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癌細(xì)胞大殺器,20年浮沉練就“化骨綿掌”擊退腫瘤

2021/03/29
導(dǎo)讀
PROTAC如何工作的?

圖片作者:David Parkins /Nature

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導(dǎo)讀


前段時(shí)間,喜劇演員吳孟達(dá)因肝癌去世,勾起一代人對(duì)達(dá)叔和星爺這對(duì)黃金組合的追憶。《鹿鼎記》是印象很深的佳作之一,電影中達(dá)叔扮演的海公公憑借“化骨綿掌”躋身武林高手之列,并成為韋小寶除掉鰲拜的“秘密武器”。其中達(dá)叔和星爺那段精彩的武功傳授著實(shí)上頭,每看一次都會(huì)笑出豬叫聲。


在癌癥治療領(lǐng)域,近年也出現(xiàn)了類似“化骨綿掌”的武林秘籍,得此真?zhèn)髡呖缮癫恢聿挥X將癌細(xì)胞的核心骨干成員“化”掉。沒了骨干撐腰,癌細(xì)胞自然也就分崩離析。這傳說中的“化骨綿掌”英文名為PROTAC,本文就來探探它的虛實(shí)。


歡迎閱讀本文作者此前寫的其他癌癥科普文章:1.癌細(xì)胞胃口這么好,如何釜底抽薪“餓死”它們?;2.癌細(xì)胞也能玩 “特洛伊木馬計(jì)”,靠的是什么?3.在腫瘤治療領(lǐng)域,為何它是半路殺出的黑馬;4.癌細(xì)胞的偽裝術(shù):穿上馬甲后,它們就能躲過巨噬細(xì)胞的追殺嗎?5.“瘋狂”抗癌史:從用活菌以毒攻毒,再到用犯人進(jìn)行試驗(yàn),最終成就一個(gè)諾獎(jiǎng);6.癌癥研究泰斗苦苦尋找令腫瘤轉(zhuǎn)移、復(fù)發(fā)的大Boss,結(jié)果碰了一鼻子灰;7.癌癥早診早篩固然重要,但不要迷戀滴血驗(yàn)癌,華爾街當(dāng)年也被騙慘。


撰文 | 丁    零(科普作家)

責(zé)編 | 葉水送


●            ●            


01
細(xì)胞“垃圾回收桶”的高光時(shí)刻

 

PROTAC之所以能稱霸江湖,離不開“垃圾回收桶”的輔佐。


細(xì)胞為了保持健康可持續(xù)性發(fā)展,發(fā)明了“垃圾回收桶”這么一個(gè)神器。當(dāng)細(xì)胞內(nèi)蛋白生產(chǎn)過程中出現(xiàn)次品,或者使用時(shí)間過長舊化后,便號(hào)召代號(hào)為“E3”的清潔工給這些蛋白貼上“垃圾標(biāo)簽”。帶著“垃圾標(biāo)簽”的蛋白就會(huì)自覺跳進(jìn)“垃圾回收桶”,被分解成原材料回收再利用。

 

細(xì)胞這套變廢為寶的系統(tǒng)如此精密高效,堪稱環(huán)保界的領(lǐng)軍人物,將“垃圾回收桶”捧紅的以色列科學(xué)家Aaron Ciechanover、Avram Hershko以及美國科學(xué)家Irwin Rose,也因此一舉摘獲2004年諾貝爾獎(jiǎng)桂冠,名利雙收。


既然已經(jīng)登上國際舞臺(tái),再用“細(xì)胞回收桶”這種小名難登大雅之堂,于是科學(xué)家們給它取了一個(gè)高大上的名字:泛素調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)降解,泛素就是“垃圾標(biāo)簽”的學(xué)名。


圖片來源諾貝爾獎(jiǎng)官網(wǎng)


一個(gè)重大的科學(xué)發(fā)現(xiàn)背后往往都暗藏了藥物開發(fā)的新思路,克雷格·克魯斯(Craig Crews)深諳此道。彼時(shí)克魯斯作為耶魯大學(xué)新晉教授,躊躇滿志希望能有一番作為。在探索研發(fā)方向時(shí),克魯斯讀到一篇很意思的報(bào)道,由細(xì)菌產(chǎn)生的環(huán)氧霉素在殺死黑色素瘤細(xì)胞方面有驚人優(yōu)勢(shì),更讓克魯斯著迷的是,當(dāng)時(shí)沒有任何科學(xué)家可解釋背后的原因究竟是什么。

 

于是克魯斯便帶領(lǐng)實(shí)驗(yàn)室小伙伴們進(jìn)行了反反復(fù)復(fù)的“釣魚”工作。所謂釣魚就是將這環(huán)氧霉素覆蓋在細(xì)沙大小的塑料珠上,作為“釣餌”,然后把癌細(xì)胞搗碎成漿糊狀倒進(jìn)去,等著能和環(huán)氧霉素相結(jié)合的蛋白上鉤??唆斔箞F(tuán)隊(duì)驚喜發(fā)現(xiàn),被釣上來的就是“細(xì)胞回收桶”的組成部分,蛋白酶體。

 

后續(xù)實(shí)驗(yàn)證明,環(huán)氧霉素可以慫恿“垃圾回收桶”罷工。和健康細(xì)胞相比,癌細(xì)胞有超高產(chǎn)能,在“垃圾回收桶”罷工后,還是持續(xù)生產(chǎn),導(dǎo)致蛋白堆積如山,還包括了一些本應(yīng)該回收處理的有毒蛋白,癌細(xì)胞不堪重負(fù)日漸消亡。

 

在克魯斯看來,環(huán)氧霉素已經(jīng)不是簡簡單單有趣的科學(xué)發(fā)現(xiàn),更有潛力成為治療癌癥的重磅藥物。一次學(xué)術(shù)會(huì)議上,克魯斯偶遇加州理工學(xué)院教授雷蒙德·德沙伊斯(Raymond Deshaies),兩個(gè)人英雄所見略同,一拍即合決定創(chuàng)業(yè),專門進(jìn)行環(huán)氧霉素的臨床應(yīng)用,并最終在2012年交上滿意答卷,環(huán)氧霉素的升級(jí)版本卡非佐米作為治療多發(fā)性骨髓瘤藥物成功獲批。


克雷格·克魯斯(左)和雷蒙德·德沙伊斯(右),圖片來源:安進(jìn)官網(wǎng)

 

除卡非佐米外,硼替佐米等藥物同樣也是利用破壞癌細(xì)胞“垃圾回收桶”達(dá)到治療效果,但和其他傳統(tǒng)抗癌藥物一樣,終究難逃耐藥性的宿命[1]。

 

面對(duì)挑戰(zhàn),克魯斯好奇心又開始騷動(dòng):硬幣的另一面是什么呢?也就是說,換個(gè)思路,不去抑制“垃圾回收桶”,而是利用“垃圾回收桶”快速分解導(dǎo)致疾病的目標(biāo)蛋白,是不是有可能解決耐藥性這個(gè)老大難問題?

 

克魯斯陷入了沉思,PROTAC的雛形慢慢浮現(xiàn)在腦海中。


02
給PROTAC瘋狂打Call的克魯斯


克魯斯設(shè)想的PROTAC(Proteolysis Targeting Chimera;蛋白靶向降解嵌合)形狀和啞鈴類似,一端牽著目標(biāo)蛋白,另一端牽著上文提到的清潔工“E3”,人為地將“E3”和目標(biāo)蛋白湊到一塊。和目標(biāo)蛋白親密接觸時(shí),出于職業(yè)習(xí)慣,“E3”不自覺給目標(biāo)蛋白貼上“垃圾標(biāo)簽”。等E3離開后,目標(biāo)蛋白受到“垃圾標(biāo)簽”的控制,還沒等反應(yīng)過來,已經(jīng)糊里糊涂跳進(jìn)“垃圾回收桶”被切割得粉碎。


PROTAC示意圖,圖片來源Cell Chem Biol

 

多么無懈可擊的設(shè)計(jì)!有此技能在手,簡直可以橫掃江湖,看誰不順眼就讓誰消失。更讓人興奮的是,傳統(tǒng)抗癌藥物往往只能壓制目標(biāo)蛋白功力,蛋白骨架還在,所以假以時(shí)日,狡猾的蛋白又會(huì)通過變異恢復(fù)功力,進(jìn)而導(dǎo)致治療失效疾病復(fù)發(fā)。


相比之下,PROTAC更加殺伐果斷,以一種非常巧妙的方式調(diào)動(dòng)純天然資源直接將癌細(xì)胞的核心蛋白連皮帶骨都給處理掉,完全不給目標(biāo)蛋白醞釀詭計(jì)的時(shí)間。

 

理想如此豐滿,現(xiàn)實(shí)依舊骨感。首先要設(shè)計(jì)PROTAC此等精致的分子,需要科學(xué)家反反復(fù)復(fù)實(shí)驗(yàn)優(yōu)化。再者,PROTAC千好萬好,卻因?yàn)轶w型太過笨重,理論上來說很難順利穿過細(xì)胞表面的微小通道。被擋在細(xì)胞外頭的PROTAC,自然毫無用武之地。連克魯斯都曾經(jīng)自嘲,PROTAC興許只是一個(gè)科學(xué)家可愛的化學(xué)好奇心而已。

 

事實(shí)上,PROTAC概念提出后,經(jīng)歷了長達(dá)20年的起起落落。2001年,兩位老搭檔克魯斯和雷蒙德首次亮相了第一代PROTAC,成功降解2型蛋氨酸氨肽酶。雖然離理想產(chǎn)品差距很大,但初步證明PROTAC這個(gè)概念并不是癡人說夢(mèng)[3]。第一代PROTAC基于多肽(10-100氨基酸分子脫水縮合而成)。和小分子相比,多肽過于嬌氣,遇到一點(diǎn)屏障就打退堂鼓,在穿透細(xì)胞這件事情上不夠激進(jìn),也就不能很好地完成KPI。更頭疼的是,多肽不穩(wěn)定很容易被降解掉。PROTAC任務(wù)本是降解目標(biāo)蛋白,到頭來自己先降解了,很好詮釋了什么叫殺敵一千,自損八百。

 

第二代PROTAC出品于2008年,全部由小分子構(gòu)建的PROTAC藥物模式正式出現(xiàn)[4],標(biāo)志著歷史性地邁進(jìn)小分子元年。背后推手依舊是克魯斯先生,這次針對(duì)的目標(biāo)蛋白雄激素受體是前列腺癌等癌癥的罪魁禍?zhǔn)住?/span>

 

時(shí)隔兩年后的2010年,東京醫(yī)科大學(xué)教授半田宏團(tuán)隊(duì)研究治療孕婦惡心的沙利度胺到底為何會(huì)影響嬰兒發(fā)育。他們發(fā)現(xiàn)沙利度胺可能是通過抑制泛素連接酶“清潔工”抓手[5],影響了肢體生長和發(fā)育。

 

作者無意,讀者有心。正在苦苦找尋泛素連接酶抓手的詹姆斯·布拉德納(James Bradner)看到這篇報(bào)道后,有著敏銳嗅覺的他靈感大發(fā):沙利度胺既然可以抓住泛素連接酶,不就是很好的PROTAC候選者?真是踏破鐵鞋無覓處。2015年,布拉德納成功發(fā)布了新一代基于沙利度胺類似物的PROTAC分子,并成功降解了dBET轉(zhuǎn)錄因子這個(gè)傳統(tǒng)上非常難對(duì)付的蛋白[6]。

 

2014年,科學(xué)家發(fā)現(xiàn)世界上最暢銷的腫瘤藥物之一來那度胺,其作用機(jī)理竟然和PROTAC類似,有本事讓E3清潔工將IKZF1和IKZF3兩個(gè)蛋白給當(dāng)作垃圾處理掉[7],進(jìn)一步給PROTAC提供強(qiáng)有力的背書。

 

到2019年,中國科學(xué)家在PROTAC勢(shì)不可擋的潮流中也按捺不住,代表人物潘崢?gòu)虢淌谔岢隽恕肮饣\”PROTAC的概念。PROTAC最開始在“光籠(Photocaged)”里養(yǎng)精蓄銳待命。時(shí)機(jī)成熟時(shí),人為給予光照可除掉“光籠”,將PROTAC釋放出來完成它的使命[8]。這樣的設(shè)計(jì)無疑對(duì)藥物有了更多地把控。


 “光籠”PROTAC示意圖,圖片來源Cell Chem Biol

 

除上述經(jīng)典模式PROTAC分子外,其它形式的蛋白降解策略如分子膠(Molecular glue)和LYTAC等也層出不窮。先驅(qū)克魯斯對(duì)PROTAC的熱情也如同喬布斯對(duì)待蘋果手機(jī)一樣,20年堅(jiān)持不懈不斷推陳出新,是開辟者,也是耕耘者。


03
PROTAC到底牛在哪?

 

傳統(tǒng)癌癥藥物研發(fā)主要通過調(diào)控和癌癥相關(guān)的蛋白活性??上У氖牵梭w蛋白僅有20%左右可被傳統(tǒng)小分子藥物或者抗體調(diào)控,比如近些年比較火熱的奧拉帕尼(Olaparib)和帕博利珠(Pembrolizumab)等。剩下80%的蛋白都是難搞的“釘子戶”,被認(rèn)為“不可成藥(undruggable)”,讓科學(xué)家們望而卻步,比如控制蛋白質(zhì)生產(chǎn)的車間主任“轉(zhuǎn)錄因子”等。

 

PROTAC的牛氣一方面體現(xiàn)在能用“化骨綿掌”徹底清除整個(gè)目標(biāo)蛋白避免突變產(chǎn)生耐藥性,有名的例子便是克魯斯推出的ARCC-4可克服前列腺癌恩雜魯胺耐藥[9]。更牛的地方在于,PROTAC還有希望破解“不可成藥”蛋白靶點(diǎn)密碼,開發(fā)傳統(tǒng)藥物無法觸及的圈外80%廣闊空間。

 

對(duì)傳統(tǒng)小分子來說,需要破壞蛋白功力,工作時(shí)間長強(qiáng)度高,往往需要在蛋白上找到一個(gè)類似“口袋”位點(diǎn)的工作室后才方便勞作,但PROTAC是速戰(zhàn)速?zèng)Q,不需要和目標(biāo)蛋白長時(shí)間和高強(qiáng)度親密接觸,對(duì)工作地點(diǎn)完全不挑剔,在蛋白任何犄角旮旯和縫隙隨便坐下來就能開工,誘導(dǎo)蛋白徹底降解一勞永逸。

 

迄今為止,大部分PROTAC研究還是從“可成藥”目標(biāo)蛋白入手,先證明技術(shù)有效性再接受更大的挑戰(zhàn)。不過還是有人愿意第一個(gè)吃螃蟹,比如倫敦癌癥研究所的Keith Jones團(tuán)隊(duì)設(shè)計(jì)的PROTAC小分子可以和轉(zhuǎn)錄因子Pirin結(jié)合,這可是從來沒有被嘗試過的目標(biāo)蛋白[10]。制藥公司安進(jìn)據(jù)說也在秘密開展難度極高靶點(diǎn)的PROTAC工作[11]


PROTAC優(yōu)勢(shì),圖片來源:Arvinas官網(wǎng)

 

再高強(qiáng)的武功也有其命門,PROTAC難免有硬傷:上文提到PROTAC重量級(jí)體型導(dǎo)致其穿透細(xì)胞膜的能力不甚理想,水溶性和利用度都差強(qiáng)人意,因此確實(shí)需要減肥。


如果是靜脈注射還好,要達(dá)到口服的終極目標(biāo),要走的路就更長了。不過克魯斯創(chuàng)立的明星公司Arvinas已官宣其重磅PROTAC藥物就是口服產(chǎn)品,有一覽眾山小,甩競爭對(duì)手幾條街的傲嬌姿態(tài)。

 

此外,PROTAC技術(shù)只能用于降解蛋白,治療某些疾病需要提高特殊蛋白的產(chǎn)量,在這種情況下,PROTAC就奈何不了。


04
結(jié)語


2019年,PROTAC先行者Arvinas推動(dòng)首款PROTAC藥物ARV-110 進(jìn)入了臨床,針對(duì)前列腺癌的藥物,3個(gè)月之后,針對(duì)乳腺癌的藥物ARV-471也開啟臨床研究,同時(shí)關(guān)懷男性和女性患者。

 

2020年底,Arvinas宣布兩款藥物在臨床中均取得了積極結(jié)果:ARV-471顯著降低患者腫瘤組織雌激素受體水平,平均降低62%,最多降低接近90%;在12名可評(píng)估臨床獲益患者中,5名(42%)有臨床獲益。值得指出的是,這些病人在接受ARV-471前已平均接受過5種療法,屬于治療門檻極高的群體。

 

PROTAC的探索還在進(jìn)行時(shí),短期內(nèi)無法顛覆整個(gè)新藥研發(fā)領(lǐng)域,但伴隨更多創(chuàng)新概念和技術(shù)的加持,期待在不久的將來會(huì)光芒萬丈地照進(jìn)現(xiàn)實(shí)。


 

 作者簡介 

丁零,生物化學(xué)博士,青年寫作者。曾就職霍華德·休斯醫(yī)學(xué)研究所及MD安德森癌癥中心,現(xiàn)從事咨詢行業(yè)。



參考文獻(xiàn)

1.Huber, E.M., W. Heinemeyer, and M. Groll, Bortezomib-resistant mutant proteasomes: structural and biochemical evaluation with carfilzomib and ONX 0914. Structure, 2015. 23(2): p. 407-17.

2.Nalawansha, D.A. and C.M. Crews, PROTACs: An Emerging Therapeutic Modality in Precision Medicine. Cell Chem Biol, 2020. 27(8): p. 998-1014.

3.Sakamoto, K.M., et al., Protacs: chimeric molecules that target proteins to the Skp1-Cullin-F box complex for ubiquitination and degradation. Proc Natl Acad Sci U S A, 2001. 98(15): p. 8554-9.

4.Schneekloth, A.R., et al., Targeted intracellular protein degradation induced by a small molecule: En route to chemical proteomics. Bioorg Med Chem Lett, 2008. 18(22): p. 5904-8.

5.Ito, T., et al., Identification of a primary target of thalidomide teratogenicity. Science, 2010. 327(5971): p. 1345-50.

6.Winter, G.E., et al., DRUG DEVELOPMENT. Phthalimide conjugation as a strategy for in vivo target protein degradation. Science, 2015. 348(6241): p. 1376-81.

7.Kronke, J., et al., Lenalidomide causes selective degradation of IKZF1 and IKZF3 in multiple myeloma cells. Science, 2014. 343(6168): p. 301-5.

8.Xue, G., et al., Light-Induced Protein Degradation with Photocaged PROTACs. J Am Chem Soc, 2019. 141(46): p. 18370-18374.

9.Salami, J., et al., Androgen receptor degradation by the proteolysis-targeting chimera ARCC-4 outperforms enzalutamide in cellular models of prostate cancer drug resistance. Commun Biol, 2018. 1: p. 100.

10.Chessum, N.E.A., et al., Demonstrating In-Cell Target Engagement Using a Pirin Protein Degradation Probe (CCT367766). J Med Chem, 2018. 61(3): p. 918-933.

11.Scudellari, M., Protein-slaying drugs could be the next blockbuster therapies. Nature, 2019. 567(7748): p. 298-300.


制版編輯 | Morgan


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