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劉小樂(lè):如何實(shí)現(xiàn)癌癥的精準(zhǔn)化、個(gè)性化治療?

2018/07/11
導(dǎo)讀
非常感謝潘院士的介紹,還有墨子沙龍給我這樣一個(gè)機(jī)會(huì),跟大家一起交流。




講者 | 劉小樂(lè)


      


非常感謝潘院士的介紹,還有墨子沙龍給我這樣一個(gè)機(jī)會(huì),跟大家一起交流我們現(xiàn)在做的科研工作。先做一下具體的科普,2015年的時(shí)候,當(dāng)時(shí)世界上的統(tǒng)計(jì)是每有六個(gè)人去世,其中就有一個(gè)死于癌癥。而現(xiàn)在在發(fā)達(dá)國(guó)家,這本書(shū)寫(xiě)的是每三個(gè)人就有一個(gè)人得癌癥,所以癌癥會(huì)是一個(gè)很大的問(wèn)題。



在七十年代的時(shí)候,美國(guó)曾經(jīng)有一個(gè)計(jì)劃叫“向癌癥挑戰(zhàn)”(The Waron Cancer),這個(gè)當(dāng)時(shí)是尼克松總統(tǒng)發(fā)動(dòng)起來(lái)的,這也是我們Dana-Farber的創(chuàng)始人,Sidney Farber聯(lián)合Mary Lasker鼓動(dòng)Richard Nixon有這個(gè)想法。


Sidney Farber是我們研究院的創(chuàng)始人,他最開(kāi)始是用化療來(lái)治療癌癥的,是給小孩治白血病的。但那個(gè)時(shí)候大家覺(jué)得我們只要花足夠多的錢(qián)和精力,就會(huì)馬上治愈癌癥。只是那個(gè)時(shí)候大家對(duì)癌癥的機(jī)制并不了解,有點(diǎn)像還在學(xué)牛頓力學(xué),就想做一個(gè)原子彈一樣,其實(shí)結(jié)果并不是非常成功。


那么在過(guò)去這些年,傳統(tǒng)的治療癌癥的辦法主要是做手術(shù)來(lái)切,用化療毒死癌癥細(xì)胞或者用放療燒死癌細(xì)胞。但是這個(gè)都不是非常好用。在九十年代之后,開(kāi)始有靶向藥物。



現(xiàn)在這些年做精準(zhǔn)醫(yī)療,主要是如果一個(gè)病人到了一個(gè)手術(shù)的地方,或者是癌癥醫(yī)院,他已經(jīng)被確診得了癌癥,我們就從他的腫瘤里面提出來(lái)一些組織,把里面的DNA拿去測(cè)序,現(xiàn)在國(guó)內(nèi)也有很多這樣的公司。


在我們Dana-Farber癌癥研究所,每個(gè)癌癥病人到這里只要確診了,他的第一個(gè)DNA測(cè)序都是免費(fèi)的,我們有慈善機(jī)構(gòu)給他們捐錢(qián),讓我們來(lái)做。目的就是說(shuō)如果我們能夠找到某一些基因,發(fā)現(xiàn)它有一些特異的變異,也許那個(gè)變異的基因正好可以用一個(gè)藥,把這個(gè)基因的功能抑制住,這樣可以給病人找到一個(gè)靶向藥物,它只殺死癌癥細(xì)胞,而不殺傷正常細(xì)胞。


病人在做這種測(cè)序的時(shí)候,他的期望值非常高的,希望馬上得到一個(gè)藥就治愈了。但是實(shí)際上大部分測(cè)序的這些變異的數(shù)據(jù),現(xiàn)在沒(méi)有辦法找到一個(gè)特用的給這個(gè)變異的藥。即使能夠找到藥,現(xiàn)有很多的靶向藥病人可以吃上幾個(gè)月或者一兩年,可能就產(chǎn)生抗藥性。對(duì)于一些變異非常多的腫瘤,比如說(shuō)黑色素皮膚瘤,是因?yàn)樽贤饩€照射,還有比如說(shuō)肺癌是因?yàn)槲鼰煛h(huán)境污染造成的,它的變異就比較多。如果我們用一個(gè)靶向藥物,針對(duì)某一個(gè)變異的話,其他的變異就很容易產(chǎn)生抗藥性。所以對(duì)于這種多變異的腫瘤,其實(shí)原先的治療辦法并不是很好。


每年《科學(xué)》雜志到年底的時(shí)候,它就排一下過(guò)去這一年,科學(xué)里面的十大發(fā)現(xiàn)。2013年的時(shí)候排出來(lái)的十大發(fā)現(xiàn),第一個(gè)就是癌癥免疫治療。


我們給大家看看癌癥免疫治療大概是怎么回事。我們正常的血液里面,不只是紅血球給大家輸送養(yǎng)料和氧氣,還有很多的免疫細(xì)胞,包括T細(xì)胞、B細(xì)胞,這些細(xì)胞表面都有一個(gè)受體。大家可以想像一下免疫細(xì)胞,免疫細(xì)胞相當(dāng)于我們體內(nèi)的哨兵,它通過(guò)表面的受體能夠看出哪些東西是我自己和不是我自己的。


其實(shí)我們體內(nèi)所有在血液里面循環(huán)的T細(xì)胞和B細(xì)胞,都是不識(shí)別自己的,因?yàn)樽R(shí)別自己就叫自身免疫了。它們應(yīng)該識(shí)別的都是外源來(lái)的東西,比如細(xì)菌感染、病毒感染,它就覺(jué)得這個(gè)不是我,就知道這是壞人把它打死。


舉個(gè)例子,正常的細(xì)胞像良民一樣,表面上都有一種特別的受體,會(huì)把自己一些降解的正常蛋白放到細(xì)胞表面上來(lái),讓我們的免疫哨兵檢查,你看我這些都是正常的,我們的哨兵看這都是沒(méi)事,挺好。


如果外界來(lái)了一個(gè)細(xì)菌或者病毒,它感染了這個(gè)細(xì)胞之后,這個(gè)細(xì)胞里面就會(huì)放出來(lái)一些長(zhǎng)的非常不一樣的東西,我們的T細(xì)胞和B細(xì)胞很快就識(shí)別出來(lái)這是一個(gè)壞人,想辦法殺死。



腫瘤的細(xì)胞因?yàn)镈NA是有變異的,也會(huì)產(chǎn)生一些蛋白,跟原來(lái)正常的人類(lèi)細(xì)胞的蛋白不一樣,這時(shí)候也會(huì)給哨兵識(shí)別出來(lái)。那么這個(gè)時(shí)候,T細(xì)胞和B細(xì)胞,就要想辦法把它給殺死了。只是腫瘤細(xì)胞非常狡猾,它們學(xué)會(huì)了一個(gè)特別的辦法,大家看它在這個(gè)地方,就專(zhuān)門(mén)有一個(gè)辦法能放出一些東西來(lái),我們大家可以想像這是什么呢?就是它掏出來(lái)一個(gè)茅臺(tái),把哨兵給灌醉了。


所以很多時(shí)候我們把腫瘤拿來(lái)切片的話,就會(huì)發(fā)現(xiàn)其實(shí)免疫細(xì)胞就在腫瘤的旁邊,但是它卻不去殺死腫瘤細(xì)胞?,F(xiàn)在最常見(jiàn)的這些抗體抑制劑的藥,是一個(gè)抗體藥,它主要是把T細(xì)胞和腫瘤細(xì)胞中間的可能傳遞的信號(hào)堵住了,相當(dāng)于是拿一盆冷水,把哨兵給澆醒了。它就會(huì)趕快看看我身邊的細(xì)胞怎么回事,就發(fā)現(xiàn)這是一個(gè)癌癥細(xì)胞,跟正常的細(xì)胞非常不一樣,于是就會(huì)把它殺死。


這個(gè)藥非常好的一點(diǎn),就是我們以前最難治的癌癥,也就是變異越多的癌癥,其實(shí)長(zhǎng)的越跟正常細(xì)胞差得遠(yuǎn),最容易被我們的T細(xì)胞識(shí)別出來(lái),把它給殺死,所以最難治的癌癥其實(shí)現(xiàn)在是最好治的,比如說(shuō)黑色素皮膚瘤還有肺癌。美國(guó)原來(lái)的總統(tǒng)吉米·卡特就是得了黑色素皮膚瘤,本來(lái)以為是沒(méi)有希望了,是已經(jīng)擴(kuò)散了的癌癥,但是用了現(xiàn)在這個(gè)免疫檢查點(diǎn)抑制劑徹底治好了,再一看一點(diǎn)都沒(méi)有了。


癌癥免疫是可以把病人徹底治好的,而且一個(gè)非??上驳南⑹?,這是美國(guó)施貴寶公司當(dāng)時(shí)做的一個(gè)PD-1的抗體,昨天我們剛剛得到信息,中國(guó)的CFDA已經(jīng)把它正式批了臨床藥檢,現(xiàn)在可以在中國(guó)病人身上用了。以前病人都是要到香港或者美國(guó)買(mǎi)這個(gè)藥,現(xiàn)在在中國(guó)(內(nèi)地)就可以批示了。


只是這個(gè)還不能解決所有的問(wèn)題,只有少部分病人從這個(gè)藥獲益。比如在惡黑(色素瘤)里面,現(xiàn)在大概是50%到60%病人做的很好,在肺癌里面可能只有20%,其他很多癌癥還沒(méi)有試過(guò),可能會(huì)更低。所以非常重要的一個(gè)問(wèn)題,在病人沒(méi)有用這個(gè)藥以前,我們能不能預(yù)測(cè)出來(lái)他到底會(huì)不會(huì)對(duì)這個(gè)抗體藥有反應(yīng),能不能獲益。現(xiàn)在大家也知道可能的一些生物標(biāo)志物,有這么幾個(gè)。


第一個(gè)想知道腫瘤里面T細(xì)胞到底多不多?腫瘤里面哨兵多,這個(gè)可能會(huì)起到殺傷作用,如果哨兵都沒(méi)有來(lái)上班,它根本無(wú)法識(shí)別這個(gè)癌細(xì)胞和別的長(zhǎng)的不一樣。


第二個(gè)是哨兵的多樣性多不多,因?yàn)槊恳粋€(gè)T細(xì)胞,它有一個(gè)單獨(dú)的受體,它識(shí)別的東西都是不一樣的。比如有一個(gè)是專(zhuān)門(mén)識(shí)別病毒的,那個(gè)是識(shí)別細(xì)菌的,每一個(gè)識(shí)別的東西不一樣,所以身體血液里面的T細(xì)胞,多樣性要高才好。我們年輕的時(shí)候尤其青春期的時(shí)候,體內(nèi)的T細(xì)胞多樣性是非常高的,但是人隨著越來(lái)越老,T細(xì)胞多樣性越來(lái)越少了。所以你到老的時(shí)候,身體里應(yīng)該識(shí)別腫瘤變異的T細(xì)胞都死了,就算來(lái)了腫瘤也不能識(shí)別,這樣免疫藥物就不會(huì)讓病人真正獲益,所以T細(xì)胞的多樣性也是非常重要的。


第三個(gè)是腫瘤里面變異到底多不多,我們剛才說(shuō)起過(guò),T細(xì)胞要能識(shí)別出腫瘤細(xì)胞跟正常細(xì)胞是不一樣的,就是說(shuō)越有變異越能識(shí)別出來(lái),所以腫瘤的變異越多越好,更容易識(shí)別出來(lái),病人就更容易從這個(gè)藥獲益。


還有一個(gè)就是PD-L1的水平,可以想象它就是癌癥細(xì)胞掏出來(lái)的茅臺(tái)。如果能看到茅臺(tái)的瓶子,就是說(shuō)如果腫瘤里面還能看到茅臺(tái)的跡象,就說(shuō)明這個(gè)哨兵還曾經(jīng)試過(guò)去殺癌癥細(xì)胞。如果連瓶子也沒(méi)看到,估計(jì)它根本什么都沒(méi)看見(jiàn),那么現(xiàn)在的癌癥免疫藥物可能對(duì)病人不會(huì)有獲益。那么還有沒(méi)有其他更好的,或者是相關(guān)的一些生物標(biāo)記物呢?


我今年在美國(guó),這是一年一度的美國(guó)癌癥研究大會(huì),大概每年有兩萬(wàn)多人參加的會(huì)議上,我們就講了相關(guān)工作?,F(xiàn)在腫瘤的RNA的測(cè)序和基因表達(dá)的測(cè)序可以做的非常便宜,在美國(guó)大概300美金可以做一個(gè),在中國(guó)我覺(jué)得兩三千美金也可以做一個(gè)。



大家想象癌癥切出來(lái)的那一塊里面,大個(gè)的圓的這個(gè)就是癌癥的細(xì)胞,腫瘤里面不都只是癌癥的細(xì)胞,還有一些正常的組織、間歇性的細(xì)胞、毛細(xì)血管啊,還有很多帶著芽芽的這些,這些都是免疫細(xì)胞。我們發(fā)現(xiàn)在腫瘤里面,如果我做了一個(gè)整塊腫瘤的RNA基因表達(dá)的測(cè)序,我們就可以通過(guò)計(jì)算的算法,算出來(lái)這個(gè)里面T細(xì)胞有多少、B細(xì)胞有多少、巨噬細(xì)胞有多少,可以用算法算出來(lái)。這個(gè)有什么用?



這是我們另外的算法,我們發(fā)現(xiàn)病人可能在兩種情況,現(xiàn)在的免疫抗體藥對(duì)它不是特別管用。一種情況是T細(xì)胞已經(jīng)浸潤(rùn)到腫瘤里面來(lái)了,就是說(shuō)T細(xì)胞已經(jīng)在腫瘤里頭今天來(lái)上班了,哨兵就在腫瘤里面了,但是可能它喝太醉了。你想一個(gè)人喝的醉醺醺的時(shí)候,稍微有點(diǎn)頭暈,你一潑冰水就醒了重新干活了。但是如果醉的都躺在地上了,踢都踢不起來(lái)的話,你澆冷水仍然起不來(lái)。所以實(shí)際上T細(xì)胞到底多么麻痹多么醉,這個(gè)實(shí)際上在腫瘤里面是很重要的。我們也可以通過(guò)RNA基因的表達(dá)把它算出來(lái),我們就發(fā)現(xiàn)那些非常麻痹的T細(xì)胞,恐怕現(xiàn)在免疫治療不會(huì)效果非常好。


還有另外一種可能,叫做免疫冷的腫瘤,就是說(shuō)T細(xì)胞壓根進(jìn)不了腫瘤里面去。這是什么情況呢?大家可以想像如果哨兵特別不喜歡臭鼬的味道,它就不想去了。那么我們?cè)谀[瘤里面發(fā)現(xiàn)另外一些細(xì)胞,它們?nèi)绻谀堑脑?,T細(xì)胞就不愿意往里頭進(jìn),這時(shí)候腫瘤可能就會(huì)變成冷腫瘤。免疫細(xì)胞如果進(jìn)不去的話,里面又有變異,它就識(shí)別不出來(lái)了。那其他的這種類(lèi)似臭鼬的細(xì)胞,我們也可以通過(guò)基因表達(dá)測(cè)序的數(shù)據(jù)算出來(lái)的。


我們這個(gè)算法最近剛剛被Nature Medicine給接收了,就是說(shuō)如果病人能夠在用藥以前做一個(gè)RNA的測(cè)序,我們是不是可以算出來(lái)它的T細(xì)胞有多少累死了,或者是不是有其他的細(xì)胞影響T細(xì)胞進(jìn)不去,能夠在病人治療以前有一個(gè)預(yù)測(cè)作用。


除了剛才我們說(shuō)的免疫檢查點(diǎn)抑制劑以外,最近還有一些新的免疫治療的辦法。一個(gè)叫CAR—T,它是從病人的血液里面提出來(lái)T細(xì)胞,然后在T細(xì)胞里面用基因工程的辦法植入新的基因,這個(gè)新的基因表達(dá)出蛋白以后,它就表達(dá)在細(xì)胞表面上一個(gè)新的蛋白,這個(gè)蛋白是專(zhuān)門(mén)識(shí)別癌癥細(xì)胞。

這個(gè)時(shí)候就像在體外養(yǎng)上一個(gè)特種部隊(duì),很多很多這樣的T細(xì)胞,重新把這個(gè)T細(xì)胞打到病人血液里,特種部隊(duì)就到身體各個(gè)部分去找哪個(gè)是癌癥細(xì)胞,識(shí)別以后把它殺死。這個(gè)實(shí)際上在美國(guó)也是有臨床實(shí)驗(yàn)已經(jīng)通過(guò)了的,大家可以想像這個(gè)里面最技術(shù)性的難點(diǎn)是什么?最難的是什么基因放到細(xì)胞里面,它就對(duì)腫瘤有特異性的識(shí)別,這個(gè)實(shí)際上是可以算的。能夠做的比較好的現(xiàn)在是做淋巴癌,實(shí)體瘤實(shí)際上做得并不是特別好。怎么找到腫瘤特異性的一個(gè)受體放到細(xì)胞里,這是一個(gè)很大的問(wèn)題。


最近有一個(gè)新的療法,叫做新抗原的癌癥疫苗,一般的疫苗是用來(lái)預(yù)防的,但是現(xiàn)在在臨床里面用的癌癥疫苗,都是治療性的,病人已經(jīng)知道得了癌癥了,這個(gè)怎么做呢?


把一個(gè)腫瘤從身體里取出來(lái)以后,經(jīng)過(guò)DNA的測(cè)序,看看它到底有哪些變異的基因,然后通過(guò)計(jì)算算出來(lái)有哪些變異的東西,會(huì)讓細(xì)胞放到細(xì)胞表面上來(lái),被我們的T細(xì)胞所識(shí)別。這樣的話,我們就可以做一個(gè)管,里面都是這些腫瘤里特異的變異的序列,然后把整個(gè)混合在一起的病人自己腫瘤里面出現(xiàn)的這些變異,可以是RNA也可以是蛋白,把它打到病人體內(nèi),可以活化病人血里面專(zhuān)門(mén)識(shí)別這些變異的T細(xì)胞或者B細(xì)胞。就是說(shuō)比如人身體里這個(gè)地方有腫瘤,但T細(xì)胞可能不夠用。如果你在其他的地方,打進(jìn)了這個(gè)抗原,那身體里其他的T細(xì)胞就識(shí)別出這是壞人。T細(xì)胞一旦被激活以后,它還會(huì)在體內(nèi)有擴(kuò)增,在身體里面循環(huán),就專(zhuān)門(mén)找到那些腫瘤細(xì)胞,把它殺死。


大家知道這個(gè)部分里面,技術(shù)性最難的是什么嗎?主要是算出來(lái)所有這些變異的東西,哪些會(huì)讓我們身體里面的T細(xì)胞激活,這個(gè)部分也是計(jì)算機(jī)算法的問(wèn)題。剛才這兩個(gè)問(wèn)題,我們現(xiàn)在都在科研里面積極進(jìn)行,我們?cè)趺茨軌蚋鶕?jù)病人腫瘤的變異,專(zhuān)門(mén)找到一些會(huì)產(chǎn)生免疫反應(yīng)的受體,或者是變異的序列,能夠激活T細(xì)胞。這是現(xiàn)在免疫主要的治療辦法。


還有什么辦法可以提高現(xiàn)在免疫反應(yīng)用藥的機(jī)制呢?我們其實(shí)相信針對(duì)每個(gè)病人都是不一樣的,我們剛才說(shuō)病人腫瘤里面有免疫細(xì)胞,有熱腫瘤、冷腫瘤,T細(xì)胞能不能進(jìn)得去?有沒(méi)有喝醉?這需要腫瘤測(cè)序。同時(shí)我們也發(fā)現(xiàn)可能針對(duì)不同的病人,應(yīng)該根據(jù)它(的情況)用一個(gè)特異復(fù)方的治療,比如兩個(gè)藥或者三個(gè)藥一起下,現(xiàn)在免疫的這種治療上,大家也開(kāi)始兩三個(gè)藥一起用。想要解決這個(gè)問(wèn)題,我們需要看看細(xì)菌里面的免疫系統(tǒng)。


我們?nèi)耸且粋€(gè)多細(xì)胞的系統(tǒng),我們的免疫系統(tǒng)里面有B細(xì)胞、T細(xì)胞、巨噬細(xì)胞等等,可以想像是一個(gè)超級(jí)大國(guó)的防御系統(tǒng),海陸空什么都有,還有特種兵。但是一個(gè)細(xì)菌,細(xì)菌是一個(gè)單細(xì)胞的生物,它就很土了,它還能有免疫系統(tǒng)嗎?實(shí)際上細(xì)菌還真就有免疫系統(tǒng)。這個(gè)系統(tǒng)最先發(fā)現(xiàn)的是Jennifer Doudna(詹妮弗·杜德納)實(shí)驗(yàn)室。



我們這里面就是一個(gè)細(xì)菌,外面有一個(gè)病毒,大家知道病毒一般要感染一個(gè)細(xì)菌,就會(huì)把它自己的DNA注入到細(xì)菌里面,它就把細(xì)菌里面整個(gè)系統(tǒng)劫持掉了,為了做更多的病毒感染其他的細(xì)菌。但是假如這個(gè)細(xì)菌被感染以后沒(méi)死活下來(lái)了,它就說(shuō)我得記著,這個(gè)是壞人,下次再來(lái)我就記住了。


它就在病毒里找一個(gè)特異性的序列,細(xì)菌的DNA的序列里有一塊區(qū)間,可以想像是細(xì)菌自己的警察局,警察局里有很多壞人的照片,這是它小的時(shí)候壞人來(lái)記的一份,大一點(diǎn)的時(shí)候又來(lái)了一個(gè)壞人又記住了,就是最新的壞人照片總是存檔放在最上面,老的壞人放在底下。


警察局里每天還做蛋白,叫做CAS。這個(gè)CAS蛋白每天都過(guò)來(lái)上班,它就說(shuō)我來(lái)報(bào)道。然后警察局跟它說(shuō)你去警察局檔案里面拿相片去,這就拿了一個(gè)相片。這個(gè)警察都會(huì)在細(xì)菌里走來(lái)走去,什么時(shí)候這個(gè)病毒再過(guò)來(lái)侵染的時(shí)候,有了這個(gè)序列的DNA,因?yàn)楦嗥L(zhǎng)的像,這個(gè)哨兵就知道我得把這個(gè)切了,這是壞人。所以這個(gè)就是細(xì)菌里面的免疫系統(tǒng)。


大家再看,CAS是一個(gè)蛋白,CRISPR是一個(gè)RNA,就是相片。我們同事張鋒就說(shuō)這個(gè)好,細(xì)菌里有這么好的系統(tǒng),如果我們把它引入到人體的話,那咱也可以到人里面去切。

舉個(gè)例子,如果我給一個(gè)序列,就是希特勒的序列。如果到人里面,我只要把這個(gè)CAS蛋白引入,然后把CRISPR這個(gè)相片RNA也引入,只要人的序列(跟希特勒的序列)長(zhǎng)的一樣,它就能夠把DNA給切了。那你不是指哪打哪嗎,你給它什么相片它就切哪。那全基因組里你就哪都可以切了,這個(gè)一下非?;穑蠹乙庾R(shí)到這有很多的作用。



第一,如果我們把一個(gè)地方切了,正好這個(gè)地方是一個(gè)基因,把這個(gè)基因切斷了,這個(gè)細(xì)胞想把斷的這個(gè)頭對(duì)起來(lái),但是經(jīng)常對(duì)不準(zhǔn),最后基因的功能就失活了,我們就把這個(gè)基因的功能給敲死了。


第二個(gè),我們把這個(gè)切斷之后,還給它另外一個(gè)序列,左邊跟左邊長(zhǎng)得像,右邊跟右邊長(zhǎng)得像,中間給它來(lái)一個(gè)別的,這個(gè)細(xì)胞就以為這是我原來(lái)有的序列,它就會(huì)用我們給它的序列來(lái)補(bǔ),這樣的話我做出來(lái)一個(gè)新的序列。


我上個(gè)周參加了一個(gè)基因編輯這方面的會(huì),那里面就有咱們國(guó)內(nèi)的科學(xué)家,現(xiàn)在在做抗生病的水稻或者不怕冷的豬,甚至可以拿蜥蜴做模板,再一點(diǎn)點(diǎn)改,改成恐龍,這些都可以做,這個(gè)就非常好,這個(gè)技術(shù)很有用。


我們現(xiàn)在用的辦法不是一個(gè)基因一個(gè)基因敲除,我們?nèi)蚪M來(lái)試著敲除。這叫CRISPR篩選技術(shù),我們把幾千萬(wàn)個(gè)細(xì)胞都養(yǎng)在盤(pán)子里混在一起,每個(gè)里面都引入CRISPR和CAS。CRISPR就是RNA的相片,CAS就是蛋白了。大家想幾千萬(wàn)的細(xì)胞養(yǎng)在里面,我這里面只show了兩個(gè)基因,實(shí)際上我們可以?xún)扇f(wàn)個(gè)基因同時(shí)做。


比如說(shuō)我這里面一開(kāi)始有一些細(xì)胞,咱們舉個(gè)例子,就是放了斯大林的相片,它進(jìn)去就切斯大林的基因去了,另外一些細(xì)胞里放的是華盛頓的基因相片,它進(jìn)里面就把華盛頓的基因敲死了。一開(kāi)始我們這里面有好幾萬(wàn)個(gè)基因,好多好多的照片混合在一起。這些細(xì)胞養(yǎng)了兩三個(gè)星期之后,我們不是來(lái)直接看這個(gè)細(xì)胞,而是說(shuō)每個(gè)細(xì)胞把你手里的相片拿出來(lái)給我看,這個(gè)就是用高通量測(cè)序的辦法測(cè)出來(lái)。


我們讀相片,發(fā)現(xiàn)帶著華盛頓相片的細(xì)胞在剛開(kāi)始的時(shí)候有很多份,可是如果我們把華盛頓的基因敲了以后,養(yǎng)了兩三個(gè)星期以后,怎么一測(cè)都沒(méi)了?這說(shuō)明華盛頓的基因非常重要,細(xì)胞里沒(méi)有這個(gè)基因,細(xì)胞就死了,那么養(yǎng)了兩三個(gè)星期之后測(cè)出來(lái)的細(xì)胞就沒(méi)有它的相片了。但是還有一種可能,敲了斯大林基因的細(xì)胞,細(xì)胞都活得好開(kāi)心,使勁生長(zhǎng)。到最后的時(shí)候,有華盛頓(此處應(yīng)為斯大林)相片細(xì)胞就會(huì)非常多,這就說(shuō)明斯大林的基因?qū)?xì)胞并不怎么好,甚至抑制細(xì)胞的增長(zhǎng)。

所以我們通過(guò)高通量測(cè)序去數(shù),在剛開(kāi)始做這個(gè)實(shí)驗(yàn)的時(shí)候,每個(gè)細(xì)胞里面總體上這些相片到底是誰(shuí)是誰(shuí)(有多少),兩三個(gè)星期之后,再用高通量測(cè)序,再讀這些相片的多少,我就能算出來(lái)它們所敲的基因,到底對(duì)細(xì)胞的生長(zhǎng)是起到抑制的作用還是促進(jìn)的作用。這個(gè)好處是我們所有的細(xì)胞都可以養(yǎng)在一個(gè)大盤(pán)里,最后靠高通量和計(jì)算的辦法算出來(lái),我們不需要一個(gè)基因一個(gè)基因去敲,就可以看它到底功能怎么樣,一下子增加了我們發(fā)現(xiàn)新東西的有效性。


我們?cè)趺茨脕?lái)真正去用?第一個(gè)就是有一些腫瘤,是可以養(yǎng)在盤(pán)子里的,如果能在盤(pán)里養(yǎng)得起來(lái)的話,我們就可以通過(guò)CRISPR篩選的辦法,找到哪一個(gè)基因到底對(duì)腫瘤有特異性的作用,真正可以找到一個(gè)好的癌癥的靶點(diǎn)。這個(gè)我們?cè)贒ana-Farber有一個(gè)同事做出來(lái)過(guò),就是一個(gè)小孩得了一個(gè)肉瘤,通過(guò)腫瘤測(cè)序沒(méi)有找到好的藥,但是他那個(gè)腫瘤切下來(lái),就能在盤(pán)里養(yǎng)的起來(lái),就做了CRISPR篩選,就可以找到一個(gè)新的靶點(diǎn),正好有一個(gè)新藥可以給他用。但是隨便切一個(gè)腫瘤就可以在盤(pán)里養(yǎng)下來(lái)的還是很少的。


我們得癌癥有兩種可能,一種是因?yàn)榛蜃儺悓?dǎo)致癌癥,就是致癌的基因突變了,就導(dǎo)致癌癥了。但是還有一些是抑癌基因缺失了,抑癌基因本來(lái)是讓癌癥細(xì)胞別長(zhǎng)那么快,就是抑制癌癥生長(zhǎng)的,但是這些基因如果缺失了,也會(huì)得癌癥?,F(xiàn)在癌癥方面的靶向藥,都是把激活的基因抑制住,沒(méi)有辦法把缺的基因補(bǔ)回來(lái)。


最常見(jiàn)的例子,比如P53基因缺失了,這個(gè)人就得了癌癥,現(xiàn)在其實(shí)沒(méi)有辦法來(lái)治療。最近因?yàn)橛蠧RISPR篩選的技術(shù),大家也在試著來(lái)找合成致死或協(xié)同致死這樣一對(duì)一對(duì)的基因。


什么叫協(xié)同致死?就是說(shuō)有兩個(gè)基因,A和B,缺了A沒(méi)有關(guān)系,缺了B也沒(méi)有關(guān)系,但是AB都沒(méi)有的話,這個(gè)細(xì)胞就死了。比如說(shuō)正常細(xì)胞的時(shí)候,基因A和B都有,這個(gè)細(xì)胞活得很好。在癌癥細(xì)胞里,可能抑癌的基因缺失了,這個(gè)時(shí)候就變成癌癥了,細(xì)胞長(zhǎng)的更快了。


如果它有一個(gè)協(xié)同致死的這樣一個(gè)同伴,這個(gè)A基因如果是有藥可以用的話,我們對(duì)這個(gè)A基因用了藥之后,正常的細(xì)胞是沒(méi)有關(guān)系的。因?yàn)槲覀儎偛耪f(shuō)了這兩個(gè)之所以是一對(duì),是因?yàn)锳和B任何一個(gè)沒(méi)有都沒(méi)關(guān)系。所以如果我們用藥的話,正常細(xì)胞還是很高興的。但是癌癥細(xì)胞因?yàn)橐职┗蛞呀?jīng)缺失了,你再用藥抑制了(它的協(xié)同基因),癌癥細(xì)胞就有可能死掉?,F(xiàn)在可以通過(guò)CRISPR篩選的辦法,找到這樣一對(duì)一對(duì)的基因,我們就可以專(zhuān)門(mén)治療一些因?yàn)槿笔б职┗驅(qū)е掳┌Y的患者,原來(lái)是沒(méi)有藥可用的,現(xiàn)在可能找到新的靶點(diǎn)給他們用。


我們還可以通過(guò)這個(gè)(CRISPR篩選)找到新的藥物復(fù)方治療的辦法,我們最近做的另外一個(gè)相關(guān)科研,是在表觀遺傳學(xué)方面。表觀遺傳是什么呢?我想問(wèn)問(wèn)在座有多少人滑過(guò)雪?可能要坐纜車(chē)坐到最山頂上,山頂上可以有好多條路下來(lái),最最山頂上,就像一個(gè)多能性的干細(xì)胞,就像胚胎干細(xì)胞這樣,它有能力分化成下游的各個(gè)不同的組織和其他細(xì)胞。



但是如果你決定走一條山路下來(lái),走到這你已經(jīng)是腦子的細(xì)胞了,就不可能變成肌肉或者別的細(xì)胞。這個(gè)已經(jīng)走到這了,就是血液細(xì)胞,可能最后分化成紅血球、白血球,但是你肯定不是一個(gè)肝或者是一個(gè)肺。其實(shí)我們(每個(gè)細(xì)胞)的DNA都是一樣的,可是多能干細(xì)胞在分化的過(guò)程中,它要知道我大概在哪,它每個(gè)下面的細(xì)胞,應(yīng)該知道我繼續(xù)往下分化,不能再往上走。那么(每個(gè)細(xì)胞的)DNA都是一樣,可是細(xì)胞的表型很不一樣,而且每個(gè)細(xì)胞記住我大概在哪,我是肌肉還是骨骼還是一個(gè)血(細(xì)胞),這個(gè)勢(shì)能就是一個(gè)表觀遺傳。


我們現(xiàn)在在癌癥測(cè)序的數(shù)據(jù)里面發(fā)現(xiàn)特別有趣的現(xiàn)象,凡是調(diào)控勢(shì)能的表觀遺傳的基因,在癌癥里面經(jīng)常有一些變異。表觀遺傳的基因如果變異了,可以想像在雪山滑雪掉溝里了,出不來(lái)了,就亂了套了。所以現(xiàn)在很多制藥廠也做關(guān)于表觀遺傳基因變異的一些抑制劑,很多大藥廠都做了這樣的藥。但是這個(gè)藥真正到臨床領(lǐng)域用,好像效果不是特別好,因?yàn)橐挥煤孟窈芸炀彤a(chǎn)生抗藥性。大家可以想像調(diào)節(jié)勢(shì)能的東西很難說(shuō),你說(shuō)病人掉溝里了,我給它改邪歸正,很容易沒(méi)引對(duì)道沒(méi)走正,所以不太好用。


我們最近也在做這種(研究),如果一個(gè)藥產(chǎn)生抗藥性比較快,怎么辦呢?也可以用這種辦法(CRISPR篩選),我把很多的細(xì)胞養(yǎng)在一起,把CRISPR(RNA照片)放進(jìn)去,里面敲了不一樣的基因。敲完之后,我就把癌癥的藥用上。我就看我敲了哪個(gè)基因有什么影響,測(cè)序的時(shí)候是測(cè)開(kāi)始沒(méi)加藥的和后來(lái)加過(guò)藥的細(xì)胞生長(zhǎng),看看它有什么區(qū)別。


我們就會(huì)發(fā)現(xiàn)有一些基因敲除了以后,它(癌細(xì)胞)會(huì)對(duì)這個(gè)藥物的敏感性增加。還有一些基因把它敲掉了之后,它(癌細(xì)胞)會(huì)對(duì)這個(gè)藥物的敏感性下降。我們?nèi)蚪M的所有基因一個(gè)一個(gè)都可以看一遍,這樣的話我就可以看出來(lái)哪個(gè)基因可能是抗藥的機(jī)制,哪個(gè)基因如果跟第一個(gè)藥一起用,可能讓病人對(duì)藥的敏感性更強(qiáng),這個(gè)相當(dāng)于找到了一個(gè)聯(lián)合用藥的辦法,兩個(gè)藥一塊兒下,沒(méi)有讓它有一個(gè)喘息之機(jī)可以產(chǎn)生抗藥性。這樣我們就可以在全基因組里一個(gè)一個(gè)基因去看,哪個(gè)基因可以跟原來(lái)的藥有更好的聯(lián)合用藥的辦法。


我們通過(guò)這個(gè)還可以看出來(lái),全基因組里每個(gè)基因?qū)ΜF(xiàn)在的藥到底敏感不敏感,它給我們很好的生物標(biāo)志物,告訴我們哪些病人會(huì)從這個(gè)藥獲益。所以我們通過(guò)這個(gè),可以看出這個(gè)藥物有沒(méi)有脫靶,它到底作用在哪個(gè)功能性的通路上,哪些其他的基因?qū)ΜF(xiàn)在的藥起到促進(jìn)或者抑制的作用。


最近我們也發(fā)現(xiàn)用CRISPR篩選的辦法,也可以對(duì)免疫治療有所預(yù)示。咱們說(shuō)一下這種實(shí)驗(yàn)現(xiàn)在做的主要有三種。


第一個(gè)是在癌癥細(xì)胞里面,我們直接給它加一些細(xì)胞毒素,這些毒素是T細(xì)胞一旦識(shí)別了腫瘤細(xì)胞以后(釋放出來(lái)的),T細(xì)胞是怎么殺傷癌癥的?實(shí)際上就是識(shí)別以后,在微環(huán)境里放出一些毒素。大家可以想象整個(gè)人體免疫系統(tǒng)像一個(gè)海陸空,最有效的應(yīng)該是空軍,最厲害。如果在癌癥細(xì)胞里加一點(diǎn)細(xì)胞毒素,相當(dāng)于我們的空軍扔點(diǎn)炸彈轟炸一下,看看癌癥細(xì)胞轟炸以后,會(huì)不會(huì)哪些基因由于缺失了,會(huì)對(duì)空軍的轟炸更敏感或者更不敏感,這個(gè)我們可以全基因組試一下,哪個(gè)基因會(huì)對(duì)現(xiàn)在的空軍轟炸更敏感或者更不敏感。



第二種實(shí)驗(yàn)把T細(xì)胞和癌癥細(xì)胞養(yǎng)在同一個(gè)盤(pán)里頭,空軍除了能轟炸,還可以打槍?zhuān)抑苯影褖娜撕涂哲婐B(yǎng)在一起,看看到底哪個(gè)基因敲除了以后,它對(duì)T細(xì)胞的殺傷影響會(huì)比較大。


第三個(gè)辦法,我們?cè)诎┌Y的細(xì)胞里邊,放了現(xiàn)在的CRISPR,敲了一些不同的基因之后,就把這個(gè)細(xì)胞種在老鼠里面,這個(gè)老鼠里面不只是空軍,不只是T細(xì)胞,還有陸??杖椎?。我們就給老鼠打現(xiàn)在的抗體藥,PD-1這些藥,就想看看現(xiàn)在的癌癥細(xì)胞里面,敲了哪些基因,就能讓它對(duì)現(xiàn)在的抗體藥反應(yīng)更強(qiáng)或者更弱,我們就可以把整個(gè)基因組的基因一個(gè)個(gè)看,到底怎么能對(duì)現(xiàn)有的這些免疫抑制劑,能夠起到促進(jìn)或者抑制作用。通過(guò)這個(gè)不但能找到新的基因用藥,我們也可以找到生物標(biāo)志,就是說(shuō)對(duì)原來(lái)這個(gè)病人,哪些基因?qū)λ庖呦到y(tǒng)到底有哪些影響,我們可以通過(guò)這個(gè),預(yù)測(cè)哪些腫瘤可以對(duì)現(xiàn)在的抗體藥有效或者無(wú)效,這也是非常有用。


我們做一下總結(jié),CRISPR篩選的技術(shù)是非常有用的。我們可以在癌癥里面找到非常好的新的藥物靶點(diǎn),而且我們知道以前如果有一些抑癌基因,我們是沒(méi)有辦法用藥的,現(xiàn)在就可以用合成致死的辦法找到一些新的靶標(biāo)來(lái)專(zhuān)門(mén)治這種癌癥。第三個(gè)我們可以拿它來(lái)找一個(gè)生物標(biāo)志物,知道哪些病人會(huì)對(duì)這個(gè)藥獲益。


一旦有一個(gè)藥的時(shí)候,在制藥的過(guò)程中,我們還能看出來(lái)它是不是有脫靶效應(yīng),到底是打擊了癌癥細(xì)胞的哪些細(xì)胞通路。還有就是說(shuō)可能哪些基因可以調(diào)控細(xì)胞對(duì)現(xiàn)有的藥的抗藥機(jī)制。最后是希望能夠找到一個(gè)聯(lián)合用藥——兩個(gè)藥一起用的辦法,能夠讓腫瘤沒(méi)有辦法有喘息之機(jī),發(fā)展出對(duì)藥物的抗藥性。所有這些過(guò)程,都是需要統(tǒng)計(jì)和計(jì)算的算法,通過(guò)高通量的數(shù)據(jù)和測(cè)序的數(shù)據(jù)算出來(lái)的,能夠設(shè)計(jì)分析解釋CRISPR篩選的結(jié)果。


我們真正想要治愈癌癥有哪些東西可以做,大家可能都知道安吉麗娜·朱莉做了一個(gè)自己的(基因測(cè)序),她沒(méi)有得癌癥,就是血里面測(cè)了序了。她知道自己有一個(gè)mutation(突變),于是她決定把自己的乳房跟子宮都切掉了,希望能夠降低她得乳腺癌跟子宮癌的可能性。

大家可能就問(wèn),我應(yīng)不應(yīng)該做一下基因測(cè)序來(lái)預(yù)測(cè)一下。那么可能有三個(gè)因素來(lái)指導(dǎo)大家是不是做這個(gè)。


第一個(gè),朱莉之所以做這個(gè)檢測(cè),是因?yàn)樗齻兗依镉泻芏嗯?,比如說(shuō)姐妹或者是姑姑、姨、媽媽、姥姥,這樣的人如果她有家族歷史又容易得癌癥,她就應(yīng)該做一下基因測(cè)試。但是如果你家里沒(méi)有一些特別(的患癌案例),或者至少不比其他家有更多的得癌癥的機(jī)率的話,不一定能夠做,所以這個(gè)是說(shuō)到底是不是有家族遺傳史。


第二個(gè),現(xiàn)在做的基因測(cè)序,它到底對(duì)預(yù)測(cè)癌癥起到多大的預(yù)測(cè)作用。安吉麗娜·朱莉(突變)的這個(gè)基因(BRCA1),其實(shí)增加癌癥的發(fā)生率是很大的,50%的可能性。大部分的這些現(xiàn)在能夠預(yù)測(cè)的基因,可能是增加了你得癌癥的1%或者2%。大家知道如果我們不抽煙、少喝酒、生活規(guī)律,可能很容易就減少你得癌癥20%,可能比基因測(cè)序會(huì)更準(zhǔn)確。


第三個(gè),即使我知道(某個(gè)基因突變)了,比如說(shuō)她生過(guò)孩子了不想再生了,把乳房和子宮都切掉了,但如果測(cè)完了說(shuō)你可能得肺癌,那你就把肺切了嗎?不一定能做得了??偟膩?lái)說(shuō),如果家族沒(méi)有得癌癥的歷史的話,不一定要做這個(gè)。


還有就是早檢查,有各種的辦法來(lái)做這個(gè)。最近比較新的技術(shù),是說(shuō)我抽一點(diǎn)血,看血里的DNA或者血里有沒(méi)有腫瘤的細(xì)胞,這個(gè)叫做血里面循環(huán)的腫瘤細(xì)胞或者血里面循環(huán)的DNA,經(jīng)過(guò)一些實(shí)驗(yàn)手段來(lái)看看,這個(gè)人是不是血液里面的癌癥細(xì)胞或癌癥DNA比原來(lái)多了。


這個(gè)現(xiàn)在還是技術(shù)發(fā)展的過(guò)程,我們不認(rèn)為現(xiàn)在有技術(shù)可以非常穩(wěn)定地預(yù)測(cè)出來(lái),就是早期篩查。現(xiàn)在大家開(kāi)始做這方面的臨床實(shí)驗(yàn),也有一些學(xué)術(shù)上的可喜成果,但是距離臨床應(yīng)用還是非常早的,希望有更好的這方面的技術(shù)發(fā)展。


那么如果要是已經(jīng)得了癌癥,尤其是對(duì)于后期病人,免疫治療也不能解決所有問(wèn)題,可能結(jié)合其他的藥做復(fù)方治療是更好的辦法。


第一個(gè),靶向治療仍然非常好,大家知道像國(guó)內(nèi)人只要得肺癌,如果有EGFR和ALK的mutation(突變)的話,最好的還是用靶向藥物進(jìn)行治療,針對(duì)變異直接殺傷癌癥細(xì)胞。這個(gè)我們可以想象是直接殺死癌癥,也許在中醫(yī)的角度上是祛邪的辦法,你直接把壞人殺死了。


第二個(gè)我們說(shuō)的免疫治療,是說(shuō)把這個(gè)病人的T細(xì)胞和B細(xì)胞激活了以后,能夠扶正,你得把免疫性提高了,讓免疫系統(tǒng)殺死癌癥。我們剛才說(shuō)到表觀遺傳學(xué)上的藥,就是從山上下來(lái)掉溝里的那種,我們可以認(rèn)為它是引導(dǎo)癌癥細(xì)胞改邪歸正,至少讓腫瘤里面的免疫微環(huán)境有所調(diào)整。這三個(gè)藥實(shí)際上機(jī)制非常不一樣,我們?cè)趺茨軌蛳朕k法把這三個(gè)藥合在一起,這是一個(gè)非常好的科研問(wèn)題。



但是要想把這個(gè)東西做得好,我們需要對(duì)病人的腫瘤進(jìn)行測(cè)序,不一定是DNA的測(cè)序,可能是DNA加上RNA,或者是表觀遺傳學(xué)方面測(cè)序的數(shù)據(jù),來(lái)看看每個(gè)人具體的腫瘤里面是怎么樣。還有就是我們剛才講的用CRISPR篩選的實(shí)驗(yàn),看看很多這樣的公共數(shù)據(jù),你就知道這個(gè)人的腫瘤因?yàn)橛羞@個(gè)變異,可以用某一個(gè)藥,因?yàn)橐郧暗腃RISPR篩選的數(shù)據(jù)能夠告訴我們,這個(gè)基因跟那個(gè)基因合在一起,就可以不用產(chǎn)生抗藥性等等。


第三個(gè),我們所有的這些都生成了很多高通量的數(shù)據(jù),所以需要計(jì)算機(jī)學(xué)得好或者統(tǒng)計(jì)、數(shù)據(jù)挖掘,才能真正把這三個(gè)更好地結(jié)合在一起。


美國(guó)現(xiàn)在的登月計(jì)劃,是原來(lái)的副總統(tǒng)發(fā)起的,他這個(gè)目標(biāo)是非常樂(lè)觀的,說(shuō)2020年我們就要治愈癌癥。當(dāng)然這可能比較難以達(dá)到,但是我們覺(jué)得現(xiàn)在技術(shù)真的發(fā)展非??欤庖咧委熛駝偛耪f(shuō)的,昨天剛剛CFDA開(kāi)始批了,在中國(guó)可以用了。所以在整個(gè)過(guò)程中,我們希望通過(guò)大家的努力,科研上的發(fā)展,包括我們也希望有更多的中國(guó)科學(xué)工作者,包括在座的很多小朋友們,能夠多學(xué)生物的技術(shù),計(jì)算算法還有統(tǒng)計(jì)這種算法,能夠把這三樣?xùn)|西用好了,能夠讓我們大部分現(xiàn)在在座的人,有生之年不再害怕得癌癥了。


好,謝謝大家!


劉小樂(lè),哈佛大學(xué)與Dana-Farber癌癥研究所統(tǒng)計(jì),生物統(tǒng)計(jì)與計(jì)算生物學(xué)終身教授,Dana-Farber功能性癌癥表觀遺傳學(xué)中心主任,教育部長(zhǎng)江講座教授(同濟(jì)大學(xué)),中組部千人計(jì)劃學(xué)者。


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