大數(shù)據(jù)發(fā)力,新發(fā)地疫情源頭指向冷鏈食品,還從2000多個攤位鎖定攤主
整理 | 湯佩蘭、葉水送
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有關新冠病毒的起源,我們可能很難追蹤,但北京新發(fā)地市場的疫情源頭有了最新的科學解釋。到底科學家是怎么說的,他們在溯源的過程中是如何抽絲剝繭,發(fā)現(xiàn)線索的?
新發(fā)地新冠疫情雖然早已被控制住,但這場疫情留下的緊張氣氛仍令人心有余悸,疫情的源頭也一直成謎。
10月23日,來自清華大學、北京市疾病預防控制中心、中國醫(yī)學科學院病原生物學研究所、北京大學等單位的科學家在連續(xù)攻關4個月后,終于給出了結論:通過對2020年6月北京疫情相關病例、環(huán)境與食品等樣品的核酸測序和病毒基因組序列分析,結合全面的流行病學調(diào)查和大數(shù)據(jù)分析,揭示了該疫情可能源于冷鏈食品污染,提出冷鏈運輸可能是新冠病毒傳播的新途徑。相關研究發(fā)表在國內(nèi)頂尖學術期刊《國家科學評論》(NSR)上。
為何科學家將疫情源頭追溯到被污染的冷鏈食品?實際上,一開始連從事這項研究的科學家都不太敢相信這一結論。
論文的作者之一、中國醫(yī)學科學院病原生物學研究所研究員任麗麗在接受《賽先生》訪談時表示,在整個病毒的傳播歷程和傳染病的防控史上,貨物通過冷鏈傳播到人身上造成的感染很少見,因此這也被很多專家認為是最不可能的一條線,但證據(jù)的矛頭恰恰指向了這里。
為何將此輪疫情源頭鎖定在新發(fā)地
科學家是如何堅持這一看法,并令自己和公眾信服的呢?具體情況是這樣的,從6月11日起,北京市豐臺區(qū)連續(xù)出現(xiàn)本土傳播確診病例且均有新發(fā)地農(nóng)產(chǎn)品批發(fā)市場活動史。
通過對病例的流行病學調(diào)查和大數(shù)據(jù)分析,以及通過對他們所到地區(qū)和接觸人員的排查,科學家發(fā)現(xiàn)2份來自北京新發(fā)地市場的環(huán)境樣本呈現(xiàn)新冠病毒核酸陽性。隨后對該市場538名員工擴大進行病毒核酸篩查,又發(fā)現(xiàn)45人為陽性。
6月15日,北京市啟動了全市核酸篩查。通過對1000余萬人口和5000余份環(huán)境樣本的檢測,共發(fā)現(xiàn)368人新冠病毒核酸陽性。這些感染者均與新發(fā)地市場有直接或者間接關聯(lián):其中169人是新發(fā)地市場的工作人員,103人于5月30日至6月12日期間去過新發(fā)地市場,其余96人均為上述人員的接觸者。
研究發(fā)現(xiàn),未發(fā)現(xiàn)獨立于該市場的早期傳播鏈或獨立傳播鏈,這提示新發(fā)地市場是此次疫情暴發(fā)的單一源頭。
從一個大農(nóng)貿(mào)市場鎖定到具體的攤位
然而,科學家并不滿足這一結論,他們希望能夠精準到新發(fā)地市場具體的攤位及其對應的攤主,以此了解新冠病毒是如何從一個點傳播至一個面,乃至北京市的數(shù)個片區(qū)。
通過對5月20日到5月30日到過新發(fā)地14個攤位的3000多人進行抗體檢測等大數(shù)據(jù)分析,科學家發(fā)現(xiàn)有5例為IgG/IgM抗體陽性,這顯示他們曾感染過新冠病毒。根據(jù)新發(fā)地網(wǎng)站介紹,新發(fā)地有2000多個固定攤位,大約有4000個定點商家。那么,此次疫情是單個源頭,還是多個源頭?
通過流調(diào)手段發(fā)現(xiàn),這5例感染者于5月30日到31日期間到過S14號攤位。由此,科學家根據(jù)新發(fā)地市場流行病學調(diào)查,初步確定了綜合交易大廳地下一層(牛羊肉大廳)水產(chǎn)區(qū)S14號攤位可能是感染的源頭。
事實上,S14號攤位的7位工作人員均為新冠確診病例,且癥狀出現(xiàn)時間相對較早,除此之外,在S14號攤位也檢測到了陽性的環(huán)境樣本。由此基本上鎖定了此次病毒傳播的具體攤位。
S14號攤主是如何感染新冠病毒的?
那么,S14號攤位的工作人員是如何接觸到新冠病毒、這些病毒來自何處?據(jù)研究者調(diào)查知悉,5月30日,S14號的攤主從X公司采購了受新冠病毒影響的國家包裝完整的三文魚,并在市場內(nèi)切割處理后零售。
在展開流調(diào)過程中,科學家確認了S14號攤位的工作人員此前未接觸過疑似或確診新冠病毒感染者,且5月至6月初期北京也無報告新增感染病例,這提示新冠病毒極可能來源于境外輸入,即可能通過被新冠病毒污染的冷凍食品流入國內(nèi)。
在大數(shù)據(jù)分析一展身手后,接下來就該讓分子生物學施展拳腳了??茖W家通過對110個病例和環(huán)境樣本進行了高通量核酸測序,共獲得了72條高質量的新冠病毒基因組序列。分析發(fā)現(xiàn),這些序列均具有8個特征性突變位點(C241T、C3037T、C14408T、A23403G、GGG28881-28883AAC和C6026T),這些位點在我國此前的本土和輸入病例中從未發(fā)現(xiàn)過。通過與新冠病毒基因序列數(shù)據(jù)庫比對,發(fā)現(xiàn)除C6026T之外,具有其它7個突變位點的病毒主要存在于歐洲。這些結果進一步提示新發(fā)地疫情的病毒應為單一性的新發(fā)境外輸入。
據(jù)了解,此前接觸S14攤位之后被感染的5位顧客及其密切接觸者在過去14天內(nèi)均未到訪過中高風險區(qū)域或接觸來自中高風險區(qū)域的人員,這說明此輪新冠疫情是由新發(fā)地市場向外傳播。
科學家還對新發(fā)地市場內(nèi)所有三文魚供應商的冷庫進行了采樣檢測,發(fā)現(xiàn)X公司有5份魚體拭子樣本呈新冠病毒核酸陽性,其中1份未開封魚體拭子樣本中測序獲得的病毒基因組序列與本次疫情中人和環(huán)境樣本中的病毒高度同源。
實際上,病毒在冷凍的情況下,可以存活很長時間,新冠病毒也不例外。一名流行病學家曾對《賽先生》表示,有些病毒在冷凍狀態(tài)下可以長期存活。如果是水源污染水產(chǎn)品,還可能會導致人群發(fā)病,過去多見于甲肝病毒暴發(fā)。
為何懷疑被污染的食品,而不是活的水生動物?
事實上,此前調(diào)查人員就已經(jīng)懷疑疫情可能來自進口的三文魚,只是無法拿出科學的依據(jù)。6月12日,北京新發(fā)地批發(fā)市場董事長張玉璽曾表示相關部門抽檢時,在切割進口三文魚的案板中檢測到新冠病毒。
10月17日,中國疾病預防控制中心發(fā)文稱,在對青島新冠肺炎疫情溯源調(diào)查過程中,從進口冷鏈食品外包裝檢測分離到新冠活病毒,也是國際上首次在冷鏈食品外包裝上分離到新冠活病毒,并證實接觸新冠活病毒感染的外包裝可導致感染。
新冠病毒是否有可能來自活的水生生物?根據(jù)世界衛(wèi)生組織等權威機構認定,目前在我們認知的范圍內(nèi)冠狀病毒是不能感染水生生物的,但在它們的體表可能會攜帶有病毒,只是在這種情況下感染人則非常罕見。
如此一來,我們看似找到了完美的證據(jù)鏈:從切割的魚體上分離出病毒,它們跟患者身上的序列類似,再結合流行病學的證據(jù),然而由此獲得的結論仍是具有極大概率的推測。而且當時的情況是,由于新冠肺炎有潛伏期,同一批次的產(chǎn)品已經(jīng)沒有了,只能從相同貨源而來、間隔時間較短的第二批次中尋找答案,科學家發(fā)現(xiàn)了同一突變特征的序列,以此進行佐證。
“這提醒我們盡可能以證據(jù)為主,證據(jù)告訴我們什么(就是什么),就主動地追查證據(jù),不要主觀的把鏈條給斷掉了。”任麗麗表示。
在科學家公布新發(fā)地疫情的可能源頭并進行一番科學分析之后。相關部門也開始有動作了。
10月26日,北京市市場監(jiān)督管理局聯(lián)合北京市商務局發(fā)布通告,為落實新冠肺炎疫情防控要求,進一步加強對進口冷鏈食品監(jiān)管。要求自2020年11月1日起,北京市進口冷鏈食品生產(chǎn)經(jīng)營單位均需在“北京冷鏈”中如實上傳進口冷藏冷凍肉類、水產(chǎn)品來源、流向等追溯數(shù)據(jù),落實電子追溯碼賦碼、貼碼等。對未上傳追溯數(shù)據(jù)的相關產(chǎn)品,北京市進口冷鏈食品生產(chǎn)經(jīng)營單位應做到不采購、不銷售、不使用。
制版編輯 | 常春藤