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李棟:10年抵達0.00000006米,分辨率并非唯一答案

2021/09/08
導(dǎo)讀
在獲得之前,先要想好失去什么。
  9.8
知識分子
The Intellectual

李棟,中國科學(xué)院生物物理研究所研究員,2019年科學(xué)探索獎前沿交叉領(lǐng)域獲得者。

獲獎理由:肯定他在光學(xué)顯微成像技術(shù)方面的成績,激勵他在高速活體長時程超分辨顯微成像技術(shù)方面進一步突破。


 編者按

年輕人,是科學(xué)創(chuàng)新的主力。在科學(xué)投入越來越受重視的今天,中國的科學(xué)家們中,尤其是年輕一代里,有許多在自己領(lǐng)域里做出了杰出成就,也承載著未來科研的希望。
《知識分子》攜科學(xué)探索獎設(shè)立 “探索者” 專欄,為讀者速寫一群青年科學(xué)家的畫像,介紹他們所代表的科技前沿。這些青年學(xué)者們都不到45歲,但已在各自的領(lǐng)域內(nèi)做出了重要貢獻。
謹(jǐn)以此系列文章記下他們拓展人類認(rèn)知邊界的努力,和對于科學(xué)、技術(shù)與人文的思考。

撰文|徐競?cè)?/span>
責(zé)編|陳曉雪

●              ●              


在人類看見微小生物這件事上,多數(shù)人都要歸功于列文虎克——這位來自荷蘭的顯微大師,三百多年前從眼鏡師那兒習(xí)得了磨鏡手藝,制造了數(shù)百個透鏡。當(dāng)人們第一次透過顯微鏡看到游動的紅細(xì)胞、細(xì)菌、精子時,一個新世界打開了。

 

幾百年過去了,眼見為實的信條和對清晰度的無上追求仍在繼續(xù),分辨率1000納米、400納米、200納米!100納米!甚至優(yōu)于10納米!數(shù)字見證著人類的智慧。人們能看到的微小世界更清晰了,比如辨識細(xì)胞器,病毒與細(xì)胞交戰(zhàn)時的你來我往……

 

但或許,數(shù)字并不是唯一的答案。

 

準(zhǔn)確的說,熒光顯微鏡的研究更像是一門平衡與妥協(xié)的藝術(shù):看得清楚(空間分辨率高),看得快(成像速度快),看得久(對活體細(xì)胞傷害?。?/span>,看得深(無損觀測生物樣品內(nèi)部)等指標(biāo)維度相互制約,難以同時達到最優(yōu)。有時,看得清楚了,但過多傷害了活體細(xì)胞,或是采集所需時間過長,“來不及” 連續(xù)拍攝分子層面的動態(tài)生命過程,等等。

 

這場博弈的有趣之處在于,在獲得之前,先要想好失去什么。

 

很多時候,研究者會情不自禁陷入對分辨率的追求。但對于中科院生物物理所李棟研究員來說,為了解開生命運作的秘密,他愿意舍棄部分分辨率,在盡量不傷害生命體的情況下,看清它們的行為和細(xì)微結(jié)構(gòu)。

 

犧牲什么,留下什么?看似是一個選擇的問題,實質(zhì)卻是:做研究是為了什么?


李棟與阿貝極限紀(jì)念碑 | 受訪者供圖



1. “英雄” 般的實驗


時間回到2012年冬天。

 

圣誕節(jié)左右,美國多地暴雪,2000多個航班延誤取消。在華盛頓,到處是白茫茫的一片,厚處的積雪足有80厘米,接近一個成年人的腿長。


在美國霍華德·休斯醫(yī)學(xué)研究所Janelia園區(qū),埃里克·白茨格(Eric Betzig)博士的實驗室依然忙碌。這位后在2014年因發(fā)明超分辨熒光顯微鏡摘得諾貝爾獎的教授,出了名的刻苦,每周工作80小時是他和小組成員的理想狀態(tài)。


取了樣本細(xì)胞,白茨格的中國博士后李棟開始測試新的技術(shù)方案的效果,這已經(jīng)是他第N次優(yōu)化這一顯微鏡系統(tǒng)的技術(shù)細(xì)節(jié)了。


來霍華德·休斯醫(yī)學(xué)研究所的第二年,他開發(fā)的高數(shù)值孔徑非線性結(jié)構(gòu)光照明顯微鏡(High NA TIRF-SIM,Nonlinear SIM)正處于關(guān)鍵的測試階段。此前,100納米以下分辨率的活細(xì)胞高速成像一直是領(lǐng)域內(nèi)的難題。



驚喜突如其來。


從左到右,從衍射極限分辨率到100納米再到60納米分辨率,鏡頭里的細(xì)胞內(nèi)微絲骨架的脈絡(luò)逐漸清晰,像是近視者帶上眼鏡 “重獲光明”。這是李棟首創(chuàng)的高數(shù)值孔徑非線性結(jié)構(gòu)光照明顯微鏡的成像效果。

 

兩像對比,好似久經(jīng)歲月的老舊糊照片被 “一鍵修復(fù)”。

 

即使尚未配色,還只是灰突突的灰度圖,但對比著兩個片子,盯著屏幕,喜悅從心底蔓延開來,李棟只覺得看不夠。他把對比圖最大化在電腦上,“一直放在那里,不熄屏”。

 

李棟的座位靠近走廊過道,雖然一共沒幾位同事來上班,但大家出出入入、甚至倒咖啡路過他的實驗臺時,都忍不住停下來看一下他的顯示屏,然后朝他點頭笑笑。

 

這種成像方法,一舉打破了當(dāng)時結(jié)構(gòu)光顯微技術(shù)無法突破100納米的局限,以對細(xì)胞傷害最小的方式獲得50-80納米分辨率,適用于性廣,成像速度快。


2015年的Science 雜志將這一工作選為封面文章,Nature Methods 則評議道:“是最終實現(xiàn)分子水平分辨率下觀測生命過程的重要一步,讓科學(xué)家們認(rèn)識到在無損條件下實現(xiàn)活體成像的重要性?!?/span>


后來,導(dǎo)師埃里克·白茨格總結(jié)這個工作時稱這是 “heroic experiment”(英雄般的實驗)。



2. 選擇的藝術(shù)


在超分辨顯微鏡的江湖上,有兩種潮流聲名煊赫:單分子定位法與受激輻射耗盡顯微術(shù)。2014年,對這兩種方法作出重要貢獻的三位科學(xué)家被表彰諾貝爾獎。其中 “單分子定位法” 的發(fā)現(xiàn)者正是李棟的導(dǎo)師白茨格。

 

對大多數(shù)人來說,追熱點或沿著導(dǎo)師的思路走,都是更 “穩(wěn)妥” 的道路。

 

但通過近3個月的調(diào)研,系統(tǒng)分析現(xiàn)有三類技術(shù)的不同成像特性后,李棟選擇了當(dāng)時較為冷門的另外一條路——結(jié)構(gòu)光照明。

 

作為唯一能在活體條件下對任意蛋白分子進行連續(xù)追蹤的設(shè)備,光學(xué)顯微鏡有著無可比擬的生物學(xué)意義:不必切片制備,先毀壞、殺死細(xì)胞才能進行觀測,意味著能看活體,看到細(xì)胞內(nèi)瞬息萬變的 “gif動圖”,而非某一張單獨的 “靜態(tài)遺照”;可以使用熒光標(biāo)記,借助不同的顏色染色,意味著能選擇性觀看感興趣的生物大分子,就好像在一個信息爆炸的Excel里使用了 “篩選” 功能,  “合并同類項” 般地直觀呈現(xiàn)……

 

但長久以來,光學(xué)顯微成像技術(shù)受制于 “阿貝極限”,分辨率無法超過200納米。

 

人們透過光學(xué)顯微鏡看到的,其實是承載物體信息得光波衍射形成的衍射斑,光束不能無限聚焦,所以當(dāng)結(jié)構(gòu)過于細(xì)小,細(xì)小到他們形成的衍射斑重疊而無法分辨,便只能看到模糊的一團。而病毒、生物大分子等的尺度剛好小于200納米,人們只能眼睜睜看著,這些 “漏網(wǎng)之魚” 攜帶著若干生物學(xué)秘密,在光學(xué)顯微鏡的掃描下逃之夭夭。

 

如何超越阿貝極限幾乎成了領(lǐng)域內(nèi)科學(xué)家們的共同目標(biāo)。

 

依靠著智慧、嚴(yán)謹(jǐn)與堅持,科學(xué)家們從三種路徑逼近并突破了阿貝極限:單分子定位法、受激輻射耗盡顯微術(shù)和結(jié)構(gòu)光照明顯微術(shù)。

 

單分子定位法和受激輻射耗盡顯微術(shù)是當(dāng)時的 “人氣賽道”。因為相較于結(jié)構(gòu)光照明顯微術(shù)在100納米就開始 “舉步維艱” 的分辨極限,這兩種方法的分辨率可達到20納米,且從理論上,只要設(shè)備足夠先進、采集時間夠長、樣品足夠堅挺…… 它們的分辨率就能無限小。

 

利用光學(xué)顯微鏡研究生命現(xiàn)象是一門妥協(xié)的藝術(shù)。但,生命過程多種多樣,需要根據(jù)其特點明確指標(biāo)優(yōu)先級。

 

雖然分辨率更高,但單分子定位法與受激輻射耗盡顯微術(shù)付出的代價在于 “犧牲時間分辨率” 換取 “空間分辨率”,即為了拍的清楚,就拍的更久。要得到超分辨圖像,它們往往需要數(shù)十秒到數(shù)小時的采集時間,比太陽光強高十萬倍以上的照明強度,這導(dǎo)致成像速度慢,對活體樣品傷害大,往往僅適于對固定樣品成像。

 

“哪些是最本質(zhì)的觀測維度?單純提高分辨率維度就足夠嗎?提高分辨率是為了什么?” 李棟反復(fù)告訴自己,不要隨波從眾。

 

生命的奇妙在于一個個連續(xù)的生物過程動態(tài)組合而成。研究固定后的生物樣品,很難了解生物過程的全貌。

 

“以盡可能低的代價提高分辨率,從而為同時拓展其它觀測維度留余地?!?李棟期望,能夠多維度更全面地認(rèn)知一個個生物過程。

 

這也得到了白茨格的認(rèn)可,這是真正從生物學(xué)源頭出發(fā),面向需求的決策。

 

他們相信,結(jié)構(gòu)光照明超分辨技術(shù)的潛力巨大。

 

3. 小世界里


種下一顆種子,等待它延展出繁茂的根系。

 

結(jié)構(gòu)光照明的研究,不僅成為李棟科研事業(yè)的起點,也塑造了他日后的研究模式——要方向敏感,理論簡潔,工程可靠。

 

但其實,很多年以前,他就曾感受過簡潔的震撼。 

 

sinαsinβ=-1/2[cos(α+β)-cos(α-β)]

 

當(dāng)兩個正弦函數(shù)相乘時,波函數(shù)的頻率會變高,這幾乎是任一個高二學(xué)生都能作答的公式。

 

為了獲得高分辨率,李棟結(jié)合光控?zé)晒獾鞍椎陌l(fā)光特性,用了兩個不同顏色的光照激發(fā)觀測物,得到更高的調(diào)制頻率,從而提高分辨率。理論上,這也能達到分辨率無限高(分辨率越高代表越清晰)

 

“非常通透。你可以把一個最簡單的三角公式映射到一個前沿的設(shè)備上,用一個簡潔的原理實現(xiàn)一個困擾大家很久的問題。只要你開始繪制模式圖,你就能很自然地把它轉(zhuǎn)換成數(shù)學(xué)和物理的語言?!?李棟說。

 

這是突破分辨瓶頸的關(guān)鍵一環(huán),但僅在整個理論說明中占了一頁PPT的體量,甚至在匯報中,常因過于細(xì)節(jié)而根本不會被提及。就這樣,想通所有的理論框架 “只” 用了一個多月,但落地用了兩年半。

 

例如,如何實現(xiàn)兩種激發(fā)光波函數(shù)的 “波峰對波峰,波谷對波谷”?

 

波函數(shù)的周期將近150納米,而顯微鏡的成像視野大概為50微米,也就是50000納米,這就意味著要在半根頭發(fā)粗細(xì)的成像視野中,調(diào)整兩個分別會出現(xiàn)3000多個周期的波函數(shù)。

 

倘若兩個波函數(shù)沒有對齊,又該如何檢驗?還需要調(diào)制一種與被觀測細(xì)胞折射率相似的熒光小球溶液做 “替身”,先用已知的熒光小球的直徑,測算兩個波函數(shù)之間的相位差,再替代到被觀測細(xì)胞上……

 

這些都是隨時可能出現(xiàn)的問題:傷害性不大,難纏性極強。

 

不同于理論研究,多數(shù)依靠與大腦的天人交戰(zhàn),超分辨顯微成像技術(shù)研制的核心之一是 “工程能力”。

 

李棟的妻子是一名產(chǎn)品經(jīng)理。這份強調(diào)推進、落地的職業(yè),在移動互聯(lián)網(wǎng)時代被拱上潮頭,肩負(fù)著發(fā)現(xiàn)需求、解決痛點,甚至引領(lǐng)行業(yè)趨勢的重任:要每一個細(xì)節(jié)都可以被看到,每一個細(xì)節(jié)都可以被執(zhí)行。從這個角度來講,李棟與妻子的工作頗有相通之處。

 

因為整體目標(biāo)是 push to the limit——追求極致,所以每個步驟都要嚴(yán)苛地控制效果,“這一步達到了預(yù)期,才開展下一步。” 任何一個 “這里損失一點沒關(guān)系的念頭”,都會滿盤皆輸。

 

“不是有一個想法,而是超前的想法,也不只是證明想法可行,而是要徹底實現(xiàn),不要80%、90%,要100%,要足夠好、足夠可用、足夠能真正解決生物學(xué)問題?!?/span>

 

那些細(xì)碎的工作,有時要靠螺絲刀、其他的小器具和經(jīng)驗手動組裝儀器,有時要調(diào)試代碼控制軟件,有時要在稿紙上演算確認(rèn)……當(dāng)然,有時還要不斷地發(fā)出、接收 “信息”,與合作伙伴溝通心意。

 

清華大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院教授俞立曾參觀過李棟的實驗室,感覺 “頭皮都是麻的”。

 

在一條條長長的實驗桌上,密密麻麻裝備著顯微鏡和各種各樣的器材,粗黑的電源線們一把把地攢在一起,稍不注意就擰成麻花,電腦懸垂在一旁的支架上。

 

這些布置,令人聯(lián)想到古代行軍布陣時的軍事沙盤,從某些角度上,這也確實是主帥李棟的兵卒們,他調(diào)遣它們,在成像視野不到半粒沙子大的方寸之間抽絲剝繭。

 

李棟實驗室的一角 | 徐競?cè)?攝


很多人厭惡瑣碎,挑戰(zhàn)和快樂常常在構(gòu)想完成的瞬間沖到巔峰,隨后迅速消耗殆盡。但于李棟,方向檢驗敏感度、理論檢驗構(gòu)想、工程檢驗可靠,沒什么比這樣的全程參與更有掌控感,三種層次的快樂循環(huán)往復(fù)地推動著他。

 

工作,不是解決麻煩,而是獲得快樂。快樂來臨的瞬間,像頭腦里突然奏響沸騰的樂章,他一個在飽滿熾烈的精神世界里自得其樂,而不必為外人道。

 

“科學(xué)研究是非常自我的。無論是一連串的知識邏輯理解通了,解決方案一步步走出來了,第一個知道的永遠是你自己,你講給任何第二個人聽,都不能100%理解,哪怕是愛人、還是一起工作的伙伴,都不能100%理解?!?/span>



4. 連點成線


從香港科技大學(xué)博士畢業(yè)以后,李棟幾乎看遍了世界頂尖學(xué)者們的招聘主頁,他有一個模糊的想法,想繼續(xù)博士期間的 “小實驗室-大科學(xué)”:既要 “小實驗室” 更多一對一的及時交流,圍繞特定問題的有效討論,簡單輕快的人際關(guān)系,也要 “大科學(xué)” 充沛的資源,足夠的自由度和對前沿問題的超前構(gòu)想。

 

他加入了霍華德·休斯醫(yī)學(xué)研究所埃里克·白茨格的項目組。這是業(yè)內(nèi)毫無爭議的、響當(dāng)當(dāng)?shù)膱F隊。

 

如何判斷一個好的學(xué)者?

 

俞立認(rèn)為,那應(yīng)當(dāng)是 “做他需要做的事,而不是只做他已經(jīng)會做的。”

 

回國后,李棟不僅把他在美國時擅長的技術(shù)建立了起來,還很快地有所創(chuàng)新,這是北京大學(xué)未來技術(shù)學(xué)院教授、副院長孫育杰的評價。

 

2015年,來到中國科學(xué)院生物物理所,李棟開始組建自己的小實驗室。

 

在北京的辦公室里,這個10人左右的團隊,保持著與中科院生物物理所其他實驗室、霍華德·休斯醫(yī)學(xué)研究所、牛津大學(xué)、杜克大學(xué)、清華大學(xué)、北京大學(xué)等海內(nèi)外前沿實驗室的密切合作。

 

不同于常見的、一條縱深的線一般的研究軌跡,李棟團隊的研究,很像是一張網(wǎng)。

 

這是由物理理論、硬件設(shè)備、軟件算法和生物學(xué)主題四根金線編成的網(wǎng),一張為網(wǎng)住許許多多有價值生物學(xué)問題而生的網(wǎng)。

 

首先,還是從最熟悉的顯微鏡設(shè)備入手。


他研究的掠入射結(jié)構(gòu)光超分辨顯微鏡技術(shù)(GI-SIM),刷新了自己在博士后期間的TIRF-SIM能達到的效果??梢栽?7納米分辨率下,以每秒成像660幅的速度連續(xù)成像,“照見”細(xì)胞1微米深度內(nèi)的動態(tài)。通過這一技術(shù),你能看到細(xì)胞器和細(xì)胞骨架進行著高度動態(tài)又有組織的相互作用,細(xì)胞器之間也進行著蛋白質(zhì)和脂類的交換、信號的傳遞,運動纖毛內(nèi)繁忙的 “交通”,等等。


線粒體(綠色)在與內(nèi)質(zhì)網(wǎng)(紫紅色)接的觸位點分裂


那是生物課本上沒來得及更新的 “愛恨情仇”:短棒狀或圓球狀的線粒體們正 “扭來扭去”。仔細(xì)觀察,它們 “扭動” 的頻率并不相同,因為內(nèi)質(zhì)網(wǎng)與線粒體接觸點更能夠促進線粒體的分裂與融合。而運動著的溶酶體仿佛行走的 “剪刀”,所到之處,可以帶來管狀內(nèi)質(zhì)網(wǎng)的瞬時斷裂……


線粒體(綠色)在與內(nèi)質(zhì)網(wǎng)(紫紅色)接的觸位點融合


還有不同種細(xì)胞器間廣泛的 “搭便車”。當(dāng)一種細(xì)胞器召喚馬達蛋白托舉著它在細(xì)胞微管上移動時,另一個附近也有 “散步” 意向的細(xì)胞器,很可能就不再自己招募馬達蛋白,而是直接搭上那個正在行進的細(xì)胞器的 “肩膀”,蹭上對方的 “車夫”,來了個 “拼車”。


內(nèi)質(zhì)網(wǎng)(紫紅色)搭上線粒體(綠色)的“便車”


因為隨時可能遇到前人未發(fā)現(xiàn)過的信息,所以必須隨時保持好奇、敏銳以及堅持。畢竟更新發(fā)現(xiàn)往往意味著推翻一些大眾認(rèn)知。要知道,當(dāng)顯微鏡時空分辨率達不到時,人們只能忽視那個搭便車的細(xì)胞器,而誤以為它也有一個屬于自己的車夫。


線粒體(綠色)搭上溶酶體(紫色)的便車


如果細(xì)細(xì)剖析,建立在積累上的自信也加成了李棟的快樂?!拔覀冏龀鰜砹?,突破了,我們相信那可能是全世界做得最好的,是在技術(shù)細(xì)分領(lǐng)域上最早提出的方案?!?/span>

 

2018年,GI-SIM圖像的工作發(fā)布于Cell雜志,Nature 評議它帶來 “水晶般清晰” 的成像效果,還入選了2018年度科技部的中國十大科學(xué)進展……

 

并且,像完成一幅拼圖,連點成線般的研究,展現(xiàn)了李棟在學(xué)科上的布局。GI-SIM成像技術(shù)的硬件系統(tǒng)兼容了李棟之前開發(fā)的全反射結(jié)構(gòu)光(TIRF-SIM)、三維結(jié)構(gòu)光(3D-SIM)和非線性結(jié)構(gòu)光(nonlinear SIM)超分辨成像技術(shù),形成了一套能 “兼容并包” 的多模態(tài)結(jié)構(gòu)光超分辨成像系統(tǒng)。

 

這套系統(tǒng),可以對從細(xì)胞膜、細(xì)胞質(zhì)到全細(xì)胞范圍內(nèi)的生物過程,都以100納米及突破100納米分辨率成像,連續(xù)追蹤活體樣本中的多種分子事件,提供與測序、生化、質(zhì)譜等方法相互補的時空動態(tài)信息,滿足生物學(xué)研究中大多數(shù)熒光成像實驗的需求。

 

中國科學(xué)院外籍院士、美國杜克大學(xué)教授王小凡曾評論,這將把細(xì)胞生物學(xué)帶入一個新時代,更好地理解活細(xì)胞條件下的分子事件,從機制上洞察關(guān)鍵生物過程,可對生命科學(xué)整個學(xué)科產(chǎn)生重大影響。



5. 加速前的剎車


重點在于李棟知道什么是重要的問題。

 

在采訪中,俞立和孫育杰不約而同地告訴《知識分子》,除了技術(shù)扎實,李棟的一大突出優(yōu)勢是對生物學(xué)的理解。


無論是GI-SIM還是多模態(tài)結(jié)構(gòu)光超分辨成像系統(tǒng),都不是神通廣大到無所不能的設(shè)備。當(dāng)然,迄今為止,也還未出現(xiàn)過這樣的顯微鏡設(shè)備。如同孫育杰所說,“沒有最好的技術(shù),只有最適合的技術(shù)。”


也正因此,李棟的選擇顯得格外寶貴。 

 

在這門妥協(xié)的藝術(shù)里,他會 “犧牲” 分辨率——一個大多數(shù)擅長工程的顯微鏡研究者不舍得犧牲的指標(biāo),一種對技術(shù)崇拜的執(zhí)著。很多時候,顯微鏡研究者往往會情不自禁陷入對分辨率的追求,刷新數(shù)字極限帶來的戰(zhàn)勝般的愉悅。

 

但代表分辨率的那個數(shù)字,即使有時已經(jīng)挺小了,也壓根兒不會撬動生物學(xué)研究者的心弦——如果這個數(shù)字不能幫他們看到想看的東西,解決實際問題。


觀測細(xì)胞器的真正難點在于,大多數(shù)細(xì)胞器通常分布在靠近細(xì)胞基底膜1微米的深度范圍,現(xiàn)有的技術(shù)無法在高時空分辨率下看到那么深。如果不能解決這個問題,即使將分辨率刷得再高,也只是一場緣木求魚的自嗨。精巧的GI-SIM不同。通過設(shè)計激發(fā)光的入射角略低于發(fā)生全反射的臨界角,GI-SIM實現(xiàn)了1微米的觀測深度,還兼?zhèn)涞凸馄缀凸舛拘?,能實時無創(chuàng)地監(jiān)測活細(xì)胞。

 

伴隨著人工智能的熱潮,超分辨顯微成像與機器學(xué)習(xí)融合得熱火朝天。

 

越來越多的研究者涌入,使用現(xiàn)有的超分辨圖像與原始圖像訓(xùn)練算法,再將 “學(xué)會超分辨” 的成熟算法應(yīng)用到原始圖像上,以期處理出 “超分辨圖像”。

 

可以粗略地想象成,點開了手機里的美圖秀秀,導(dǎo)入一張普通圖片,然后選擇一個名為 “超分辨” 的濾鏡,算法暗自運行,只見屏幕一 “唰”,普通圖片 “脫胎換骨” 成了超分辨圖像。

 

顯微鏡研發(fā)起家,擁有大量超分辨圖像數(shù)據(jù)的李棟,訓(xùn)練算法本是近水樓臺先得月,向前沖就是了。但 “加速” 之前,他先 “踩了一腳剎車”,給自己提出了一個核心問題:

 

雖然深度學(xué)習(xí)降低現(xiàn)有的硬件設(shè)備達到同等分辨率的代價,提高效率,但有限的生物圖像訓(xùn)練數(shù)據(jù)、不同的成像條件與復(fù)雜多樣的生物結(jié)構(gòu)……生物學(xué)家究竟能在多大程度上信任算法輸出的結(jié)果?

 

即使看起來 “清晰” 了,但清晰得究竟是不是準(zhǔn)確?倘若未必保真、可信的結(jié)果被應(yīng)用到生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域,失之毫厘謬以千里。李棟的腦海里閃過很多問號。

 

長久的工程訓(xùn)練塑造了他的思考范式:肯定方向,定位問題,量化程度,探索出路。

 

測評了現(xiàn)有的多種超分辨算法,李棟發(fā)現(xiàn),算法的準(zhǔn)確度與原圖的信噪比、復(fù)雜度,以及要提升的分辨率倍數(shù)息息相關(guān)。換言之,某些不適合的原圖被 “超分辨濾鏡” 強行處理后,有可能誕生一張 “美顏照騙”,也就是偽超分辨圖像,看起來清晰了,但與真實情況有所差距。這說明單純依靠深度學(xué)習(xí)或者去卷積等算法實現(xiàn)超分辨成像往往會帶來偽信息。

 

于是,結(jié)合了顯微成像的物理原理——重點關(guān)注衍射極限以外區(qū)域,李棟發(fā)展了一種能 “因材施教” 的深度學(xué)習(xí)超分辨顯微成像算法,先識別到原圖的高分辨信息,然后加強權(quán)重處理,從而顯著提升高分辨率信息的重建準(zhǔn)確度。

 

這樣的研究具有雙面優(yōu)勢,不僅開拓了顯微鏡學(xué)者的技術(shù)路徑,還大幅了提高生物學(xué)者的研究效率,畢竟 “算法” 要比厚重、需要調(diào)試、甚至預(yù)約的顯微鏡設(shè)備成本更低、更易得。

 

就顯微鏡這門強調(diào)工程化的學(xué)科,耕耘設(shè)備、訓(xùn)練算法……朝著 “更高、更快、更強” 大方向前進并非隱秘,而是共識。

 

在生物學(xué)領(lǐng)域浸潤多年,俞立曾與許多顯微鏡學(xué)者合作過。“以李棟為代表的優(yōu)秀學(xué)者們,總是能在里面找到和別人不一樣的地方,比別人更好更快地做出來?!?俞立說。



6. 理想合作者


李棟是公認(rèn)的理想合作者。

 

雖然沒有生物學(xué)的學(xué)科背景,但李棟在與不同優(yōu)秀生物學(xué)者的交流中,鍛造了對生物學(xué)的理解。

 

他不是那種熱衷社交,自來熟的外向型性格,日常也喜歡一個人呆著,但在一些學(xué)術(shù)會議上,尤其是跨學(xué)科交流會上,你能很容易看到他的身影。這是他從博士后就養(yǎng)成的習(xí)慣。

 

清華大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院副研究員賈順姬就是在一次研討會上認(rèn)識李棟的。

 

彼時,她的課題組正在進行一項研究——高爾基體來源的SEC14L2小泡參與調(diào)控內(nèi)吞體的分裂過程?!拔覀兿M芨忧逦?、快速地捕捉到這一動態(tài)瞬間。” 恰遇李棟在探討會上介紹了GI-SIM,這令她眼前一亮,會后一聊,李棟也對她的問題產(chǎn)生了興趣。

 

“從問題的源頭出發(fā)?!?李棟有一整套合作思路:先要和生物學(xué)家交流,學(xué)習(xí)他們看問題的角度和方法,了解對方關(guān)心的問題,遇到的瓶頸,然后思考自己目前的工作與對方的契合點,再以問題為驅(qū)動,發(fā)展出技術(shù)方案?!?/span>

 

在中科院生物物理所的食堂里,李棟和他的飯友——中科院感染與免疫重點實驗室組長、研究員高璞就發(fā)掘出一樁 “病毒的秘密”。

 

作為同期回國的學(xué)者,他們常聚在一起聊天,一次飯后遛彎時,高璞提到了自己正在進行的研究:一個名為cGAS-STING的免疫信號通路,是細(xì)胞抵御病毒的重要戰(zhàn)線,尤其擅長抵御以皰疹病毒為代表的雙鏈DNA病毒。但狡猾的病毒不會束手就擒,它們又是怎么反擊的?

 

在高璞的回憶中,當(dāng)時李棟聽了就很感興趣,并提及團隊的長時程、高分辨活細(xì)胞成像技術(shù)應(yīng)該能在細(xì)胞內(nèi)直接觀測整個過程。

 

于是當(dāng)天,遛著遛著彎他們便直接聊進了李棟的實驗室,寫寫畫畫很久…… 再后來,就是拉上了同所的病毒學(xué)專家鄧紅雨研究員,和學(xué)生們一起推敲細(xì)節(jié),大干一場。

 

若是應(yīng)用常規(guī)的觀測方法,還未等解謎成功,細(xì)胞就死掉了。但借助李棟團隊的小時量級三維高時空分辨成像,他們揭開了病毒反抗的策略。

 

cGAS-STING的免疫信號通路中,分布在細(xì)胞質(zhì)中天然免疫受體的cGAS像是 “偵察兵”,當(dāng)它識別、并結(jié)合病毒的雙鏈DNA后,就會發(fā)生種種連鎖反應(yīng),激活下游的免疫蛋白,引發(fā)免疫應(yīng)答。

 

有趣的是,病毒中執(zhí)行反擊的是一大類進化遙遠而結(jié)構(gòu)相關(guān)的間質(zhì)蛋白,它們不直接和 “偵察兵” cGAS起正面沖突,而是巧妙地迂回到DNA上,但也不是依靠DNA親和力和cGAS直接競爭DNA,而是通過相分離機制與cGAS競爭DNA,先破壞cGAS-DNA相分離,然后逐步抽提cGAS-DNA液滴中的DNA,并與之形成自身的相分離聚集,從而實現(xiàn)免疫逃逸。

 

2021年5月,研究開花結(jié)果,正式發(fā)布。作為首次發(fā)現(xiàn)病原微生物可以調(diào)控宿主細(xì)胞內(nèi)相分離的研究,這項工作不僅發(fā)現(xiàn)了一種新穎的病原-宿主互作機制,也拓展了人類對大分子相分離調(diào)控復(fù)雜性的認(rèn)識。

 

俞立教授評價這項 “漂亮的” 研究。什么是漂亮?技術(shù)有新意,動作不繁瑣,解決的問題扎實有用,能以最少的力量揭示出最多的生物學(xué)信息。

 

對研究者本身,這也是漂亮的體驗。

 

高璞不僅收獲一個有意義的科學(xué)問題,一場新的智力愉悅,邁出了另一種研究模式的一小步,更激勵了一種信心。

 

“更關(guān)注科學(xué)問題,需要啥技術(shù)就用啥技術(shù),(面對值得研究的問題)如果自己不會就找像李棟和紅雨一樣的專家合作,或者向他們學(xué)習(xí)”,高璞總結(jié)說。

 

這不是稀奇的說法,許多資深科學(xué)家都曾提到。這與俞立所說,不是做會做的東西,而是做要做的東西,也是異曲同工。但對于年輕人,往往知易行難。尤其年輕PI剛獨立的前幾年,壓力很大,通常會在擅長的模式下尋求突破。如何打破慣性使然、充滿誘惑的 “可行性導(dǎo)向”,轉(zhuǎn)向 “問題導(dǎo)向”?合作起到了助推作用。

 

有時,在實驗中遇到技術(shù)難題,俞立會給李棟致電。電話通常能發(fā)揮三方面作用:為一些實驗介紹適合的顯微技術(shù);或擊碎一些 “假想敵” —— “有時你覺得特別難的事情,但在真正做顯微鏡的人看來,這個事情太簡單了,就可以幫你搞定”;又或?qū)⒁恍┨祚R行空的想法落地,找到可執(zhí)行的突破口。當(dāng)然,“電話” 有時也默默見證了些特別超前、暫時有些 “不切實際” 的暢想。

 

“很多人會講我做完了什么,正在做什么,(但)每次碰到李棟的時候,他都在講他的下一個機器怎么樣怎么樣?!?回憶與李棟的交往,俞立發(fā)現(xiàn),這個搭檔很少談未來、期望、目標(biāo)這類恢弘的、理想化的大詞,取而代之的是一個個具體的問題?!耙粋€謙謙君子。完全不忽悠,基本上他要說他能做的,他就能做,他要說他不能做的,那就是真不能做?!?/span>

 

同樣的特質(zhì),也令高璞印象深刻:李棟總能在很短時間內(nèi)想出解決某個科學(xué)問題所需的技術(shù),并對可能的結(jié)果給出靠譜判斷;即使面對非常得意和看好的技術(shù),他也從不夸大某個成像技術(shù)的效果,而是告知合作者可能會遇到的問題及解決辦法。

 

“雖然給人第一印象經(jīng)常是有點 ‘嚴(yán)肅古板’,但在日常相處上,李棟是一個很平和且有幽默感的同事和朋友。” 高璞說。

 

“我之所以很熱衷地發(fā)展新技術(shù)方法,在于它可以成為生命研究的動力,推動問題解決,研究更進一步,而不是我發(fā)明了什么東西,發(fā)一個很好的的文章,而是確實幫助生物學(xué)家拓展和提升認(rèn)知生命規(guī)律的維度和精度,做出對生命科學(xué)研究有益、有效、有影響力的成果?!?李棟期待著,生命科學(xué)可以借助新的技術(shù)方法,從描述性階段,過渡到物理數(shù)學(xué)一般的定量推導(dǎo)階段。



7. 謀定而后動


顯微鏡之于生物學(xué),可以想象成工業(yè)革命之于現(xiàn)代社會。300多年前,當(dāng)列文虎克第一次通過自制的光學(xué)顯微鏡看到細(xì)胞、游動的精子時,微觀世界的大門就此打開。

 

自此以后,技術(shù)的更新一直極大地影響著生物學(xué)家的研究,從只能看到二維的xy維度,到能看到三維的xyz維度,再加上能被熒光蛋白標(biāo)記的顏色維度、長時程的t維度、分辨率維度…… 那些靈敏的,能追上技術(shù)風(fēng)潮,并及時更新自己思考范式的生物學(xué)家,往往能比同行們先行一步。

  

俞立說,他迫切地希望看到李棟這批代表中國技術(shù)的年輕人,可以盡快將手中的技術(shù)產(chǎn)業(yè)化。

 

產(chǎn)業(yè)化意味著頂尖的顯微設(shè)備可以批量生產(chǎn),進入有需求、有意愿的院所與企業(yè)。到那時,尋求合作的一方不必再在技術(shù)組緊密的人手安排與實驗排期里等一個機會,技術(shù)所有者也可以減少重復(fù)性工作、套路化實驗,把時間精力投入新的研發(fā),繼續(xù)高速成長。

 

2015年左右回國之初,風(fēng)投就注意到了李棟的工作,但他多次婉拒了這些機會。

 

他有自己的想法。

 

首先,從原理樣機到產(chǎn)業(yè)化,并不容易。多次打板,確定原理樣機,然后經(jīng)歷幾十次合作實踐的驗證,收集用戶反饋,再然后,嘗試幫助合作伙伴遠程搭建和使用,才算可以考慮工程化轉(zhuǎn)移。

 

但接下來,更要系統(tǒng)地鉆研工程化能力:設(shè)計分模塊,提高模塊的穩(wěn)定性、可靠度,設(shè)想可能出現(xiàn)的種種問題,并在說明手冊中提供解決方案,從而使進行了遠距離運輸、甚至國際運輸?shù)姆帜K設(shè)備,在成功抵達收貨人手中依然保持極高的精密程度。最終,面對分模塊設(shè)備,收貨人能根據(jù)手冊指導(dǎo),自行組裝調(diào)試,成功使用,才算大功告成。

 

這不是最好的時機。他在等,等想法相對成熟,等自己對國內(nèi)行業(yè)更加了解,等把幾條 “有意思” 的技術(shù)路線都嘗試完成……在此之前,要毫無疑問地把100%的精力都放在科研上。

  

李棟和同事做出的Multi-SIM顯微鏡樣機 | 受訪者供圖


這一等,就到了2020年。

 

李棟問了自己三個問題:第一,開始產(chǎn)業(yè)化,自己有沒有體系化的打法?不僅是一個技術(shù)方法的相對領(lǐng)先,而是已經(jīng)想好第二、第三步,只有這樣才能在高端設(shè)備市場上贏得尊重與認(rèn)可。第二,相比目前最好的廠商們的同類產(chǎn)品,自己的產(chǎn)品有沒有突出的優(yōu)勢?第三,開始工程化,是否也能保有研究自主性,把握好自己的步調(diào)與節(jié)奏?

 

三個問題的答案都是 “是”,李棟才開始著手技術(shù)工程化和產(chǎn)業(yè)化開發(fā)。

  

8. 下一座山峰


生物學(xué)問題通常不是驗證性的,而是探索性的,仿佛在漆黑的森林里穿行,前往無人之境。擁有一架優(yōu)秀的顯微鏡,就好像配上一把手電筒,幫助旅人穿透黑暗,照亮前路。 

 

“我不認(rèn)為你會碰到任何一個生物學(xué)家,覺得顯微鏡學(xué)者們的深度加入會是威脅,完全相反,我們特別歡迎他們進來,生物學(xué)是一個巨大的問題,在他們的工作中,他們一定已經(jīng)積累了非常多有意思的現(xiàn)象,其中牽涉到一些非常專業(yè)的知識,而我們將會深刻地理解它們,欣賞它們,這是一個非常良好的共生關(guān)系?!?俞立解釋道。

 

李棟辦公室的白板上,有一行妻子留下的小字:“小李加油?。?!” | 徐競?cè)?攝


但如果只強調(diào)顯微鏡的重要性,很容易陷入技術(shù)決定論的陷阱。

 

顯微鏡學(xué)家需要好的生物學(xué)問題來放大、證明自己的技術(shù)影響,生物學(xué)家需要好的顯微鏡,來幫他們翻越溝坎,抵達下一座山峰。選擇哪條道路去探索,選擇什么樣的方向,能發(fā)現(xiàn)更多的珍寶,考驗眼光。

 

那不是對某一具體步驟的選擇,而是對時局與趨勢的把握。要知道目前生物學(xué)最重要的戰(zhàn)場在哪,最需要得到的信息是什么,最大的痛點在哪兒。

 

“大” 還是 “小”?

 

是越看越大,從單細(xì)胞層次邁向多細(xì)胞層次,觀察細(xì)胞互動,或是生物體整體?還是越看越小,深入到單細(xì)胞的某些局部,走進單分子層次,挖掘生物大分子組裝的形式,在特定過程中的種種作用?

 

這是兩個不同的科學(xué)問題,分別指向不同的、瞬息萬變的風(fēng)景,也對應(yīng)著不同的技術(shù)路徑,但對李棟,有一點從未改變,要將所開發(fā)技術(shù)真正地應(yīng)用于生命科學(xué)研究,讓生物學(xué)家的研究少一些被技術(shù)掣肘的妥協(xié),多一些心之所向的從容。

 

李棟辦公室的白板上,布滿了公式推導(dǎo)的演算,左上的角落里,有妻子寫的一行小字:“小李加油?。?!” 



 參考資料(上下滑動可瀏覽)

[1]http://www.ibp.cas.cn/sourcedb_ibp_cas/cn/ibpexport/swdfzgjzdsys/201912/t20191202_5447281.html
[2]https://www.nature.com/articles/s41592-020-01048-5
[3]https://www.cell.com/molecular-cell/fulltext/S1097-2765(21)00359-2?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS1097276521003592%3Fshowall%3Dtrue
[4]https://m.thepaper.cn/baijiahao_12778144
[5]http://scitech.people.com.cn/BIG5/n1/2019/0307/c1007-30962449.html
[6]https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(18)31308-4
[7]A Golgi-derived vesicle potentiates PtdIns4P to PtdIns3P conversion for endosome fission | Nature Cell Biology
[8]http://lsi.zju.edu.cn/2021/0330/c25131a2272538/page.htm
[9]https://www.sohu.com/a/458834882_120865558
[10]http://blog.sciencenet.cn/blog-3214791-999502.html
[11]Xu, Guangjun, Chong Liu, Sheng Zhou, Quanjin Li, Yun Feng, Panpan Sun, Han Feng et al. "Viral tegument proteins restrict cGAS-DNA phase separation to mediate immune evasion." Molecular Cell (2021).


制版編輯 盧卡斯



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