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新冠病毒侵染人體那一刻發(fā)生了什么?西湖大學(xué)深入破解

2020/02/22
導(dǎo)讀
北京時(shí)間2月21日凌晨,周強(qiáng)研究團(tuán)隊(duì)在論文預(yù)印本網(wǎng)站BioRxiv再次發(fā)文,報(bào)道新冠病毒表面S蛋白受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域與細(xì)胞表面受體ACE2全長(zhǎng)蛋白的復(fù)合物冷凍電鏡結(jié)構(gòu),揭開了新冠病毒入侵人體細(xì)胞的神秘面紗。

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周強(qiáng)團(tuán)隊(duì),左起:鄢仁鴻,周強(qiáng),張媛媛。攝影:朱丹陽(yáng)。


撰文 | 馮   怡

編輯 | 張   弛 

校對(duì) | 徐   珊


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西湖大學(xué)周強(qiáng)實(shí)驗(yàn)室再次取得重大突破。


北京時(shí)間2月21日凌晨,周強(qiáng)研究團(tuán)隊(duì)在論文預(yù)印本網(wǎng)站BioRxiv再次發(fā)文,報(bào)道新冠病毒表面S蛋白受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域與細(xì)胞表面受體ACE2全長(zhǎng)蛋白的復(fù)合物冷凍電鏡結(jié)構(gòu),揭開了新冠病毒入侵人體細(xì)胞的神秘面紗。


就在2天前,該團(tuán)隊(duì)剛剛在bioRxiv上發(fā)表了新冠病毒受體ACE2全長(zhǎng)結(jié)構(gòu)。



這兩篇預(yù)印本論文的第一作者為西湖大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院博士后鄢仁鴻,通訊作者為西湖大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院研究員周強(qiáng)。第一單位和通訊單位均為西湖大學(xué)浙江省結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。這也是西湖大學(xué)承擔(dān)的浙江省“新型冠狀病毒肺炎防治應(yīng)急攻關(guān)項(xiàng)目”取得的重要成果,得到浙江省、杭州市相關(guān)部門和西湖區(qū)的大力支持。


ACE2與S蛋白的前世今生


新型冠狀病毒引發(fā)的肺炎疫情,讓冠狀病毒、S蛋白、ACE2這些冷僻的生物學(xué)名詞再次進(jìn)入公眾視野。研究發(fā)現(xiàn),新型冠狀病毒感染人體細(xì)胞的關(guān)鍵在于冠狀病毒的S蛋白與人體ACE2 蛋白的結(jié)合。準(zhǔn)確地說(shuō),是S蛋白“劫持”了原本是控制血壓的ACE2,通過(guò)與它的結(jié)合入侵人體。


S 蛋白全稱為spike glycoprotein(刺突糖蛋白),位于新冠病毒最外層,像一個(gè)個(gè)突起的“皇冠”。根據(jù)美國(guó)得克薩斯大學(xué)奧斯汀分校研究團(tuán)隊(duì)的最新解析結(jié)果,新冠病毒S蛋白以三聚體形態(tài)存在,每一個(gè)單體中約有1300多個(gè)氨基酸,其中300多個(gè)氨基酸構(gòu)成了“受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域”(RBD),即S蛋白與ACE2相聯(lián)結(jié)的地方。


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ACE2-B0AT1 復(fù)合物的冷凍電鏡密度圖


ACE2全稱為血管緊張素轉(zhuǎn)化酶2,是人體內(nèi)一種參與血壓調(diào)節(jié)的蛋白,在肺、心臟、腎臟和腸道廣泛存在。


一個(gè)人體細(xì)胞的蛋白,怎么會(huì)與病毒發(fā)生聯(lián)系?西湖大學(xué)特聘研究員陶亮用了一個(gè)形象的比喻:“如果把人體想象成一間房屋,把新冠病毒想象成強(qiáng)盜,那么,ACE2就是這間房屋的‘門把手’;S蛋白抓住了它,病毒從而長(zhǎng)驅(qū)直入闖進(jìn)人體細(xì)胞?!?/span>


S蛋白如何抓住“門把手”ACE2?


雖然S蛋白和ACE2是敵我雙方接觸的最前線,但在此次疫情爆發(fā)前,科學(xué)家們從未看清ACE2的全貌及ACE2與新冠病毒S蛋白的相互作用。


兩天前,周強(qiáng)實(shí)驗(yàn)室在世界范圍內(nèi)率先報(bào)道了ACE2全長(zhǎng)蛋白的高分辨三維空間結(jié)構(gòu),這一次,他們進(jìn)一步解析出ACE2全長(zhǎng)蛋白與新冠病毒S蛋白受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域的復(fù)合物結(jié)構(gòu),受體分辨率2.9埃,其中S蛋白受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域部分的分辨率為3.5埃。


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RBD-ACE2-B0AT1 復(fù)合物結(jié)構(gòu)圖

那么,他們?cè)诮馕龀鰜?lái)的復(fù)合物結(jié)構(gòu)中看見了什么?

他們發(fā)現(xiàn),在形態(tài)上,新冠病毒的S蛋白像一座橋橫跨在ACE2表面,又像病毒的一只手,緊緊抓住ACE2,這一點(diǎn)與SARS病毒很相似。新冠病毒S蛋白的受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域與SARS病毒的序列也非常像,相似性達(dá)到82%。


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新冠病毒S蛋白受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域(RBD)和ACE2的相互作用示意圖


進(jìn)一步分析,研究人員可以看到新冠病毒表面的S蛋白到底是由哪些氨基酸與ACE2相互作用。對(duì)比此前已經(jīng)解析出來(lái)的SARS病毒與ACE2的相互作用,新冠病毒S蛋白有一部分氨基酸殘基發(fā)生了較大改變。這也許可以解釋為什么新冠病毒和SARS與ACE2的結(jié)合能力不一樣,這種結(jié)合能力可能影響了病毒的傳染力。但究竟是增強(qiáng)還是減弱,還需要通過(guò)其他實(shí)驗(yàn)手段驗(yàn)證。


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RBD-ACE2-B0AT1 復(fù)合物與冠狀病毒S蛋白的結(jié)構(gòu)比較,二者通過(guò)RBD結(jié)構(gòu)域錨定在一起(左,新型冠狀病毒2019-nCoV;右,SARS-CoV)


據(jù)悉,清華大學(xué)王新泉教授研究團(tuán)隊(duì)和中國(guó)科學(xué)院微生物研究所齊建勛研究團(tuán)隊(duì)分別獨(dú)立解析了ACE2的N端蛋白酶結(jié)構(gòu)域與新冠病毒S蛋白受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域的晶體結(jié)構(gòu)。這些信息與周強(qiáng)團(tuán)隊(duì)的電鏡結(jié)構(gòu)互為支持、互為補(bǔ)充。值得一提的是,三個(gè)獨(dú)立團(tuán)隊(duì)都選擇在第一時(shí)間將其復(fù)合物的原子坐標(biāo)向全社會(huì)公布,以提高其可能的利用率。


西湖大學(xué)周強(qiáng)團(tuán)隊(duì)的ACE2全長(zhǎng)蛋白與新冠病毒S蛋白受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域的復(fù)合物原子坐標(biāo)可以點(diǎn)擊以下網(wǎng)址下載:

https://www.jianguoyun.com/p/DVLSdMkQiJ2OCBjbwt8C


清華大學(xué)王新泉團(tuán)隊(duì)的ACE2蛋白酶結(jié)構(gòu)域與新冠病毒S蛋白受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域的復(fù)合物原子坐標(biāo)可以點(diǎn)擊以下網(wǎng)址下載:

https://www.jianguoyun.com/p/DTJ03HoQ3MX2BhjiwN8C


中科院微生物所齊建勛團(tuán)隊(duì)的ACE2蛋白酶結(jié)構(gòu)域與新冠病毒S蛋白受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域的復(fù)合物原子坐標(biāo)可以點(diǎn)擊以下網(wǎng)址下載:

http://nmdc.cn/#/resource/detail?no=NMDCS0000001


西湖大學(xué)周強(qiáng)團(tuán)隊(duì)的ACE2全長(zhǎng)蛋白與氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的原子坐標(biāo)可以點(diǎn)擊以下網(wǎng)址下載,

關(guān)閉狀態(tài):

https://www.jianguoyun.com/p/DSJqlq4QiJ2OCBjCwt8C

開放狀態(tài):

https://www.jianguoyun.com/p/DWdO-qMQiJ2OCBjGwt8C


我們距離“特效藥”還有多遠(yuǎn)


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RBD-ACE2-B0AT1復(fù)合物的冷凍電鏡密度圖,框內(nèi)為RBD與ACE2的相互作用界面


起始于2019年底的新冠病毒引發(fā)的肺炎疫情已漸趨平緩。然而因?yàn)橹两袢匀狈︶槍?duì)病毒的特效藥,公眾對(duì)與病毒相關(guān)的科學(xué)研究格外期待。


周強(qiáng)團(tuán)隊(duì)表示,此次對(duì)復(fù)合物結(jié)構(gòu)的解析屬于基礎(chǔ)研究領(lǐng)域的突破,與抗疫藥物的研發(fā)沒(méi)有必然聯(lián)系。但從另一方面講,它又確實(shí)非常重要。因?yàn)榈鞍踪|(zhì)的結(jié)構(gòu)在很大程度上決定了它的性質(zhì)與功能,看清新冠病毒S蛋白、ACE2及其相互作用的結(jié)構(gòu),相當(dāng)于看清了“敵人的樣子”,為后續(xù)科學(xué)家的靶向藥物研究提供了更多信息。知己知彼,方能百戰(zhàn)不殆。


該項(xiàng)研究成果的另一個(gè)意義在于,計(jì)算生物學(xué)的研究人員可以在此基礎(chǔ)上去構(gòu)建不同的模型,進(jìn)而展開具有針對(duì)性的研究,判斷什么樣的突變可能會(huì)進(jìn)一步提高S蛋白與ACE2的相互作用,從而設(shè)計(jì)針對(duì)S蛋白或者ACE2蛋白的藥物和抗體;又或者設(shè)計(jì)小分子破壞它們之間的相互作用。這些都為藥物設(shè)計(jì)和檢測(cè)手段開發(fā)提供堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。


基礎(chǔ)科學(xué)領(lǐng)域的研究是一個(gè)漫長(zhǎng)的過(guò)程,很多時(shí)候需要于默默無(wú)聞中堅(jiān)守。事實(shí)上,過(guò)去兩年,周強(qiáng)實(shí)驗(yàn)室一直在研究人源氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白,他們鎖定了數(shù)種目標(biāo)蛋白,ACE2就是其中一種。而后新冠肺炎疫情爆發(fā),周強(qiáng)團(tuán)隊(duì)迅速提升ACE2研究工作的優(yōu)先級(jí),以最快速度取得研究成果,為后期藥物研發(fā)提供了關(guān)鍵信息。


【完整研究?jī)?nèi)容看這里】

Structural basis for the recognition of the 2019-nCoV by human ACE2

Renhong Yan, Yuanyuan Zhang, Yingying Guo, Lu Xia, Qiang Zhou


注:本文轉(zhuǎn)載自西湖大學(xué)WestlakeUniversity。

參與討論
2 條評(píng)論
評(píng)論
  • 周麟祥 2020/02/24

    關(guān)于S蛋白和ACE2相互作用的工作必須從理論上去說(shuō)明, 而不是用想象。按照我們過(guò)去對(duì)PD1PDL1相互作用的量子力學(xué)計(jì)算表明,相信當(dāng)S蛋白和ACE2蛋白相互作用后,S蛋白的三維結(jié)構(gòu)將發(fā)生變化,導(dǎo)致它從絕緣體變?yōu)榘雽?dǎo)體,將有載流子產(chǎn)生,并流向ACE2,再引起一系列生化反應(yīng), 就像繼電器通上電流后被執(zhí)行開門操作。這便是微觀過(guò)程的真正原因。而且它這種導(dǎo)電率會(huì)增加上百倍,并跟S蛋白的氨基酸序列無(wú)關(guān),只跟它的3D結(jié)構(gòu)有關(guān)。 所有這一切都可用量子力學(xué)計(jì)算得到. 在研究新冠病毒路上應(yīng)將生物醫(yī)學(xué)充分跟量子力學(xué)計(jì)算結(jié)合才好.

  • 周麟祥 2020/02/24

    關(guān)于S蛋白和ACE2相互作用的工作必須從理論上去說(shuō)明, 而不是用想象。按照我們過(guò)去對(duì)PD1PDL1相互作用的量子力學(xué)計(jì)算表明,相信當(dāng)S蛋白和ACE2蛋白相互作用后,S蛋白的三維結(jié)構(gòu)將發(fā)生變化,導(dǎo)致它從絕緣體變?yōu)榘雽?dǎo)體,將有載流子產(chǎn)生,并流向ACE2,再引起一系列生化反應(yīng), 就像繼電器通上電流后被執(zhí)行開門操作。這便是微觀過(guò)程的真正原因。而且它這種導(dǎo)電率會(huì)增加上百倍,并跟S蛋白的氨基酸序列無(wú)關(guān),只跟它的3D結(jié)構(gòu)有關(guān)。 所有這一切都可用量子力學(xué)計(jì)算得到. 在研究新冠病毒路上應(yīng)將生物醫(yī)學(xué)充分跟量子力學(xué)計(jì)算結(jié)合才好.

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