“諾獎(jiǎng)值得”系列:蛋白質(zhì)折疊的分子伴侶誕生記
弗朗茲-烏爾里希·哈特爾(左) 、亞瑟·霍里奇(右)
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因在蛋白質(zhì)折疊的分子機(jī)制上的貢獻(xiàn),馬克斯·普朗克生化研究所主任、德國(guó)生物化學(xué)家弗朗茲-烏爾里希·哈特爾(Franz-Ulrich Hartl,1957-)與耶魯大學(xué)醫(yī)學(xué)院的美國(guó)生物學(xué)家亞瑟·霍里奇(Arthur L. Horwich,1951-)幾乎已經(jīng)拿下了除諾獎(jiǎng)外所有的生物化學(xué)及相關(guān)學(xué)科的國(guó)際大獎(jiǎng)。
2011年,即屠呦呦獲得拉斯克獎(jiǎng)(The Lasker Awards)臨床醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)的同一年,哈特爾和霍里奇也獲得了拉斯克基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)。2020年,哈特爾和霍里奇又摘取另一諾獎(jiǎng)風(fēng)向標(biāo)——美國(guó)生命科學(xué)突破獎(jiǎng),是諾獎(jiǎng)?lì)A(yù)測(cè)名單上的???。
蛋白質(zhì)的折疊機(jī)制是重要的生物學(xué)問(wèn)題?!吨R(shí)分子》特別推出“諾獎(jiǎng)值得”系列專(zhuān)欄,向讀者介紹那些重要的科學(xué)發(fā)現(xiàn)及其背后的故事。
Talent hits a target no one else can hit; genius hits a target no one else can see.
人才及凡人所不能及,天才及凡人所不能見(jiàn)。—— 叔本華
撰文 | 王宗安(芝加哥大學(xué)計(jì)算化學(xué)博士)
責(zé)編 | 劉楚
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哈特爾的兩大愛(ài)好
弗朗茲-烏爾里希·哈特爾出生于1957年的西德工業(yè)城市埃森(Essen),四歲時(shí)隨父母搬遷到黑森林(Black Forest)北部的一個(gè)小鎮(zhèn)。在林野間,捉蛙捕螈,蹚溪筑壩,哈特爾度過(guò)了美好的童年。自五歲,哈特爾開(kāi)始學(xué)習(xí)樂(lè)譜,先后學(xué)會(huì)了木笛、長(zhǎng)笛和鋼琴,音樂(lè)成為了他保持終身的兩大愛(ài)好之一。另一個(gè)愛(ài)好嘛,是生物學(xué)!確切地說(shuō),哈特爾對(duì)生物學(xué)的興趣是捕捉、收集昆蟲(chóng),制作標(biāo)本,用顯微鏡觀察?!耙肟印?的是他的爺爺,一位業(yè)余顯微鏡大拿。進(jìn)入高中后,哈特爾找到了新的愛(ài)好:生物化學(xué)。[1]
19歲,哈特爾進(jìn)入海德堡大學(xué)(Heidelberg University)醫(yī)學(xué)院學(xué)醫(yī)。在完成必要醫(yī)學(xué)訓(xùn)練的同時(shí),哈特爾在生物化學(xué)系進(jìn)修博士學(xué)位。期間,他發(fā)現(xiàn)肝細(xì)胞的一類(lèi)細(xì)胞器過(guò)氧化物酶體(peroxisome),可以被甲狀腺激素代謝激活并誘發(fā)大量增殖 [2]。
1985年,哈特爾的博士論文被送給慕尼黑大學(xué)的著名細(xì)胞生物學(xué)家瓦爾特·諾佩特(Walter Neupert,1939 - 2019)[3]評(píng)審。諾佩特很賞識(shí)這篇論文,邀請(qǐng)哈特爾來(lái)自己的實(shí)驗(yàn)室做博后研究—— 這成為了哈特爾人生至關(guān)重要的轉(zhuǎn)折。
對(duì)哈特爾而言,這個(gè)轉(zhuǎn)折有雙重意義。一方面,導(dǎo)師諾佩特在1986年將他派往希臘參加分子生物學(xué)暑期學(xué)習(xí),令他結(jié)識(shí)了未來(lái)的生活?lèi)?ài)侶和科學(xué)良助瑪納吉特(Manajit);另一方面,在諾佩特實(shí)驗(yàn)組研究線粒體吸收(import)新合成蛋白,催生了其分子伴侶的工作。
哈特爾與夫人瑪納吉特于2020年領(lǐng)取生命科學(xué)突破獎(jiǎng) | 照片版權(quán):Miikka Skaffari
蛋白質(zhì)折疊的安芬森法則
我們先談?wù)劦鞍踪|(zhì)在細(xì)胞內(nèi)怎么折疊。
1972年的諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)得主克里斯蒂安·伯默爾·安芬森(Christian Boehmer Anfinsen, 1916 – 1995)曾這樣猜想:小的水溶性蛋白質(zhì)在生理環(huán)境條件下的天然結(jié)構(gòu)僅取決于其氨基酸序列 [4]。這被稱為安芬森法則(Anfinsen’s dogma),也被稱為蛋白質(zhì)折疊的熱力學(xué)猜想(thermodynamic hypothesis)。
安芬森法則是今日蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的計(jì)算預(yù)測(cè)的基石,說(shuō)是公設(shè)也可以,是不容置疑的、需要提前承認(rèn)的法則——在此公設(shè)框架下進(jìn)行計(jì)算預(yù)測(cè)。
安芬森本人是基于對(duì)核糖核酸酶(ribonuclease A)的研究做出上述假說(shuō)的。他觀察到,令純化的有生理活性的酶變性以至于其多肽長(zhǎng)鏈打開(kāi)(unfold),之后通過(guò)稀釋溶液降低變性劑濃度,已經(jīng)去折疊的蛋白會(huì)自發(fā)地重新獲得酶活性。這表明,酶自發(fā)地、正確地折疊回去了,即,酶的氨基酸序列足以特異性地決定其三維結(jié)構(gòu)以及酶活功能。
更明白地說(shuō),酶的折疊不需要其它蛋白質(zhì)的協(xié)助,也無(wú)需輸入額外的能量(如ATP)。
如此簡(jiǎn)潔、明白、優(yōu)美的物理理解在當(dāng)時(shí)并不容易被接受,甚至可謂石破天驚。多年后本文的另一位主人公——亞瑟·霍里奇回憶 [5],“安芬森得諾獎(jiǎng)時(shí),自己與實(shí)驗(yàn)室的組員連著討論了好多天,簡(jiǎn)直讓人驚呆了,安芬森真膽大包天啊,怎么會(huì)期待讓變了性的蛋白再折疊回去、恢復(fù)功能?”
當(dāng)然安芬森法則所描述的折疊發(fā)生于所謂 in vitro(體外)實(shí)驗(yàn)條件下。在細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)折疊,即 in vivo(體內(nèi)),即使基本法則不變,情況也復(fù)雜得多得多。
大家可以想象:一個(gè)接一個(gè)的氨基酸在蛋白質(zhì)的制造工廠 —— 核糖體內(nèi)被綴鏈到一起,生成一個(gè)新的蛋白;這個(gè)新蛋白,猶如一段擠出來(lái)的牙膏,離開(kāi)核糖體,進(jìn)入細(xì)胞質(zhì)(cytosol)。這個(gè)還沒(méi)有折疊的蛋白質(zhì)長(zhǎng)鏈上的一些氨基酸殘基又油又黏,另一些則又潤(rùn)又滑。油膩的殘基傾向于聚合而包埋到蛋白質(zhì)內(nèi)部,水潤(rùn)的殘基傾向于暴露朝外,與外部水溶液接觸。
現(xiàn)在問(wèn)題來(lái)了:細(xì)胞內(nèi)非常擁擠,充滿了各種折疊的、半折疊的、未折疊、甚至錯(cuò)誤折疊的蛋白質(zhì)分子,如何能保證自己的折疊不受旁邊分子的干擾呢?
發(fā)現(xiàn)折疊酶
自60年代安芬森提出蛋白質(zhì)折疊的熱力學(xué)假說(shuō),近30年間,基石般的法則左右了整個(gè)生物學(xué)界對(duì)待蛋白質(zhì)折疊問(wèn)題的態(tài)度。哈特爾回憶 [5],“細(xì)胞生物學(xué)家就是對(duì)蛋白質(zhì)折疊不感興趣,這是研究試管里蛋白質(zhì)自發(fā)反應(yīng)的生物物理學(xué)家和生物化學(xué)家的領(lǐng)域?!?/span>
直到80年代末,兩位年輕人的科研軌跡相互交叉。
年齡稍大的霍里奇結(jié)束兒醫(yī)住院醫(yī)師訓(xùn)練后回到耶魯大學(xué),加入了醫(yī)學(xué)院院長(zhǎng)里昂·羅森博格(Leon Emanuel Rosenberg,1933-)的課題組。仍然對(duì)蛋白折疊心心念念的霍里奇希望能挑一個(gè)兒科病,結(jié)合當(dāng)時(shí)已有的DNA重組技術(shù),從分子生物學(xué)角度闡明它的致病機(jī)理。他瞄上的是一種罕見(jiàn)的X染色體遺傳?。?/span>鳥(niǎo)胺酸氨甲?;D(zhuǎn)移酶(ornithine transcarboxylase deficiency,OTC)缺乏癥。OTC是一種線粒體酶。遺傳有這種致命疾病的新生兒不能正常代謝尿素,血氨增高。
霍里奇研究發(fā)現(xiàn) OTC 在細(xì)胞溶膠內(nèi)合成,然而必須要進(jìn)入線粒體,才能發(fā)揮功能。利用酵母作為載體篩查人體酶的基因突變,他發(fā)現(xiàn)一種特殊的酵母突變體能夠?qū)CT運(yùn)輸入線粒體,但是OTC卻沒(méi)有酶活。那么這時(shí)可能有兩種情況:(1)OTC其實(shí)沒(méi)有真正進(jìn)入線粒體;(2)OTC進(jìn)入了線粒體,但沒(méi)有正確折疊,因而無(wú)法發(fā)揮催化功能。
話分兩頭。此時(shí)大西洋的另一邊,哈特爾剛剛開(kāi)始研究蛋白質(zhì)在細(xì)胞內(nèi)的輸運(yùn),特別是蛋白質(zhì)如何進(jìn)入線粒體。在研究過(guò)程中,哈特爾認(rèn)識(shí)到,蛋白質(zhì)必須先打開(kāi),進(jìn)入線粒體之后再重新折疊功能狀態(tài)?!?這可不巧了嘛,霍里奇和哈特爾的研究互補(bǔ)了!
蛋白質(zhì)進(jìn)入線粒體示意圖[6]
1988年,哈特爾的導(dǎo)師諾佩特給霍里奇打了一個(gè)越洋電話?;衾锲鎺缀醴畔码娫捑腿ベI(mǎi)了飛往慕尼黑的機(jī)票。[5]
面對(duì)霍里奇帶來(lái)的結(jié)果,諾佩特和學(xué)生們盡管感到很興奮,卻依舊保持懷疑 —— 如果要證明存在一種輔助OTC折疊的蛋白質(zhì),必須要證明 OTC 完全進(jìn)入了線粒體,因?yàn)镺TC可能在穿過(guò)線粒體膜的過(guò)程中“卡住”,而這種情況下呈打開(kāi)狀態(tài)的OTC可能會(huì)被從中切斷而失去活性?!?這時(shí),哈特爾主動(dòng)請(qǐng)纓,自己來(lái)做這個(gè)實(shí)驗(yàn)。
僅僅幾周,哈特爾就做出實(shí)驗(yàn)結(jié)果—— OTC的確完全進(jìn)入了線粒體。這意味著,線粒體內(nèi)確實(shí)存在一種折疊酶(foldase)。哈特爾、霍里奇以及諾佩特等人于1989年在 《自然》上發(fā)表了兩篇標(biāo)志性論文 [7-8]:安芬森法則統(tǒng)治蛋白質(zhì)折疊的時(shí)代結(jié)束了。
哈特爾在32歲用了幾個(gè)星期做出了讓他在日后蜚聲科學(xué)界的工作。
文獻(xiàn) [7] 證明一種名為hsp60的線粒體內(nèi)的熱休克蛋白在進(jìn)入線粒體的蛋白的組裝過(guò)程中起關(guān)鍵作用。因?yàn)?hsp60 符合約翰·埃利斯(John Ellis)在1987年對(duì) “分子伴侶”(molecular chaperone)的定義,所以被歸納為一種分子伴侶蛋白。[9] 這篇論文的首作者鄭明媛(CHENG Ming Y.,右上角)是霍里奇的最早的研究生之一, 現(xiàn)已從臺(tái)灣省國(guó)立陽(yáng)明大學(xué)生命科學(xué)系暨基因體科學(xué)研究所退休?;衾锲嫘稳菟秊?/span> “無(wú)所畏懼的實(shí)驗(yàn)學(xué)家”。[10-11]
文獻(xiàn) [8] 則進(jìn)一步證明線粒體內(nèi)的蛋白質(zhì)折疊必須要hsp60,并且消耗ATP水解的能量。
分子伴侶:熱休克蛋白
哈特爾和霍里奇一同榮獲過(guò)許多獎(jiǎng)項(xiàng),包括2011年的拉斯克基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究獎(jiǎng)。荷蘭遺傳學(xué)細(xì)胞生物學(xué)家、洛克菲勒大學(xué)教授蒂蒂亞·德朗厄(Titia de Lange)是二人獲得拉斯克獎(jiǎng)的現(xiàn)場(chǎng)介紹人。
德朗厄在介紹二人獲獎(jiǎng)工作時(shí)做了一段很精妙的比喻,來(lái)說(shuō)明熱休克蛋白hsp60的功能:
“Hsp60體系像一座監(jiān)獄能夠?qū)⒌鞍踪|(zhì)囚禁在單人牢房—— 這就像是美國(guó)的監(jiān)禁制度(American penal system),只是去掉了無(wú)人道的(inhumane)部分,并且更加高效。Hsp60形如圓桶,抓住去折疊蛋白分子的黏性部分,將之拽入桶內(nèi),并關(guān)閉桶蓋。此時(shí)陷入hsp60的蛋白分子嘗試各種姿態(tài)構(gòu)象進(jìn)行折疊,而不必碰撞其它蛋白質(zhì)分子。Hsp60的桶壁高度帶電。蛋白質(zhì)分子被關(guān)押在桶內(nèi)約10秒,可以想象,它在此過(guò)程中掙扎、扭動(dòng),碰撞墻壁,直至桶門(mén)打開(kāi)。越獄犯可能完成了正確折疊,成為了細(xì)胞內(nèi)茫茫蛋白中的一位好好公民,也可能還沒(méi)有完成折疊。那么這樣的累犯會(huì)迅速被捕獲、押解入另一個(gè)囚籠。這個(gè)先擒后縱的過(guò)程可能往復(fù)十次,才最終令一條多肽鏈正確折疊,進(jìn)而獲得保釋?zhuān)试S出獄,如同一個(gè)模范公民,去履行自身的職責(zé),再也不與其它蛋白質(zhì)分子有非分接觸?!?/span>
“哈特爾和霍里奇的工作大大加深了我們對(duì)細(xì)胞生命功能的理解,在醫(yī)學(xué)、藥學(xué)方面有廣泛應(yīng)用。幾乎所有蛋白質(zhì)在其熟化(maturation)過(guò)程中都需要分子伴侶的某種形式的參與,而幾乎所有生命體都使用 “單獨(dú)囚禁” 的方式驅(qū)策它們的一部分蛋白正確折疊。分子伴侶-輔助的蛋白質(zhì)折疊給我們提供許多洞見(jiàn),以理解因蛋白變異而導(dǎo)致的疾病,如阿爾茨海默癥、帕金森癥、盧·賈里格癥(又稱肌萎縮性脊髓側(cè)索硬化癥、漸凍癥)等?!?/span> [6]
Hsp60-Hsp10 分子伴侶復(fù)合體功能示意圖[12]
哈特爾的學(xué)術(shù)家譜
筆者敘述科學(xué)家事跡有一個(gè)習(xí)慣:總免不了考察他的學(xué)術(shù)家譜。哈特爾是德國(guó)培養(yǎng)的科學(xué)家,在當(dāng)前美國(guó)的生命科學(xué)整體領(lǐng)先歐洲及東亞的大背景下,追索一下他的師承脈絡(luò),可能會(huì)給我們帶來(lái)一些有益的啟發(fā)。
哈特爾的學(xué)術(shù)生涯里先后有三位導(dǎo)師:博士導(dǎo)師、化學(xué)家、海德堡大學(xué)醫(yī)學(xué)院教授 Hans Schimassek,博后導(dǎo)師、細(xì)胞生物學(xué)家、慕尼黑大學(xué)教授瓦爾特·諾佩特,博后導(dǎo)師、生物化學(xué)家、達(dá)特茅斯學(xué)院教授威廉姆·維克納(William T. Wickner)[12]。
哈特爾曾自述在諾佩特教授處的經(jīng)歷是其人生重大轉(zhuǎn)折,那么我們重點(diǎn)攀著諾佩特的師承譜系樹(shù)上行看一看。
筆者根據(jù) academictree.org、維基百科、nobelprize.org 等網(wǎng)站整理,自最左諾佩特向右顯示了學(xué)術(shù)代際繼承關(guān)系,黑色箭頭附近的紅色字體表明導(dǎo)師與學(xué)生的具體關(guān)系以及前者指導(dǎo)后者的時(shí)間。每位科學(xué)家所屬的主要領(lǐng)域?qū)懺谄渖淠晗路?。特別地,我用藍(lán)色字體標(biāo)出學(xué)生在導(dǎo)師處的主要研究方向;例如,諾佩特在其博士導(dǎo)師西奧多·布夏(Theodor Bücher)處的主要工作是研究線粒體的形成與形態(tài)。[13]
這張圖展現(xiàn)的7位科學(xué)家中,有幾位的名字格外響亮。
奧托·海因里希·瓦爾堡(Otto Heinrich Warburg)因?yàn)槠鋵?duì)呼吸酶的發(fā)現(xiàn)和研究而榮獲1931年諾貝爾生理學(xué)醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)。
赫爾曼·埃米爾·費(fèi)歇爾(Hermann Emil Fischer)因?yàn)槠鋵?duì)嘌呤和糖類(lèi)的合成而榮獲1902年諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng),但他更出名的是以其名字命名的費(fèi)歇爾投影式(Fischer projection),本科有機(jī)化學(xué)課必講內(nèi)容。
奧古斯特·凱庫(kù)勒(August Kekulé)可能更著名一些,畢竟苯環(huán)的凱庫(kù)勒式(Kekulé structure)進(jìn)入的是高中課本,甚至他的夢(mèng)(Kekulé's dream)—— 因?yàn)閴?mèng)見(jiàn)頭尾相銜的蛇(ouroboros)而想出了苦苦思索的苯環(huán)結(jié)構(gòu),都進(jìn)入了高中教材。
阿道夫·馮·拜爾(Adolf von Baeyer)因?yàn)楹铣?/span>靛藍(lán)(indigo)而榮獲1905年諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng),落后于他的博士生費(fèi)歇爾,沒(méi)辦法學(xué)生太優(yōu)秀了;他還發(fā)現(xiàn)了酚酞,進(jìn)入了初中教材。
我們可以看到,費(fèi)歇爾→瓦爾堡→布夏→諾佩特→哈特爾,他們的研究一脈相承,漸次推進(jìn),非常連貫。瓦爾堡在博士期間細(xì)致地研究多肽分子在與呼吸有關(guān)的氧化反應(yīng)中發(fā)揮的作用和代謝機(jī)理,并且由于自己的醫(yī)學(xué)背景,使得布夏在博士期間致力于理解血紅蛋白的氧化還原反應(yīng);進(jìn)而,當(dāng)諾佩特開(kāi)始讀博,研究細(xì)胞呼吸作用的線粒體如何形成、如何功能則成為當(dāng)時(shí)細(xì)胞生物學(xué)的研究焦點(diǎn);接著,哈特爾恰逢其會(huì)地由對(duì)線粒體輸運(yùn)蛋白的研究發(fā)現(xiàn)分子伴侶。順理成章。
制版編輯 | 盧卡斯