得了。總的來說,如果家族沒有得癌癥的歷史的話,不一定要做這個。
還有就是早檢查,有各種的辦法來做這個。最近比較新的技術(shù),是說我抽一點血,看血里的DNA或者血里有沒有腫瘤的細胞,這個叫做血里面循環(huán)的腫瘤細胞或者血里面循環(huán)的DNA,經(jīng)過一些實驗手段來看看,這個人是不是血液里面的癌癥細胞或癌癥DNA比原來多了。
這個現(xiàn)在還是技術(shù)發(fā)展的過程,我們不認為現(xiàn)在有技術(shù)可以非常穩(wěn)定地預測出來,就是早期篩查?,F(xiàn)在大家開始做這方面的臨床實驗,也有一些學術(shù)上的可喜成果,但是距離臨床應用還是非常早的,希望有更好的這方面的技術(shù)發(fā)展。
那么如果要是已經(jīng)得了癌癥,尤其是對于后期病人,免疫治療也不能解決所有問題,可能結(jié)合其他的藥做復方治療是更好的辦法。
第一個,靶向治療仍然非常好,大家知道像國內(nèi)人只要得肺癌,如果有EGFR和ALK的mutation(突變)的話,最好的還是用靶向藥物進行治療,針對變異直接殺傷癌癥細胞。這個我們可以想象是直接殺死癌癥,也許在中醫(yī)的角度上是祛邪的辦法,你直接把壞人殺死了。
第二個我們說的免疫治療,是說把這個病人的T細胞和B細胞激活了以后,能夠扶正,你得把免疫性提高了,讓免疫系統(tǒng)殺死癌癥。我們剛才說到表觀遺傳學上的藥,就是從山上下來掉溝里的那種,我們可以認為它是引導癌癥細胞改邪歸正,至少讓腫瘤里面的免疫微環(huán)境有所調(diào)整。這三個藥實際上機制非常不一樣,我們怎么能夠想辦法把這三個藥合在一起,這是一個非常好的科研問題。
但是要想把這個東西做得好,我們需要對病人的腫瘤進行測序,不一定是DNA的測序,可能是DNA加上RNA,或者是表觀遺傳學方面測序的數(shù)據(jù),來看看每個人具體的腫瘤里面是怎么樣。還有就是我們剛才講的用CRISPR篩選的實驗,看看很多這樣的公共數(shù)據(jù),你就知道這個人的腫瘤因為有這個變異,可以用某一個藥,因為以前的CRISPR篩選的數(shù)據(jù)能夠告訴我們,這個基因跟那個基因合在一起,就可以不用產(chǎn)生抗藥性等等。
第三個,我們所有的這些都生成了很多高通量的數(shù)據(jù),所以需要計算機學得好或者統(tǒng)計、數(shù)據(jù)挖掘,才能真正把這三個更好地結(jié)合在一起。
美國現(xiàn)在的登月計劃,是原來的副總統(tǒng)發(fā)起的,他這個目標是非常樂觀的,說2020年我們就要治愈癌癥。當然這可能比較難以達到,但是我們覺得現(xiàn)在技術(shù)真的發(fā)展非???,免疫治療像剛才說的,昨天剛剛CFDA開始批了,在中國可以用了。所以在整個過程中,我們希望通過大家的努力,科研上的發(fā)展,包括我們也希望有更多的中國科學工作者,包括在座的很多小朋友們,能夠多學生物的技術(shù),計算算法還有統(tǒng)計這種算法,能夠把這三樣東西用好了,能夠讓我們大部分現(xiàn)在在座的人,有生之年不再害怕得癌癥了。
好,謝謝大家!
劉小樂,哈佛大學與Dana-Farber癌癥研究所統(tǒng)計,生物統(tǒng)計與計算生物學終身教授,Dana-Farber功能性癌癥表觀遺傳學中心主任,教育部長江講座教授(同濟大學),中組部千人計劃學者。