Cell Stem Cell | 湯富酬研究組與合作者建立人類精子發(fā)生過程高精度轉(zhuǎn)錄組圖譜
北大生科
人類精子發(fā)生過程承載著將父源基因組遺傳信息進(jìn)行精準(zhǔn)代際傳遞的任務(wù),也是人類自身繁育和物種延續(xù)的重要保障。
全世界約有10-15%的育齡夫婦存在不孕不育的問題,其中,男性因素約占50%左右。
闡明人類精子發(fā)生過程中的基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制是發(fā)育生物學(xué)的重大科學(xué)問題,對(duì)理解、診斷和治療男性不育相關(guān)疾病至關(guān)重要。
2018年8月30日,北京大學(xué)北京未來基因診斷高精尖創(chuàng)新中心、生命科學(xué)學(xué)院BIOPIC中心湯富酬研究組,北京大學(xué)第三醫(yī)院?jiǎn)探苎芯拷M和南方醫(yī)科大學(xué)趙小陽研究組,聯(lián)合在國(guó)際知名學(xué)術(shù)期刊Cell Stem Cell上在線發(fā)表了題為“Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals Sequential Cell Fate Transition during Human Spermatogenesis”的研究論文。
首次從單細(xì)胞水平系統(tǒng)闡明了人類精子發(fā)生過程中的基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細(xì)胞命運(yùn)轉(zhuǎn)變路徑,繪制了人類精子發(fā)生的高精度單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜,解析了成年男性全部生殖細(xì)胞類型及其關(guān)鍵的分子標(biāo)記,并初步探索了將單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)用于人類非梗阻性無精癥的研究和診斷。
研究團(tuán)隊(duì)首先分離并獲取了正常成年男性和梗阻性無精癥患者的2,854個(gè)睪丸組織細(xì)胞,對(duì)其進(jìn)行了高精度的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析,并結(jié)合t-SNE、PCA和Monocle2等多種生物信息學(xué)分析方法對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行深度挖掘,在國(guó)際上首次完成了人類精子發(fā)生過程中的細(xì)胞命運(yùn)轉(zhuǎn)變和基因表達(dá)圖譜的繪制。
在此基礎(chǔ)上,研究團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步對(duì)一例非梗阻性無精癥患者的174個(gè)睪丸細(xì)胞進(jìn)行研究,確定了該無精癥患者睪丸中的各種細(xì)胞類型及其與正常人睪丸中對(duì)應(yīng)的細(xì)胞類型相比發(fā)生的基因表達(dá)異常,為男性不育的臨床診斷提供了新的思路。
1-人類精子發(fā)生過程中的細(xì)胞命運(yùn)轉(zhuǎn)變和基因表達(dá)動(dòng)態(tài)
該研究選取臨床捐獻(xiàn)的成年男性睪丸組織為材料,通過隨機(jī)挑選或流式分選兩種策略獲取睪丸組織的單細(xì)胞樣品,隨后進(jìn)行高精度單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,并借助計(jì)算生物學(xué)方法對(duì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行深度挖掘(圖1a)。
經(jīng)過非監(jiān)督聚類分析,發(fā)現(xiàn)在2,854個(gè)睪丸細(xì)胞中共存在17種不同的細(xì)胞類型,其中14種為各個(gè)分化階段的睪丸生殖細(xì)胞,另外3種為睪丸微環(huán)境體細(xì)胞(圖1b)。
利用眾多特異的標(biāo)志基因?qū)λ屑?xì)胞類型進(jìn)行身份鑒定,最終確定出3種精原細(xì)胞,包括精原干細(xì)胞(SSC)、分化中的精原細(xì)胞(Diff.ing SPG)、分化后的精原細(xì)胞(Diff.ed SPG);7種精母細(xì)胞,包括3種細(xì)線期精母細(xì)胞(L1~L3)、偶線期精母細(xì)胞(Z)、粗線期精母細(xì)胞(P)、雙線期精母細(xì)胞(D)、分裂期初級(jí)精母細(xì)胞及次級(jí)精母細(xì)胞(SPC7);以及4種精子細(xì)胞(S1~S4)(圖1c)。
通過Monocle2對(duì)人類精子發(fā)生過程進(jìn)行擬時(shí)間發(fā)育分析,發(fā)現(xiàn)由以上14種生殖細(xì)胞構(gòu)成的發(fā)育路徑與經(jīng)典的生精上皮發(fā)育過程高度吻合(圖1d)。
至此,該研究首次借助高精度單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)完整地描繪了人類精子發(fā)生過程中細(xì)胞命運(yùn)轉(zhuǎn)變的精確過程和基因表達(dá)變化的動(dòng)態(tài)圖譜,為進(jìn)一步深度解析人類精子的發(fā)生過程奠定了重要的研究基礎(chǔ)。
圖1:人類精子發(fā)生的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜
(a)研究流程示意圖;(b)17類睪丸細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的t-SNE分析圖;(c)人類生精過程中標(biāo)志基因的動(dòng)態(tài)表達(dá)變化圖;(d)人類睪丸生殖細(xì)胞的擬時(shí)間發(fā)育圖
2-人類精原細(xì)胞的自我更新、分化及參與的信號(hào)通路
基于t-SNE分析,該研究發(fā)現(xiàn)了3種人類精原細(xì)胞類型,通過分析細(xì)胞類型特異的標(biāo)志基因在3種精原細(xì)胞類型中的表達(dá)特征,發(fā)現(xiàn)精原干細(xì)胞高度富集了與自我更新調(diào)控相關(guān)的GFRA1、RET以及與干性維持相關(guān)的SALL4、UTF1等關(guān)鍵基因;而進(jìn)入到下一個(gè)發(fā)育階段(分化中的精原細(xì)胞),DMRT1、KIT等與精原分化相關(guān)的基因開始富集;最終在分化后的精原細(xì)胞中,減數(shù)分裂啟動(dòng)的標(biāo)志分子STRA8開始高表達(dá),標(biāo)志著人類精原細(xì)胞正式啟動(dòng)減數(shù)分裂(圖2a)。
除了經(jīng)典的RET信號(hào)通路,該研究發(fā)現(xiàn)并且驗(yàn)證了BMPR1B與FGFR3為人類精原干細(xì)胞特異性表達(dá)的標(biāo)志分子,也首次在精原干細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)BMP與FGF信號(hào)通路從配體、受體到效應(yīng)分子均呈現(xiàn)高度富集的特點(diǎn)(圖2b,2c),這一結(jié)果表明,BMP和FGF信號(hào)通路很可能在人類精原干細(xì)胞的自我更新過程中發(fā)揮了關(guān)鍵作用。
圖2:精原細(xì)胞的基因表達(dá)調(diào)控
(a)精原細(xì)胞階段特異標(biāo)志基因的表達(dá)熱圖;(b)睪丸組織BMPR1B、FGFR3的RNA原位雜交與DDX4的免疫熒光染色定位;(c)BMP、FGF信號(hào)通路關(guān)鍵基因的表達(dá)熱圖
3-人類精母細(xì)胞的基因表達(dá)特征
精原細(xì)胞進(jìn)入減數(shù)分裂并發(fā)育為各級(jí)精母細(xì)胞,在細(xì)線期與偶線期,同源重組相關(guān)基因DMC1、SPO11與聯(lián)會(huì)復(fù)合體組分SYCP1、SYCP3、SYCE1等高度富集(圖3a),表明該階段正在高度有序地發(fā)生同源重組與同源染色體聯(lián)會(huì)等重要的生物學(xué)事件,以確保減數(shù)分裂的正確發(fā)生。
隨著粗線期(P)同源染色體配對(duì)與聯(lián)會(huì)的完成,聯(lián)會(huì)復(fù)合體逐漸在雙線期(D)開始解體,隨后初級(jí)精母細(xì)胞進(jìn)入分裂期,進(jìn)而一分為二產(chǎn)生2個(gè)次級(jí)精母細(xì)胞(SPC7)。
由于分裂期初級(jí)精母細(xì)胞與次級(jí)精母細(xì)胞發(fā)育進(jìn)程非常短暫,其基因表達(dá)特征鮮有報(bào)道。
在該研究中,通過對(duì)各級(jí)精母細(xì)胞的基因表達(dá)特征進(jìn)行精細(xì)分析,并結(jié)合CCNA1/2、頂體素酶原(ACR)、γH2AX、DDX4等的表達(dá)特征(圖3a,3b),首次實(shí)現(xiàn)了對(duì)人類分裂期初級(jí)精母細(xì)胞與次級(jí)精母細(xì)胞的身份確認(rèn),并確定了其整體水平上的基因表達(dá)特征。
圖3:精母細(xì)胞的基因表達(dá)調(diào)控
(a)精母細(xì)胞階段特異標(biāo)志基因的表達(dá)熱圖;(b)ACR、TJP3的表達(dá)圖;(c)CCNA1/2、PNA、γH2AX和DDX4在SPC7中的表達(dá)特征
4-人類精子細(xì)胞的發(fā)育及其調(diào)控機(jī)制
1個(gè)四倍體的初級(jí)精母細(xì)胞會(huì)產(chǎn)生2個(gè)二倍體的次級(jí)精母細(xì)胞,并最終產(chǎn)生4個(gè)單倍體的精子細(xì)胞。
隨后,精子細(xì)胞需要經(jīng)過魚精蛋白轉(zhuǎn)換、細(xì)胞質(zhì)脫落、鞭毛生成等一系列的重要生物學(xué)變化,最終成為可游動(dòng)的成熟精子。
在整體轉(zhuǎn)錄水平上,精子細(xì)胞從第一個(gè)階段(S1)到第四個(gè)階段(S4)呈現(xiàn)轉(zhuǎn)錄本總量逐漸下降的趨勢(shì),這表明精子成熟過程伴隨著基因表達(dá)整體水平的降低。
該研究發(fā)現(xiàn)精子細(xì)胞階段表達(dá)的基因可細(xì)分為4個(gè)類別,包括2類轉(zhuǎn)錄下調(diào)的基因,1類轉(zhuǎn)錄先上調(diào)而后下調(diào)的基因,以及1類表達(dá)上調(diào)的基因(圖4a)。對(duì)這4類基因的深入研究將有助于我們了解人類精子成熟的調(diào)控機(jī)制。
通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析,研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)人類精子細(xì)胞可分為四種類型(S1~S4)。進(jìn)一步通過DDX4、TNP1、PRM1、PNA等標(biāo)志分子的蛋白表達(dá)特征,證實(shí)人類睪丸中存在上述四種精子細(xì)胞類型(圖4b,4c)。
圖4:精子成熟過程的基因表達(dá)調(diào)控
(a)與人類精子細(xì)胞成熟相關(guān)的4類基因;(b)精子細(xì)胞階段特異標(biāo)志基因的表達(dá)熱圖;(c)DDX4、TNP1、PRM1、PNA在人類精子細(xì)胞中的表達(dá)特征
5-人類睪丸的體細(xì)胞微環(huán)境
t-SNE分析發(fā)現(xiàn)人類睪丸中的體細(xì)胞主要分為三大類:支持細(xì)胞(ST)、MIX細(xì)胞、以及睪丸巨噬細(xì)胞(tMφ)。
支持細(xì)胞中高度富集視黃酸合成相關(guān)基因(ALDH1A1),視黃酸通過旁分泌途徑誘導(dǎo)精原細(xì)胞表達(dá)STRA8,使其進(jìn)入減數(shù)分裂(圖5a)。
而MIX細(xì)胞在基因表達(dá)水平上存在較大的異質(zhì)性,通過t-SNE對(duì)MIX進(jìn)行重新分群,發(fā)現(xiàn)MIX包含表達(dá)INSL3、DLK1的間質(zhì)細(xì)胞和表達(dá)MYH11、ACTA2的管周肌樣細(xì)胞(圖5b)。
免疫熒光定位檢測(cè)證實(shí)了人類睪丸組織中的體細(xì)胞微環(huán)境主要由支持細(xì)胞、間質(zhì)細(xì)胞、管周肌樣細(xì)胞和睪丸巨噬細(xì)胞共同形成(圖5c)。
人類睪丸體細(xì)胞主要參與性激素合成、減數(shù)分裂的啟動(dòng)、細(xì)胞間的粘附與遷移,以及睪丸內(nèi)的免疫反應(yīng),尤其是睪丸巨噬細(xì)胞,這類很少被關(guān)注到的細(xì)胞類型將為探索人類睪丸微環(huán)境穩(wěn)態(tài)的維持提供新的研究思路。
圖5:睪丸體細(xì)胞的基因表達(dá)調(diào)控
(a)人類睪丸體細(xì)胞標(biāo)志基因的表達(dá)熱圖;(b)利用t-SNE對(duì)MIX進(jìn)行重新分群,以及兩個(gè)亞群中INSL3、DLK1、MYH11和ACTA2的表達(dá)特征;(c)免疫熒光染色證實(shí)人類睪丸中存在4類體細(xì)胞
6-單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組用于確定非梗阻性無精癥患者的睪丸細(xì)胞類型和基因表達(dá)特征
人類睪丸的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜的繪制,使研究者對(duì)非梗阻性無精癥的深入研究成為可能。
通過對(duì)一例非梗阻性無精癥患者的174個(gè)睪丸細(xì)胞的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析,發(fā)現(xiàn)這些細(xì)胞主要聚類到睪丸體細(xì)胞類型中的支持細(xì)胞和MIX細(xì)胞,對(duì)該例非梗阻性無精癥患者的體細(xì)胞差異表達(dá)基因進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)了包括BEX1、FATE1在內(nèi)的一系列可能與該疾病發(fā)生相關(guān)的差異基因(圖6b,6c)。
利用Gene Ontology(GO)對(duì)差異基因進(jìn)行分析后發(fā)現(xiàn),非梗阻性無精癥患者的體細(xì)胞中高度富集細(xì)胞凋亡、氧化應(yīng)激等生物學(xué)過程(圖6d)。
隨后,免疫熒光染色結(jié)果證實(shí)了該例非梗阻性無精癥患者睪丸組織中細(xì)胞凋亡表征明顯。
通過對(duì)該例無精癥的探索,建立了基于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的無精癥分子診斷平臺(tái),為研究不育癥致病機(jī)制和臨床診斷提供了新的思路。
圖6:無精癥睪丸細(xì)胞的基因表達(dá)調(diào)控
(a)生精上皮完整男性的2,854個(gè)睪丸細(xì)胞及NOA患者的174個(gè)睪丸細(xì)胞組成的t-SNE圖;(b)NOA患者與生精上皮完整男性支持細(xì)胞的差異基因火山圖;(c)NOA患者與生精上皮完整男性MIX細(xì)胞的差異基因火山圖;(d)NOA患者的睪丸體細(xì)胞上調(diào)基因中富集的生物學(xué)過程
綜上,該研究在國(guó)際上首次成功繪制了人類精子發(fā)生的高精度單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜,為人類精子發(fā)生、減數(shù)分裂調(diào)控機(jī)制的研究、無精癥的分子診斷和臨床治療提供了全新的視角。
北京大學(xué)博士生柳溪溪、陳依東,南方醫(yī)科大學(xué)汪妹博士,深圳大學(xué)常港博士,以及廣州醫(yī)科大學(xué)附屬第三醫(yī)院安庚博士為該論文的并列第一作者,北京大學(xué)湯富酬教授、喬杰教授、和南方醫(yī)科大學(xué)趙小陽教授為該論文的共同通訊作者。
此項(xiàng)工作得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金、廣東省科技計(jì)劃、北京未來基因診斷高精尖創(chuàng)新中心、以及中國(guó)博士后基金的支持。
課題組介紹: 湯富酬
北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院生物動(dòng)態(tài)光學(xué)成像中心,教授;北京未來基因診斷高精尖創(chuàng)新中心,北大-清華生命科學(xué)聯(lián)合中心,研究員。
實(shí)驗(yàn)室研究領(lǐng)域
具有自我更新能力和分化潛能的干細(xì)胞是哺乳動(dòng)物胚胎發(fā)育過程中以及成體中的關(guān)鍵類型的細(xì)胞,對(duì)各種干細(xì)胞進(jìn)行深入研究是理解哺乳動(dòng)物發(fā)育、生長(zhǎng)機(jī)制的關(guān)鍵,也是將干細(xì)胞應(yīng)用于臨床再生醫(yī)學(xué)、治療人類疾病的前提。
本實(shí)驗(yàn)室主要圍繞人類早期胚胎發(fā)育研究多能干細(xì)胞的自我更新和多能性調(diào)控的分子機(jī)理,特別是表觀遺傳學(xué)調(diào)控機(jī)理,以及相關(guān)的早期生殖細(xì)胞發(fā)育過程中的表觀遺傳學(xué)重編程機(jī)理。利用我們發(fā)展的單細(xì)胞功能基因組學(xué)分析技術(shù)(單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)、單細(xì)胞DNA甲基化組測(cè)序技術(shù)、單細(xì)胞染色質(zhì)狀態(tài)組測(cè)序技術(shù)、單細(xì)胞多組學(xué)平行測(cè)序技術(shù)等),以及基因編輯技術(shù)、染色質(zhì)免疫共沉淀-高通量測(cè)序技術(shù)、小鼠胚胎顯微操作技術(shù)、以及人類胚胎干細(xì)胞體外定向分化等技術(shù)在單細(xì)胞和單堿基分辨率深入分析人類早期胚胎、生殖系細(xì)胞、以及多能性干細(xì)胞中基因表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的表觀遺傳學(xué)調(diào)控機(jī)理。
供稿:湯富酬研究組
排版:湫翎
新聞來源: 北大生科