蜜蜂的世界:為何基因相同,命運卻不相同
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撰文 | 李 晶(海軍軍醫(yī)大學(xué)轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心副研究員)
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我們的細(xì)胞千差萬別,從長相上來看,有的長得像樹杈(神經(jīng)元細(xì)胞),有的長得像飛碟(紅細(xì)胞);從功能上來看,有能夠大口吞噬細(xì)菌的“吃貨”(巨噬細(xì)胞),還有起因成謎的“內(nèi)奸”(腫瘤細(xì)胞)……
每一個人的生命都是從一個受精卵開始的,細(xì)胞從一變二、二變四、四變八……從這個受精卵開始,新生命逐漸分化出200多種類型的細(xì)胞,但我們的遺傳物質(zhì)不曾發(fā)生改變。
那人體這千變?nèi)f化的細(xì)胞都是由一個細(xì)胞分化而來的,并且具有相同的 DNA,它們是如何認(rèn)證各自的“身份”的?怎樣執(zhí)行其獨特的功能呢?
我們不妨通過蜜蜂的世界先來了解下,為什么基因相同,卻造就了蜜蜂之間不同的命運?
表觀遺傳改變蜜蜂的命運
蜜蜂是具有社會性特征的昆蟲,按照不同的職能,可以分為蜂王、工蜂和雄蜂。一個蜂群王國通常是由一只蜂王、300~400只雄蜂和數(shù)量可達(dá)上萬只的工蜂組成的。
蜜蜂王國是一個強大的母系社會,雄蜂僅能存活三四個月,其使命僅是與蜂王交配。而蜂王具有強大的生育能力,一次可產(chǎn)卵2000~3000 個,一生產(chǎn)卵的數(shù)量達(dá)100 萬~150 萬之多。而在每次近3000 個受精卵中,僅有一個能發(fā)育成為新蜂王,其余的蜜蜂將成為工蜂。
無論蜂王還是工蜂,它們的DNA 一模一樣。但蜂王個頭大,行動敏捷,一副“王者風(fēng)范”,全靠工蜂供養(yǎng);而工蜂嬌小勤勞,每天負(fù)責(zé)采蜜勞作,回巢供養(yǎng)蜂王。
為什么它們的命運有天壤之別呢?
秘密就在它們出生后的食物。
蜂王一出生,就以營養(yǎng)豐富的蜂王漿為食,營養(yǎng)絕佳。而工蜂出生之后,就只能以花粉、花蜜為食,營養(yǎng)無法與蜂王漿相比。
蜂王漿這么神奇嗎?它是通過什么機制造成蜂王和工蜂這么大的差別呢?
通過比較基因組發(fā)現(xiàn),蜂王和工蜂的基因組是一樣的,而產(chǎn)生這種差異的原因只能從表觀遺傳學(xué)方面的差異來解釋。
我們從父母那里繼承的 DNA 序列,在短暫而又漫長的人生中,幾乎不會變化,而DNA 之外的信息卻隨時隨地在變化著。
簡單來講,表觀遺傳(Epigenetics)就是不依賴于DNA 序列的遺傳,它包括3 個各自獨立又相互關(guān)聯(lián)的方面:DNA 甲基化、組蛋白修飾和非編碼RNA 的調(diào)控。例如,同卵雙胞胎盡管有相同的 DNA 序列,但他們總會存在這樣或那樣的不同。正是由于表觀遺傳現(xiàn)象的存在,世界才變得更加多元和精彩。
說回到蜜蜂的世界。2008 年,澳大利亞科學(xué)家發(fā)現(xiàn),蜂王漿能夠抑制蜂王幼蟲體內(nèi)的一種酶——DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶3(DNMT3)。
顧名思義,DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶就是負(fù)責(zé)在普通 DNA 的胞嘧啶上進行甲基化修飾的一種酶。通常,DNA 甲基化能夠在不改變基因序列的情況下,調(diào)控基因的表達(dá)。研究發(fā)現(xiàn),啟動子區(qū)域 DNA 甲基化降低,能夠增強基因的表達(dá);如果啟動子區(qū)域 DNA 甲基化增高,通常能夠抑制基因的表達(dá)。而蜂王漿通過抑制 DNMT3,減少啟動子區(qū)域 DNA甲基化,來提高基因表達(dá)水平。
以此類推,通過RNA 干擾的方法抑制DNMT3 的功能,就能復(fù)制出一個蜂王,這就好像是蜜蜂界“灰姑娘的故事”。另外,甲基化修飾還可以引起 RNA 剪接變異體的產(chǎn)生,而其中受到甲基化調(diào)控的一類重要基因就與組蛋白修飾相關(guān)。
蜂王和工蜂的故事從一個側(cè)面說明環(huán)境因素的重要性,竟然可以輕而易舉地改變一個物種的表型,而表觀遺傳修飾就是其中的媒介。事實上,表觀遺傳在生命過程的各方面都發(fā)揮著重要調(diào)控作用,和基因這個“造物主”比起來,表觀遺傳就像生命現(xiàn)象的高級管理者。
如果我們問自己這樣一個問題:為什么我們的器官、組織、細(xì)胞享有來自父母相同的基因組(但是從科學(xué)的角度來說,會有稍許不同,因為所處環(huán)境不同,我們的身體會產(chǎn)生相應(yīng)改變),卻有那么多的不同之處?為什么人類的大腦長得像核桃,心臟長得像椰子,前列腺長得像栗子呢?
人體內(nèi)功能各異的細(xì)胞是如何形成的?
表觀遺傳就像細(xì)胞的化妝術(shù),同一張“臉”(同一個基因組)卻能經(jīng)過它的修飾呈現(xiàn)出不同的“美”。
早在1942 年,英國生物學(xué)家沃丁頓教授首先提出了細(xì)胞分化和命運決定的景觀模型理論。
如果用山脈來做比喻,山脊和山谷象征著細(xì)胞分化的路徑,由終末分化細(xì)胞組成的器官處在山腳,而綿延不斷的山脊具有不同的高度、不同的坡度,實則代表著整個發(fā)育過程對于細(xì)胞分化路徑的調(diào)控能力。
真實的細(xì)胞分化過程主要取決于三點:
① 細(xì)胞的起點;
② 各種基因在表象下復(fù)雜的相互作用;
③ 細(xì)胞發(fā)育過程中可能的誘導(dǎo)因素。
基因像是鉚釘在生命核心的“樁子”,每一根“樁子”其實牽引著生命的各個層面?;蚴请y以改變的,而環(huán)境因素與基因相互作用才能構(gòu)成如此復(fù)雜的生命現(xiàn)象。
簡而言之,有些東西(如基因)我們沒有辦法改變,它控制著一些固化的“山谷”,但是環(huán)境(如一陣風(fēng))都有可能影響細(xì)胞的分化路徑而改變發(fā)育進程。而有些時候,細(xì)胞可能是“靜止”的,只要有一個誘導(dǎo)因素,或許細(xì)胞就會順著“牽引力”而去——這就是細(xì)胞的分化。
我們知道,受精卵具有發(fā)育成完整個體的潛能,它最大的特點就是擁有全能性。2006 年,艾瑞克·蘭德實驗室發(fā)現(xiàn),在人類基因組中有一種高度保守的非編碼元件(highly conserved non-coding element,HCNE)的大塊區(qū)域,在整個區(qū)域聚集了一批重要且與分化相關(guān)的基因,如大名鼎鼎的 HOX 基因家族。
蘭德認(rèn)為在這些區(qū)域一定藏著“小秘密”。通過對這些區(qū)域中組蛋白修飾的改變進行分析,他發(fā)現(xiàn)并定義了其具有“雙向(bivalent)”的特性。這就像一個神奇的“細(xì)胞開關(guān)”,扳到左就變成了血液細(xì)胞,扳到右就變成了神經(jīng)細(xì)胞。
針對表觀遺傳的重要調(diào)控作用,在生物科學(xué)界并沒有統(tǒng)一的認(rèn)知觀點。有些學(xué)者認(rèn)為,表觀遺傳的作用被過分夸大了;而有些學(xué)者認(rèn)為,表觀遺傳的作用還遠(yuǎn)未得到認(rèn)知。
例如,細(xì)胞“身份”的轉(zhuǎn)變是在基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控下有序進行的。當(dāng)發(fā)生細(xì)胞“身份”轉(zhuǎn)變時,不僅需要有轉(zhuǎn)錄因子和靶基因的特殊序列,以及 RNA 聚合酶,還需要細(xì)胞內(nèi)部對基因轉(zhuǎn)錄頒發(fā)“許可證”。
這個“許可證”的頒發(fā)者就是表觀遺傳。
細(xì)胞分化就像汽車在不同的道路上奔馳,轉(zhuǎn)錄因子僅僅是決定汽車快慢的油門和剎車系統(tǒng),而表觀遺傳才是決定汽車在哪條道路上行駛的方向盤。
細(xì)胞的“身份”丟失后會發(fā)生什么?
沃丁頓的細(xì)胞分化和命運決定理論描述的生命就像是一幅山水畫。當(dāng)一切正常的時候,山水靜好、鳥語花香;一旦出現(xiàn)異常,如地殼變化、颶風(fēng)來臨等,均有可能引起山崩地裂、河谷咆哮等災(zāi)害。這種異常情況就如同人的機體出現(xiàn)表觀遺傳調(diào)控的突變,產(chǎn)生對肌體的影響,甚至威脅個體生命的安危,如腫瘤細(xì)胞。
腫瘤細(xì)胞的異質(zhì)性和多樣性,就是腫瘤細(xì)胞的“身份錯位”。正是這種細(xì)胞“身份”的丟失,從而促使腫瘤的發(fā)生和發(fā)展,而其中一些組織特異性增強子的表觀遺傳異??赡芷鹬匾恼{(diào)控作用。
細(xì)胞的“身份”識別、“身份”變更及“身份”丟失,與許多生命過程有關(guān),可能會導(dǎo)致腫瘤的發(fā)生、發(fā)展。研究表觀遺傳對細(xì)胞“身份”的決定作用,有助于我們揭開細(xì)胞“身份”改變之謎,為腫瘤的發(fā)生、發(fā)展和治療提供新的思路。
本文摘錄自于文強(復(fù)旦大學(xué)生物醫(yī)學(xué)研究院研究員)主編的《超越雙螺旋:神奇的表觀遺傳密碼》一書中,李晶(海軍軍醫(yī)大學(xué)轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心副研究員)所著的《表觀遺傳是如何決定細(xì)胞“身份”的?》一文,摘錄時略有刪減。
《超越雙螺旋:神奇的表觀遺傳密碼》
主編:于文強
責(zé)任編輯:王亞萍
策劃編輯:葉水送
北京:科學(xué)出版社,2019.03
ISBN:978-7-03-059282-8
制版編輯 | 皮皮魚