諾獎得主解讀蛋白質(zhì):你我身體不斷被更新,為何又會衰老呢?
目前,該合集收錄以下文章:
《我們?nèi)绾握业阶约旱穆??大腦里的網(wǎng)格細胞》 – 2014年諾貝爾生理或醫(yī)學獎得主,邁-布里特·莫澤(May-Britt Moser)
《為生物學服務(wù)的計算機模擬技術(shù)》 – 2013年諾貝爾化學獎得主,邁克爾?萊維特(Michael Levitt)
《準晶體,而非準科學家》 – 2011年諾貝爾化學獎得主,達尼埃爾·謝赫特曼(Dan Shechtman)
《生命的轉(zhuǎn)錄:從DNA到RNA》 - 2006年諾貝爾化學獎得主,羅杰·科恩伯格(Roger D. Kornberg)
《蛋白質(zhì)的靶向降解:泛素系統(tǒng)》 – 2004年諾貝爾化學獎得主,阿龍·西查諾瓦(Aaron Ciechanover)
和所有在FYM發(fā)表的文章一樣,五位諾貝爾獎得主作者們同樣需要用孩子的語言對文章進行改寫,隨后由8-15歲的青少年審稿人出具審稿報告,通過后文章才可以發(fā)表,以確保文章易于理解并有趣。
來自瑞士的一位13歲的青少年審稿人分享了他的看法:“我對科學非常感興趣,能審核來自真正的科學家的稿件,這件事情真的很有意思! 許多論文向兒童闡述了一些危險的疾病,我認為這些信息太重要了!”
該合集的作者之一,2004年諾貝爾化學獎得主Aaron Ciechanover說:“獎項與認可不是人們追求的最終目標,把知識傳遞到世界各地并造福人類,才是作為科學家的偉大成就。我從小就喜歡閱讀科學知識,我想在那個時候,我心里就埋下了科學好奇心的種子?!?/span>
蛋白質(zhì)的靶向降解:泛素系統(tǒng)
作者
于茗騫
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無論是人類,還是地球上萬千品類的動植物,一切生命活動的引擎就是蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)不但組成身體器官(如骨骼、肌肉和皮膚),還執(zhí)行各項生理功能,包括消化(處理攝入的食物并將其轉(zhuǎn)換為人體可利用的能量)、運動和感覺能力(視覺和聽覺)、通過免疫系統(tǒng)保護機體免受外來病原的侵襲(機體所產(chǎn)生的抗體也是一種蛋白質(zhì))。
蛋白質(zhì)如此重要,它又從何而來?我們可以把蛋白質(zhì)分子比作字母文字系統(tǒng)中的單詞。希伯來語的字母表有26個字母,它們可以組成無數(shù)長長短短的單詞。但在寫作時,我們只使用這些無盡的字母組合中的一部分,這些真正的單詞的長度通常在3至8個字母之間。
用來“拼寫”蛋白質(zhì)的生物“字母表”則由20種被稱為氨基酸的“字母”組成,這20種氨基酸便是組成機體的蛋白質(zhì)大分子的基本單元,在DNA的指導(dǎo)下以特定的順序排成長鏈,就形成了蛋白質(zhì)。不過,和任何語言的單詞不同,蛋白質(zhì)通常由多達數(shù)以百計的氨基酸單元組成。
蛋白質(zhì)極長的長度和化學的組成使其對許多因素都非常敏感。高溫、輻射以及化學品等因素可以破壞蛋白質(zhì)、改變它們的脆弱結(jié)構(gòu),進而影響到它們的功能。當?shù)鞍踪|(zhì)被破壞,或者當它們已經(jīng)完成所執(zhí)行的功能而不再被機體所需要,蛋白質(zhì)就會被機體分解。
我和我的博士導(dǎo)師Avram Hershko教授及合作者,費城Fox Chase癌癥中心的Irwin Rose教授,一同發(fā)現(xiàn)了細胞中蛋白質(zhì)靶向降解的機理。這種降解過程能夠識別出受到損傷的、或是不再被細胞需要的蛋白質(zhì)分子,而不去干擾那些完好的、能夠正常工作的蛋白質(zhì)分子。這個機制就叫做蛋白質(zhì)降解的泛素系統(tǒng)(ubiquitin system),以其中最重要的、也是最先發(fā)現(xiàn)的分子——泛素(ubiquitin)而命名。
泛素的作用是識別、標記出細胞中待降解的蛋白質(zhì)分子,以便于細胞的“粉碎機”能夠辨認出它們,進而將其分解,從而保證細胞的正常工作。在本文中,我們將對蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)降解的泛素系統(tǒng)進行介紹,關(guān)于后者的研究使我們有幸獲得了2004年諾貝爾化學獎等殊榮。
蛋白質(zhì)(protein)是生命的基本分子,由被稱為氨基酸(amino acid)的單元組成。在人類與其它動植物的體內(nèi),所有的蛋白質(zhì)都由20種氨基酸所組成。不妨把氨基酸分子想象為珠子,一顆顆珠子連在一起形成一條珠串。
這條氨基酸“項鏈”便是蛋白質(zhì)最基本的結(jié)構(gòu),叫做蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)(圖1A)。當這條“項鏈”發(fā)生盤曲和折疊,就產(chǎn)生了更加復(fù)雜的二級結(jié)構(gòu),最常見的有α螺旋和片層狀的β折疊(圖1B)。二級結(jié)構(gòu)的進一步折疊組合,形成的三維形態(tài)則稱為蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)(圖1C)。
到這里,一個能夠在細胞內(nèi)行使功能的蛋白質(zhì)分子就成型了。最后,當至少兩個蛋白質(zhì)分子靠近并發(fā)生相互作用,它們就構(gòu)成了蛋白質(zhì)的四級結(jié)構(gòu)。

圖1. 蛋白質(zhì)的四級結(jié)構(gòu)(來源:維基百科)
需要提到的是,當我們攝入蛋白質(zhì),例如雞蛋、奶酪或肉類,我們的身體是無法吸收鏈狀的蛋白質(zhì)分子的。這是因為,在這樣的狀態(tài)下,這些蛋白質(zhì)對于人體來說就像外來的入侵者,可能觸發(fā)免疫反應(yīng)。不過,我們的消化系統(tǒng)能夠把蛋白質(zhì)從復(fù)雜的結(jié)構(gòu)分解為原本組成它們的氨基酸分子,變成人體能夠吸收和利用的營養(yǎng)成分,用來制造所需的新蛋白質(zhì)。
在人體中,約有2.5萬種不同的蛋白質(zhì)存在,組成人體的每一個細胞中都有數(shù)以百萬計的蛋白質(zhì)分子。負責執(zhí)行如生產(chǎn)能量等基礎(chǔ)功能的蛋白質(zhì)存在于所有的細胞中,而其它具有特殊功能的蛋白質(zhì)則僅存在于特定的組織細胞中,例如眼睛里的感光蛋白。所有的蛋白質(zhì)有序分工、相互協(xié)作,共同演奏一首奇妙的生命交響曲。
這首生命交響曲的美妙之處就在于,蛋白質(zhì)“演奏者”們不需要指揮家的號令和引導(dǎo),每一個蛋白質(zhì)分子對自己的“樂譜”都了如指掌,每時每刻都各司其職。這些職務(wù)的大部分是自然發(fā)生的,如心臟的搏動、肺臟內(nèi)的氣體交換、腎臟中的過濾作用、消化道里的消化過程,甚至身體的姿態(tài)和走路的動作。我們所主動控制的行為,如思考、說話和寫作,只占我們生命活動的一小部分。
蛋白質(zhì)在我們體內(nèi)執(zhí)行著多種多樣的任務(wù)(圖2),讓我們來看一些例子。首先,我們的身體需要控制肌肉伸縮才能做出動作。不過是什么使肌肉發(fā)生伸縮呢?完成這項任務(wù)的是肌肉細胞中的兩種蛋白質(zhì),分別叫做肌動蛋白(actin)和肌球蛋白(myosin)。
兩種蛋白形成的纖維絲在肌肉細胞里交替排列,就像相互咬合的齒輪,能夠做對向運動:肌球蛋白形如豆芽的“頭部”可以向肌動蛋白伸出,當它與肌動蛋白結(jié)合,肌球蛋白的“頭部”就會把肌動蛋白往回拉。每條肌球蛋白絲的兩端都有一些肌動蛋白絲在附近,而肌球蛋白絲兩端的“頭部”都能夠?qū)⒓拥鞍捉z往中間拉動。
當肌肉中許許多多的肌球蛋白“頭部”同時把周圍的肌動蛋白絲拉向中間,肌肉就發(fā)生了收縮(在這個視頻片段中,可以看到一個展示肌動蛋白和肌球蛋白對向運動的動畫)。
讓我們來看看另一個例子——呼吸。你是否想過我們?yōu)槭裁疵繒r每刻都要呼吸呢?
呼吸其實是為了讓我們的身體能夠產(chǎn)生能量,來完成各種各樣的生理活動。吸氣時,我們從空氣中獲取氧氣,并通過血液循環(huán)將氧氣送到身體各處的組織,供體內(nèi)的細胞使用。當細胞利用氧氣制造能量,一些代謝的廢物也同時產(chǎn)生,其中包括二氧化碳。呼氣時,二氧化碳就隨之排出體外,保證廢物不會在體內(nèi)積累。
氧氣的二氧化碳在我們?nèi)梭w內(nèi)的運輸都依靠一種重要的蛋白質(zhì),這種蛋白質(zhì)就是血紅蛋白(hemoglobin;圖2)。血紅蛋白大量存在于紅細胞中,是我們的血液呈紅色的原因。
人體的免疫系統(tǒng)保護我們免受感染與疾病之苦。在免疫系統(tǒng)保衛(wèi)人體的過程中,我們也會看到蛋白質(zhì)大顯身手,這里涉及到的蛋白質(zhì)叫做抗體(antibody;圖2)。抗體蛋白自身可與入侵的細菌、病毒結(jié)合,中和這些不速之客的毒性,并促使它們被免疫系統(tǒng)消滅。當我們生病時,身體會產(chǎn)生抗體來對抗使我們產(chǎn)生不適的病原;另一個促進身體產(chǎn)生抗體的辦法就是接種疫苗。
針對一種疾病的疫苗可以由已經(jīng)被殺死或大大削弱的該種病原配制而成,它不會使人患上這種疾病,但仍然能夠讓免疫系統(tǒng)產(chǎn)生對抗這種疾病的抗體。接種疫苗后,如果導(dǎo)致這種疾病的細菌或病毒再來入侵我們的身體,體內(nèi)已經(jīng)存在的抗體就會立刻派上用場,快速消滅掉這些威脅人體健康的罪魁禍首。
抗體的作用在今天更顯重要,因為我們正寄希望于它能夠保護我們于新冠疫情之中,不管這抗體是因為我們不幸患病而產(chǎn)生的,還是因為接種疫苗而產(chǎn)生的——希望對你我而言,都是后者。

圖2. 蛋白質(zhì)在生物體內(nèi)的一些作用舉例
左起順時針,分別為:眼睛中一種叫做視紫紅質(zhì)(rhodopsin)的感光蛋白質(zhì)使我們在低亮度的條件下也能看清東西。由胰腺分泌的一種激素蛋白質(zhì)——胰島素(insulin),負責調(diào)節(jié)血液中的血糖水平。免疫系統(tǒng)產(chǎn)生的抗體蛋白質(zhì)(antibody)幫助中和外來的病原體。紅細胞中的血紅蛋白(hemoglobin)將氧氣運送到人體各處的細胞中。綠色植物、藍細菌和一些其它自養(yǎng)生物中的1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶(RuBisCo)催化碳元素的固定,幫助把空氣中的二氧化碳轉(zhuǎn)化成有機物,可能是地球上含量最多的蛋白質(zhì)。生物細胞中的鐵蛋白(ferritin)與鐵結(jié)合,負責儲存鐵元素以備使用,其缺乏可導(dǎo)致人和動物的貧血。除此之外,蜘蛛結(jié)網(wǎng)時分泌出的蛛絲,也是由蛋白質(zhì)組成的。
看到這里,想必你已經(jīng)了解了生物體中多種多樣的蛋白質(zhì),以及它們各自的重要分工。蛋白質(zhì)如此不可或缺,它們卻有一個嚴重的短處——蛋白質(zhì)太敏感了,很容易受到破壞,而這些破壞往往是不可逆的。舉個例子,煮熟的雞蛋不會變回加熱前的生蛋。即使放回冰箱里冷藏再久,熟蛋還是熟蛋。

圖3. 食物中的蛋白質(zhì)在室溫和更高的溫度下會被破壞
這是因為食物中的蛋白質(zhì)在室溫或更高的溫度下,如烹飪的高溫,會被破壞。我們已經(jīng)說過,蛋白質(zhì)的氨基酸鏈會盤曲折疊成復(fù)雜的空間結(jié)構(gòu),但是,當?shù)鞍踪|(zhì)受熱,使維持其三維結(jié)構(gòu)的那些較弱的化學鍵變得更不穩(wěn)定,導(dǎo)致蛋白質(zhì)失去原本的形態(tài)而變得混亂不堪。這就好比一個原來纏得好好的毛線球,被散開之后變得亂成一團。
在這種混亂的狀態(tài)下,蛋白質(zhì)也無法再保有原來的功能。這個過程就叫做蛋白質(zhì)的變性。除了高溫之外,蛋白質(zhì)的變性還可以由放射線或紫外線照射、或接觸其它化學物質(zhì)(如空氣中的氧氣)所引起。這些因素都可以破壞蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),使其變性而停止執(zhí)行它們的生理功能。
除了這些受損變性的蛋白質(zhì),還存在很多只在特定的時候才發(fā)揮作用的蛋白質(zhì),例如細胞分裂的過程中。細胞分裂是細胞生命周期中的一步,需要細胞做好萬全的準備,在特定的時刻才會發(fā)生。細胞分裂的結(jié)果是兩個新細胞的誕生,并且,當一個細胞死亡時,剩下的那個細胞會再分裂一次來補上它的位置。
可想而知,細胞的分裂不是隨隨便便就發(fā)生的,并且也確實如此:細胞的分裂由一些特定的蛋白質(zhì)調(diào)節(jié),我們暫且稱之為“分裂加速劑”和“分裂抑制劑”。當一次分裂過程完成,產(chǎn)生的新細胞不需要這些“分裂加速劑”,它們就會被分解,取而代之的就是“分裂抑制劑”。
這兩類蛋白質(zhì)的規(guī)律合成和分解對細胞維持正常的工作狀態(tài)非常重要。舉個例子,如果“分裂加速劑”被留在了細胞內(nèi),細胞就會繼續(xù)不受控制地一直分裂,可能導(dǎo)致如癌癥等的疾病。
因此,較高的溫度、與空氣中氧氣的接觸、其它有害化學物質(zhì)的影響或輻射的照射,都能導(dǎo)致組成我們身體的蛋白質(zhì)受損。
需要提到的是,一些會使蛋白質(zhì)承擔受損風險的因素,同時也是我們維持生命的重要條件。攝氏三十六七度對于蛋白質(zhì)來說是使其結(jié)構(gòu)變得不穩(wěn)定的高溫,但人類需要維持這樣的體溫以保證體內(nèi)所有化學反應(yīng)的正常進行。氧氣較強的氧化性可能使蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)發(fā)生改變,但沒有了氧氣,我們的生命也將不復(fù)存在。生物的演化不得不面對這樣的悖論。
為了平衡利弊,生命在遵循自然規(guī)律的同時,演化出一套獨特的機制,使細胞能夠?qū)λ牡鞍踪|(zhì)進行質(zhì)量檢驗,找出壞掉的蛋白質(zhì)并分解掉。隨著新的蛋白質(zhì)不斷被細胞制造出來,環(huán)境條件對蛋白質(zhì)的損傷就被這個質(zhì)檢機制中和了,生命也得以有序地延續(xù)。這與修理和治療一次車禍造成的傷害不同,事故或許可以避免,但只要生命在繼續(xù),蛋白質(zhì)的損傷就會不斷發(fā)生,也會不斷被細胞的質(zhì)檢機制修正。簡而言之,這就是蛋白質(zhì)的不破不立哲學。
這樣的自身質(zhì)檢機制在生物體中可以找到很多,它們保護生物體內(nèi)如DNA等的許多重要的組成成分不受到損傷的影響。對于某一種成分,往往還能夠找到多種不同的質(zhì)檢機制,能夠互相補充,提供多層保護,也從側(cè)面說明了這些組成成分對于生物體的重要性以及保護它們免受環(huán)境影響的意義。接下來,我會向你介紹這些質(zhì)檢機制中的一種,負責找出細胞中受損或不再被需要的蛋白質(zhì)并將其降解,以避免這些蛋白質(zhì)累積而對細胞造成不良的影響。
當?shù)鞍踪|(zhì)受損或已經(jīng)完成在細胞內(nèi)的任務(wù)而不再被需要時,它們?nèi)绻^續(xù)在細胞中存在并累積起來,就可能會對細胞造成傷害。那么,生物體是如何處理這個問題的呢?
簡單地說,生物體會把這些蛋白質(zhì)降解為其基本的組成單元——氨基酸。在人體中,蛋白質(zhì)降解更新的速率其實快得驚人:每天有約6-7%的多種蛋白質(zhì)被降解,并且準確無誤地被(在DNA和RNA的指導(dǎo)下)新合成的蛋白質(zhì)所替換。這意味著,除了少數(shù)非常穩(wěn)定的蛋白質(zhì)之外,我們體內(nèi)的絕大部分蛋白質(zhì)會在平均短短一兩個月的時間內(nèi)被更新一遍。
注意剛剛的“平均”二字——不同種類的蛋白質(zhì)的更新速率是各不相同的。有些蛋白質(zhì)非?!岸堂?,每小時就要被更新好幾輪;也有些蛋白質(zhì)非?!伴L壽”,比如前面提到的血紅蛋白,幾個月才會被更新一次。
這就引來一個有趣的問題:如果你我體內(nèi)所有的蛋白質(zhì)和兩個月之前完全不是同一套了,那我們還是以前的“我們”嗎?記憶、情感和天賦,這些人類的“軟件”,是如何在全套“硬件”被逐漸翻新的時候被延續(xù)下來的?另一個問題是,既然我們的身體在不斷地被更新,我們又為何會衰老呢?
對于這些令人入迷的問題,我們至今還沒有答案。不過,在尋找答案的路上,我們已經(jīng)知道細胞中負責找出并降解那些受損和多余蛋白質(zhì)的質(zhì)檢系統(tǒng)如何工作。這個系統(tǒng)就叫做蛋白質(zhì)靶向降解的泛素系統(tǒng)(ubiquitin system)。
蛋白質(zhì)的正確降解具有非常重要的意義,因為一旦這個系統(tǒng)失靈,人體就會患上疾病。阿爾茲海默癥(Alzheimer’s disease)就是一個例子。在阿爾茲海默癥患者的大腦中,有些本應(yīng)當被降解掉的蛋白質(zhì)無法被降解而積存下來,最終導(dǎo)致大腦的萎縮及認知功能和記憶的喪失。
帕金森癥(Parkinson’s disease)的發(fā)病也是類似的原理。而當編碼蛋白質(zhì)的基因發(fā)生突變,所指導(dǎo)合成的異常蛋白質(zhì)不能被細胞降解時,這還有可能導(dǎo)致細胞癌變和惡性腫瘤的形成。
因此,理解生物體中蛋白質(zhì)降解的機制,就有可能促進我們開發(fā)出藥物,通過恢復(fù)蛋白質(zhì)降解系統(tǒng)的正常功能,來治療如阿爾茲海默癥等疾病。對機制的理解也會使通過人為干擾蛋白質(zhì)降解系統(tǒng)而治療疾病成為可能,比如多發(fā)性骨髓瘤(multiple myeloma)的治療。
這種疾病由骨髓中負責制造抗體的細胞發(fā)生失控的分裂增殖而導(dǎo)致,加速的細胞分裂使骨骼結(jié)構(gòu)受損,發(fā)生骨裂;也會抑制骨髓中其它造血細胞的正常分裂,降低紅細胞和白細胞數(shù)量,使血液結(jié)合和運輸氧氣的能力被削弱,造成患者呼吸困難,還增加患者發(fā)生感染的幾率。
通過干擾這些失控細胞中的蛋白質(zhì)降解系統(tǒng),使對抗和消滅這些異常細胞的抗體蛋白的降解受到抑制,我們就能夠延緩病情的發(fā)展。在下一部分中,我們會看到更多多發(fā)性骨髓瘤的病理細節(jié)和它的治療方法。
上回說到,生物體內(nèi)蛋白質(zhì)的降解是有其必要的原因的,這些原因有三。
其一是為了保證體內(nèi)蛋白質(zhì)的質(zhì)量,換句話說,就是要通過降解來及時清除掉那些出了問題的蛋白質(zhì),這些蛋白質(zhì)因為變性或者受到其它因素的破壞而不能再行使它們的功能。
其二是為了調(diào)節(jié)生物體的一些生理過程,具體來說,是指促進或抑制那些依賴蛋白質(zhì)功能而實現(xiàn)的生理過程,例如細胞的分裂。
其三,也是最后,蛋白質(zhì)適時的降解還是為了保證生物能夠進行準確無誤的組織分化,這對于發(fā)育有著非常重要的意義。作為胚胎發(fā)育的一部分,胚胎細胞需要逐步分化成各個類型的細胞,如腦細胞、胰腺細胞、肌肉細胞等等,以構(gòu)成生物體的不同組織和器官。每種組織各由特定的一些蛋白質(zhì)構(gòu)成,而不是都含有生物體中全部種類的蛋白質(zhì)。因此,在細胞分化的過程中,為了確保分化的準確性,蛋白質(zhì)的降解是必要的。
那么,生物體如何分辨出那些功能受損和不再需要的蛋白質(zhì)呢?進一步講,在這些需要被降解的蛋白質(zhì)分子被區(qū)分出來之后,它們又是如何被一步步分解的呢?
原來,所有需要被降解的蛋白質(zhì)都是被細胞辨認出來的,這些蛋白質(zhì)會經(jīng)過一個標記的過程,如同被打上了一個“死亡之吻”。它們是怎樣被標記出來的呢?一個猜測是,如果蛋白質(zhì)分子發(fā)生變性,它的結(jié)構(gòu)被改變,一些通常不會暴露出來的部分就會暴露在細胞環(huán)境中。這個標記系統(tǒng)可能可以識別出蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的這些非正常暴露,從而標記出這些壞掉的蛋白質(zhì)分子。
另一種可能是,當一個蛋白質(zhì)分子誤入變性的歧途,它會開始發(fā)生一些額外的變化,例如被加上一個磷酸分子,而這個過程引來了標記系統(tǒng)的“死亡之吻”。
有趣的是,在這個待降解蛋白質(zhì)的標記系統(tǒng)中,負責為蛋白質(zhì)獻上這致命一“吻”的也是一個蛋白質(zhì),叫做泛素(ubiquitin)。在標記過程的第一步中,待標記、降解的蛋白質(zhì)(圖4中黃色的目標蛋白)會與一個叫做E3泛素連接酶(ubiquitin ligase,圖4中粉色的部分)的蛋白質(zhì)結(jié)合,E3泛素連接酶之后再將目標的蛋白質(zhì)與泛素連接起來。
E3泛素連接酶多達一千種,它與目標蛋白之間的結(jié)合是獨特的,如同鑰匙和鎖的關(guān)系一樣。這個結(jié)合過程將目標蛋白固定住,讓泛素隨后的結(jié)合更加容易。

圖4. 標記待降解蛋白質(zhì)的泛素系統(tǒng)
泛素系統(tǒng)是一個負責標記出待降解蛋白質(zhì)(圖中的目標蛋白;P,磷酸基團)的復(fù)雜系統(tǒng)。這個系統(tǒng)由三種不同的蛋白質(zhì)組成:泛素活化酶E1(綠色),泛素載體蛋白E2(黃色),以及泛素連接酶E3(粉色)。酶如其名,泛素活化酶可以活化泛素分子(深綠色的UB),為標記目標蛋白做好準備;泛素載體蛋白將泛素分子運載到目標蛋白附近;泛素連接酶固定住目標蛋白,促進其與泛素的結(jié)合(有時,泛素分子會先被送到泛素連接酶上,然后才能與目標蛋白結(jié)合)。
三種蛋白質(zhì)對應(yīng)的三個步驟依次發(fā)生,一個緊接著上一個。一開始,只有一個泛素分子被連接到目標蛋白上。隨后,更多的泛素分子會繼續(xù)被逐一地添加上去,形成一條多聚泛素鏈。這條多聚泛素鏈便是標記出目標蛋白、告訴細胞需要讓“粉碎機”蛋白酶體前來降解該蛋白質(zhì)的關(guān)鍵。多聚泛素鏈的“死亡之吻”就像專門為死刑犯準備的囚服,讓人一眼就能看到犯人隨后的命運。
不過,就像犯人被處決前擁有提出申訴的權(quán)利,待降解的目標蛋白也有躲過一劫的機會:如果目標蛋白在被泛素系統(tǒng)標記的過程中恢復(fù)了正確的折疊結(jié)構(gòu),又能夠正常地執(zhí)行功能的話,去泛素蛋白就會來移除目標蛋白上的多聚泛素鏈,并將多聚泛素鏈分解為泛素分子,供細胞繼續(xù)使用。
在泛素遇到目標蛋白并獻上深情一“吻”之前,它需要經(jīng)過兩步活化(activation)過程。打個比方,這就像是打開一個手機應(yīng)用——應(yīng)用程序早已被安裝好,但只有當應(yīng)用被打開,它才開始活躍地運行。泛素的活化由一個代號為E1的活化酶(enzyme,本質(zhì)也是一種蛋白質(zhì);圖4左上)催化完成。
一旦經(jīng)過活化,泛素就會由一個代號為E2的載體蛋白運過來,和目標蛋白結(jié)合。E2泛素載體蛋白的種類也不少,有50種。活化的泛素在泛素連接酶的幫助下與目標蛋白結(jié)合(圖4下半部分),隨之會有更多的泛素逐一結(jié)合上來,形成一條泛素的長鏈,叫做多聚泛素鏈(polyubiquitin chain)。這條多聚泛素鏈就是告訴細胞來降解目標蛋白的“死亡之吻”。
等目標蛋白被多聚泛素鏈標記好,它就離自己的末日又近了一步。接下來,多聚泛素鏈與專門降解蛋白質(zhì)的蛋白酶體(proteosome)結(jié)合。和泛素一樣,蛋白酶體本身也是一種蛋白質(zhì)。細胞中的蛋白酶體就像一臺粉碎機,形狀如同一個上下開口的圓桶,專門負責把廢舊的蛋白質(zhì)拆解成其基本的組成單位——氨基酸。
降解過程的一開始,與蛋白酶體結(jié)合的多聚泛素鏈像膠水一樣把目標蛋白固定在蛋白酶體“粉碎機”的入口(圖5右)。接下來,目標蛋白盤曲折疊的長鏈被解開,然后送進蛋白酶體頂部的入口處(圖5中)。隨著目標蛋白的長鏈穿過蛋白酶體的“桶身”,它就被降解為一個個氨基酸分子,從底端的出口離開(圖5左),被細胞回收利用,合成新的蛋白質(zhì)。

圖5. 被泛素標記的目標蛋白的降解過程
目標蛋白被標記后,會被一個叫做蛋白酶體(圖中的藍色物體)的蛋白質(zhì)復(fù)合體降解。蛋白酶體的結(jié)構(gòu)大致像一個中空的圓柱,上下開口,上端的入口用于接收待降解的蛋白質(zhì)長鏈,下端的出口用于釋放降解得到的氨基酸分子。
右:待降解的目標蛋白(黃色)被多聚泛素鏈(深綠色)標記,并通過多聚泛素鏈與蛋白酶體相連。
中:一些其它的酶將目標蛋白盤曲折疊的復(fù)雜結(jié)構(gòu)松解開,使其變成長鏈(黃色)并送入蛋白酶體的入口中。與此同時,去泛素蛋白將多聚泛素鏈分解,釋放出泛素分子進行回收利用。
左:蛋白酶體將去折疊化的目標蛋白長鏈分解為短的肽鏈(peptide),再繼續(xù)降解為蛋白質(zhì)基本單元的氨基酸分子(黃色片段)。
到此,我們已經(jīng)知道,一個蛋白質(zhì)分子要經(jīng)泛素系統(tǒng)被降解,需經(jīng)過兩個主要步驟:第一,目標蛋白被多聚泛素鏈標記;第二,多聚泛素鏈招募蛋白酶體前來將目標蛋白降解,所得的氨基酸被細胞回收再利用。降解完成后,組成多聚泛素鏈的泛素分子也會被循環(huán)使用,繼續(xù)用來標記其它待降解的蛋白質(zhì)。
泛素系統(tǒng)的過人之處就在于,從充滿了蛋白質(zhì)的細胞中識別出那些需要被降解的壞蛋白質(zhì)就如同大海撈針,但泛素系統(tǒng)總是能夠準確無誤地找到它們,標記出來,再交給蛋白酶體去降解,而從不動那些好蛋白質(zhì)的一根毫毛。
泛素系統(tǒng)能夠靶向降解蛋白質(zhì)的特性,讓它從其它的蛋白質(zhì)降解過程中脫穎而出。這些其它的降解方式不具有泛素系統(tǒng)的特異性,對所有蛋白質(zhì)一視同仁,囫圇吞下之后再消化一切,如細胞的溶酶體(lysosome)和自噬作用(autophagy)。
但這樣的降解方式也并不是一無是處:在長時間的饑餓狀態(tài)下,這些不加區(qū)分的降解方式幫助生物體使用儲存下來的養(yǎng)分,提供能量和合成其它大分子的原料。在生存的壓力下,降解的是何種蛋白質(zhì)就顯得不那么重要了:此時的生物體需要能量和基本原料,而任何蛋白質(zhì)都能提供這二者。
泛素系統(tǒng)因其自有的特異性,在細胞中具有與上不同的作用——它能夠分辨出需要被降解的那些蛋白質(zhì)并引導(dǎo)它們被準確地降解,而不是把其它正照常行使著重要功能的蛋白質(zhì)也一并塞進蛋白酶體。
當科學研究的成果使我們明白泛素系統(tǒng)的工作原理,知道它受到擾亂時會導(dǎo)致疾病的發(fā)生、且它的功能能夠被人為地調(diào)節(jié),就是時候把這些知識應(yīng)用到開發(fā)對應(yīng)泛素系統(tǒng)的醫(yī)學手段上了。
我們已經(jīng)知道人體中的蛋白質(zhì)具有很多重要的功能,并且它們的正常工作是得益于泛素系統(tǒng)的。但是在有些情況下,泛素系統(tǒng)也會發(fā)生故障,比如當有太多的蛋白質(zhì)需要被降解,導(dǎo)致泛素系統(tǒng)出現(xiàn)過載,或者當泛素系統(tǒng)的某個部分出了毛病(例如E2泛素載體蛋白或E3泛素連接酶發(fā)生了突變,等等)。當泛素系統(tǒng)無法正常工作,細胞內(nèi)的蛋白質(zhì)就會被降解得過多或過少,都會導(dǎo)致疾病的發(fā)生。
癌癥(cancer)就是一個重要的例子。我們體內(nèi)的細胞各有不同的分裂速度,有的幾天分裂一次,如消化系統(tǒng)內(nèi)壁的上皮細胞和骨髓中的造血干細胞;其它的一些,如腦細胞、肌肉細胞和脂肪細胞,一生都不會分裂;還有一些細胞,如骨和軟骨細胞,分裂的速度很慢。在癌變的組織中,癌細胞發(fā)生快速而不受控制的細胞分裂,形成腫瘤(tumor)。
當泛素系統(tǒng)出現(xiàn)故障,抑制細胞分裂的蛋白質(zhì)被過量地降解,或是促進細胞分裂的蛋白質(zhì)無法被降解,原本正常的細胞此時就會像脫韁的野馬一樣加速分裂,變成了癌細胞。但反過來說,癌癥的發(fā)生并不一定是細胞的泛素系統(tǒng)出了問題而導(dǎo)致的。
癌細胞其實非常“狡猾”,它們會“故意”制造促進細胞分裂的蛋白質(zhì),是泛素系統(tǒng)所不熟悉、從而無法被識別為需要被降解的蛋白質(zhì)。這種情況下,錯還是在于這些引發(fā)了癌變過程的蛋白質(zhì)。
目前,治療血液癌癥(尤其是在免疫系統(tǒng)中產(chǎn)生抗體的淋巴細胞發(fā)生的癌變,即多發(fā)性骨髓瘤)的藥物分為兩大類。
第一類叫做蛋白酶體抑制劑,作用是抑制由癌細胞所產(chǎn)生的抗體蛋白質(zhì)的降解。這些蛋白質(zhì)在癌細胞內(nèi)原本會經(jīng)泛素系統(tǒng)標記,而被蛋白酶體降解掉,但當?shù)鞍酌阁w的降解功能被抑制,積累得越來越多的抗體就會使癌細胞受到抑制而死亡。這類藥物的作用機制與例如化療的大部分抗癌藥物不同,因此可以與化療藥物同時使用,起到增益的效果。
第二類藥物含有一種能強行將致癌蛋白質(zhì)連在泛素連接酶上的蛋白質(zhì)分子,這種分子的一端與致癌蛋白質(zhì)結(jié)合,另一端則與泛素連接酶結(jié)合,這就為致癌蛋白質(zhì)引來了它們的“死亡之吻”——泛素連接酶盡職盡責地將泛素分子一個個連在致癌蛋白上,使致癌蛋白被送進蛋白酶體,降解為無害的氨基酸分子。
如今,這兩種藥物的使用已經(jīng)大幅提高了多發(fā)性骨髓瘤的治愈率。在以前,多發(fā)性骨髓瘤的患者在確診后兩年內(nèi)就會痛苦地死去。現(xiàn)在,多發(fā)性骨髓瘤在一些病例中已經(jīng)可以被完全治愈,在其它病例中也延長了患者的壽命,并減輕了痛苦、提高了患者的生活質(zhì)量。因此,我們對泛素系統(tǒng)的了解已經(jīng)并將繼續(xù)為開發(fā)挽救生命的藥物提供重要的理論基礎(chǔ)。
接下來,我想和你們分享一段挽救了一個生命也與我職業(yè)生涯有關(guān)的個人經(jīng)歷。2004年的12月,當我們研究團隊的一行人來到瑞典接受諾獎的榮譽,駐瑞的以色列大使和當?shù)鬲q太人群體的領(lǐng)導(dǎo)給我們開了一席慶功宴。當時正值光明節(jié),所以宴會不但祝賀我們獲此殊榮,也慶祝了猶太人的這個傳統(tǒng)節(jié)日。
大使為我們準備了一份“禮物”,這份“禮物”并不是一個包裝精美的禮盒,而是大使請出的一位瑞典人。在那的幾周前,這個人還躺在斯德哥爾摩一家醫(yī)院的病床上,受多發(fā)性骨髓瘤的病痛折磨,生命垂危。
他最后的希望是一種仍處在實驗階段的藥物,一種叫做萬珂(Velcade ?)的蛋白酶體抑制劑,正是以我們團隊對泛素系統(tǒng)的發(fā)現(xiàn)為基礎(chǔ)而在美國被開發(fā)出來的。在圖6中,你可以看到一位多發(fā)性骨髓瘤患者在接受這種藥物治療前后的骨髓(主要存在于脊椎骨和臂骨、腿骨這些較長的骨頭中,是負責制造血細胞的組織)狀態(tài)。

圖6. 一位多發(fā)性骨髓瘤患者用藥前后的骨髓樣本
在惡性的多發(fā)性骨髓瘤病例中,正常情況下骨髓中負責產(chǎn)生抗體的漿細胞(plasma cell,也稱為效應(yīng)B細胞)變得不受控制地分裂增殖。
左:一位多發(fā)性骨髓瘤患者接受藥物治療前的骨髓樣本,骨髓中充滿了瘋狂分裂的漿細胞。樣本中,41%的細胞為癌變的漿細胞。
右:該患者接受藥物治療后的骨髓樣本。所使用的藥物萬珂是一種蛋白酶體抑制劑,能夠通過抑制蛋白酶體的降解功能而使癌細胞死亡。在這份樣本中,僅有1%的細胞是癌變的漿細胞了。(圖片由Millennium Pharmaceuticals提供給作者Ciechanover教授)
通過靜脈用藥后的幾天,這位瑞典病人就能夠離開病床,重新過上了正常的生活。彼時彼刻,當一位多發(fā)性骨髓瘤的患者走到我們面前,激動地在眼淚中擁抱了我們,感謝我們救下了他的生命(雖然是以間接的方式),我感到了非常大的觸動。雖然我當初沒有繼續(xù)當醫(yī)生,而是轉(zhuǎn)做科研、讀了博士,我仍然改變了別人的生命,甚至可能是以一種比當時選擇繼續(xù)行醫(yī)更加深遠的方式。我想,這種殊途同歸的感動會一直留在我的記憶中。
如果你為長大后該做什么而感到茫然,不妨試著追尋你心里的感受,去做你擅長并熱愛的事情吧。往往,你對一件事情越是熱愛,也就會越有動力去做好它。你會對你真正熱愛的事情傾注熱情,會努力克服一切困難,并將在不斷學習的過程中實現(xiàn)自己的夢想。
有人曾問我,成功的秘訣是什么?我回答說,當我意識到我并沒有真正熱愛我最初從事的醫(yī)學行業(yè),我就知道是時候轉(zhuǎn)行了。我不擅長數(shù)學,所以我沒有從事和數(shù)學相關(guān)的行業(yè)。我并不討厭醫(yī)學,甚至認為它很重要。而每當我想到我將會日復(fù)一日年復(fù)一年地診治一樣的疾病,我就覺得這個醫(yī)生這個職業(yè)不適合我了。
我喜歡更有創(chuàng)造性的工作,所以我選擇了投身科研。我遇到了我的導(dǎo)師Avram Hershko。即使他當時剛剛完成了博士后,卻為我提供了一個大膽地探索未知領(lǐng)域的機會,我也因此選擇了這位年輕有為的科學家。當時,他提出了一個在領(lǐng)域內(nèi)挺特立獨行的假設(shè),要想成功也自然離不開一些運氣。
后來有人問我,你為什么決定研究泛素?我的回答是,那并不是我的具體選擇,我只是很想了解蛋白質(zhì)究竟是如何被降解的。當我的研究不斷深入,各種生化手段都自然而然地向我們揭示了泛素的存在,對人體基因組的測序更是讓我們?nèi)媪私饬朔核叵到y(tǒng)在調(diào)節(jié)各種生命活動中起到的重要作用。隨后我們開始發(fā)現(xiàn)利用泛素系統(tǒng)來開發(fā)特效藥的可能性。而時至今日,我們的認知也才剛剛起步。
在過去的五十年里,每一天對我來說都是全新的一天。我每天都與一大群充滿創(chuàng)造力的年輕人一起工作,用我的經(jīng)歷去啟發(fā)他們。經(jīng)驗與創(chuàng)意在我們之間碰撞,源源不斷地帶來新的想法 。于我而言,對于科研的熱愛就如同世界上的任何一種愛,它就如同親情,友情,愛情。
所以我由衷地希望你也能找到摯愛的職業(yè),并在你自己的領(lǐng)域內(nèi)取得成功。無論你從事科學,藝術(shù),音樂,工程,醫(yī)學,法律,還是建筑,我都希望你在做真正適合你的事情。這對于你一以貫之地保持熱愛,保持好奇,并最終取得成功至關(guān)重要。
如果你選擇從事科研,那么讓我再給你一個建議吧:你要學會講故事。要想成為一個有影響力的科學家,你需要用一個連貫的,有始有終的故事來敘述你的知識體系。
比如說,人們都稱我和Hershko教授為“泛素先生”。泛素就是我們倆的故事,這個故事讓我們得以開辟一個全新的研究領(lǐng)域。試想,如果當初我虎頭蛇尾,發(fā)表了一篇論文就轉(zhuǎn)向了別的研究領(lǐng)域,那還怎么能以“泛素先生”的身份向大家講述這個全新的故事呢?
在科研的路上請務(wù)必保持耐心。要知道,科學家的目標不應(yīng)該是功利地評比教授或是獲得什么獎項,而是探索自然的奧秘并造福人類,世俗的成功自然會到來的。當世界各地的科學家們都能夠驗證你的發(fā)現(xiàn),你也就書寫了一個人類科學故事的新篇章。
時至今日,成千上萬人還在繼續(xù)研究80年代早期在海法的一個小小實驗室里發(fā)現(xiàn)的泛素系統(tǒng),制藥公司研制了已經(jīng)讓數(shù)百萬病人獲益的特效藥,而這些進步還將在未來持續(xù)不斷的拯救更多的人。對我來說,這大概就是最好的嘉獎了吧。
致謝:
特此感謝畢業(yè)于以色列Nancy and Stephen Grand Technion Energy Program的Noa Segev的采訪并參與本文的寫作。同時也感謝Michael Brandis教授幫助回答小審稿人們對本文的提問。
關(guān)于Frontiers for Young Minds
Frontiers for Young Minds 創(chuàng)刊于2013年,是瑞士Frontiers出版社專為孩子們創(chuàng)辦的科學期刊,也是Frontiers花費多年心血培育的純公益項目。
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